NDB ID: 1QWA PDB ID: 1QWA 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
1QWA|1|A|A|13 | 1QWA|1|A|A|13 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|A|13 | 1QWA|1|A|G|12 | | s55 | |
1QWA|1|A|A|13 | 1QWA|1|A|G|14 | | ns35 | |
1QWA|1|A|A|13 | 1QWA|1|A|U|8 | cWW | | |
1QWA|1|A|A|18 | 1QWA|1|A|A|18 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|A|18 | 1QWA|1|A|C|17 | | ns53 | |
1QWA|1|A|A|18 | 1QWA|1|A|G|5 | | ns55 | |
1QWA|1|A|A|18 | 1QWA|1|A|U|19 | | s35 | |
1QWA|1|A|A|18 | 1QWA|1|A|U|4 | cWW | | |
1QWA|1|A|A|3 | 1QWA|1|A|A|3 | | | n0BP |
1QWA|1|A|A|3 | 1QWA|1|A|C|20 | | ns55 | |
1QWA|1|A|A|3 | 1QWA|1|A|G|2 | | ns53 | |
1QWA|1|A|A|3 | 1QWA|1|A|U|19 | cWW | | |
1QWA|1|A|A|3 | 1QWA|1|A|U|4 | | ns35 | |
1QWA|1|A|C|10 | 1QWA|1|A|C|10 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|C|10 | 1QWA|1|A|C|9 | | | |
1QWA|1|A|C|10 | 1QWA|1|A|G|12 | | | |
1QWA|1|A|C|11 | 1QWA|1|A|C|11 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|C|11 | 1QWA|1|A|C|9 | | s53 | |
1QWA|1|A|C|11 | 1QWA|1|A|G|12 | | s53 | |
1QWA|1|A|C|17 | 1QWA|1|A|A|18 | | ns35 | |
1QWA|1|A|C|17 | 1QWA|1|A|C|17 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|C|17 | 1QWA|1|A|G|16 | | ns53 | |
1QWA|1|A|C|17 | 1QWA|1|A|G|5 | cWW | | |
1QWA|1|A|C|20 | 1QWA|1|A|A|3 | | ns55 | |
1QWA|1|A|C|20 | 1QWA|1|A|C|20 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|C|20 | 1QWA|1|A|C|21 | | s35 | |
1QWA|1|A|C|20 | 1QWA|1|A|G|2 | cWW | | |
1QWA|1|A|C|20 | 1QWA|1|A|U|19 | | ns53 | |
1QWA|1|A|C|21 | 1QWA|1|A|C|20 | | s53 | |
1QWA|1|A|C|21 | 1QWA|1|A|C|21 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|C|21 | 1QWA|1|A|G|1 | cWW | | |
1QWA|1|A|C|21 | 1QWA|1|A|G|2 | | s55 | |
1QWA|1|A|C|6 | 1QWA|1|A|C|6 | | | n0BP |
1QWA|1|A|C|6 | 1QWA|1|A|C|7 | | ns35 | |
1QWA|1|A|C|6 | 1QWA|1|A|G|16 | cWW | | |
1QWA|1|A|C|6 | 1QWA|1|A|G|5 | | ns53 | |
1QWA|1|A|C|7 | 1QWA|1|A|C|6 | | ns53 | |
1QWA|1|A|C|7 | 1QWA|1|A|C|7 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|C|7 | 1QWA|1|A|G|14 | cWW | | |
1QWA|1|A|C|9 | 1QWA|1|A|C|11 | | s35 | |
1QWA|1|A|C|9 | 1QWA|1|A|C|9 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|C|9 | 1QWA|1|A|G|12 | ntSW | | |
1QWA|1|A|C|9 | 1QWA|1|A|U|8 | | s53 | |
1QWA|1|A|G|1 | 1QWA|1|A|C|21 | cWW | | |
1QWA|1|A|G|1 | 1QWA|1|A|G|1 | | | n0BP |
1QWA|1|A|G|1 | 1QWA|1|A|G|2 | | s35 | |
1QWA|1|A|G|12 | 1QWA|1|A|A|13 | | s55 | |
1QWA|1|A|G|12 | 1QWA|1|A|C|10 | | | |
1QWA|1|A|G|12 | 1QWA|1|A|C|11 | | s35 | |
1QWA|1|A|G|12 | 1QWA|1|A|C|9 | ntWS | | |
1QWA|1|A|G|14 | 1QWA|1|A|A|13 | | ns53 | |
1QWA|1|A|G|14 | 1QWA|1|A|C|7 | cWW | | |
1QWA|1|A|G|14 | 1QWA|1|A|G|14 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|G|14 | 1QWA|1|A|U|8 | | ns55 | |
1QWA|1|A|G|16 | 1QWA|1|A|C|17 | | ns35 | |
1QWA|1|A|G|16 | 1QWA|1|A|C|6 | cWW | | |
1QWA|1|A|G|16 | 1QWA|1|A|U|15 | | ns53 | 0BPh |
1QWA|1|A|G|2 | 1QWA|1|A|A|3 | | ns35 | |
1QWA|1|A|G|2 | 1QWA|1|A|C|20 | cWW | | |
1QWA|1|A|G|2 | 1QWA|1|A|C|21 | | s55 | |
1QWA|1|A|G|2 | 1QWA|1|A|G|1 | | s53 | n0BP |
1QWA|1|A|G|2 | 1QWA|1|A|G|2 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|G|5 | 1QWA|1|A|A|18 | | ns55 | |
1QWA|1|A|G|5 | 1QWA|1|A|C|17 | cWW | | |
1QWA|1|A|G|5 | 1QWA|1|A|C|6 | | ns35 | |
1QWA|1|A|G|5 | 1QWA|1|A|G|5 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|G|5 | 1QWA|1|A|U|4 | | ns53 | |
1QWA|1|A|U|15 | 1QWA|1|A|G|14 | | | |
1QWA|1|A|U|15 | 1QWA|1|A|G|16 | | ns35 | n0BP |
1QWA|1|A|U|15 | 1QWA|1|A|U|15 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|U|19 | 1QWA|1|A|A|18 | | s53 | |
1QWA|1|A|U|19 | 1QWA|1|A|A|3 | cWW | | |
1QWA|1|A|U|19 | 1QWA|1|A|C|20 | | ns35 | |
1QWA|1|A|U|19 | 1QWA|1|A|U|19 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|U|4 | 1QWA|1|A|A|18 | cWW | | |
1QWA|1|A|U|4 | 1QWA|1|A|A|3 | | ns53 | |
1QWA|1|A|U|4 | 1QWA|1|A|G|5 | | ns35 | |
1QWA|1|A|U|4 | 1QWA|1|A|U|4 | | | 0BPh |
1QWA|1|A|U|8 | 1QWA|1|A|A|13 | cWW | | |
1QWA|1|A|U|8 | 1QWA|1|A|C|7 | | | |
1QWA|1|A|U|8 | 1QWA|1|A|C|9 | | s35 | |
1QWA|1|A|U|8 | 1QWA|1|A|G|14 | | ns55 | |
1QWA|1|A|U|8 | 1QWA|1|A|U|8 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (8) | Relative Frequency |
---|
cWW | 8 | 1.000 |
Base-Phosphate | Count (17) | Relative Frequency |
---|
0BPh | 17 | 1.000 |
Base-Stacking | Count (5) | Relative Frequency |
---|
s53 | 3 | 0.600 |
s55 | 2 | 0.400 |