A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 11-Dec-2019 number of released structures: 10507
Search for released structures

NDB ID: ARN035  PDB ID: 1RNA 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1RNA|1|A|A|111RNA|1|A|A|11n0BP
1RNA|1|A|A|111RNA|1|A|U|10s53
1RNA|1|A|A|111RNA|1|A|U|12s35
1RNA|1|A|A|111RNA|1|B|A|19s55
1RNA|1|A|A|111RNA|1|B|U|18cWW
1RNA|1|A|A|131RNA|1|A|A|130BPh
1RNA|1|A|A|131RNA|1|A|A|14s35
1RNA|1|A|A|131RNA|1|A|U|12s53
1RNA|1|A|A|131RNA|1|B|A|17s55
1RNA|1|A|A|131RNA|1|B|U|16cWW
1RNA|1|A|A|141RNA|1|A|A|13s53
1RNA|1|A|A|141RNA|1|A|A|140BPh
1RNA|1|A|A|141RNA|1|B|U|15cWW
1RNA|1|A|A|31RNA|1|A|A|30BPh
1RNA|1|A|A|31RNA|1|A|U|2s53
1RNA|1|A|A|31RNA|1|A|U|4s35
1RNA|1|A|A|31RNA|1|B|A|27s55
1RNA|1|A|A|31RNA|1|B|U|26cWW
1RNA|1|A|A|51RNA|1|A|A|50BPh
1RNA|1|A|A|51RNA|1|A|U|4s53
1RNA|1|A|A|51RNA|1|A|U|6s35
1RNA|1|A|A|51RNA|1|B|A|25s55
1RNA|1|A|A|51RNA|1|B|U|24cWW
1RNA|1|A|A|71RNA|1|A|A|70BPh
1RNA|1|A|A|71RNA|1|A|U|6s53
1RNA|1|A|A|71RNA|1|A|U|8s35
1RNA|1|A|A|71RNA|1|B|A|23s55
1RNA|1|A|A|71RNA|1|B|U|22cWW
1RNA|1|A|A|91RNA|1|A|A|90BPh
1RNA|1|A|A|91RNA|1|A|U|10s35
1RNA|1|A|A|91RNA|1|A|U|8s53
1RNA|1|A|A|91RNA|1|B|A|21s55
1RNA|1|A|A|91RNA|1|B|U|20cWW
1RNA|1|A|U|11RNA|1|A|U|1n0BP
1RNA|1|A|U|11RNA|1|A|U|2s35
1RNA|1|A|U|11RNA|1|B|A|28cWW
1RNA|1|A|U|101RNA|1|A|A|11s35
1RNA|1|A|U|101RNA|1|A|A|9s53
1RNA|1|A|U|101RNA|1|A|U|100BPh
1RNA|1|A|U|101RNA|1|B|A|19cWW
1RNA|1|A|U|121RNA|1|A|A|11s53
1RNA|1|A|U|121RNA|1|A|A|13s35
1RNA|1|A|U|121RNA|1|A|U|120BPh
1RNA|1|A|U|121RNA|1|B|A|17cWW
1RNA|1|A|U|21RNA|1|A|A|3s35
1RNA|1|A|U|21RNA|1|A|U|1s53
1RNA|1|A|U|21RNA|1|A|U|20BPh
1RNA|1|A|U|21RNA|1|B|A|27cWW
1RNA|1|A|U|41RNA|1|A|A|3s53
1RNA|1|A|U|41RNA|1|A|A|5s35
1RNA|1|A|U|41RNA|1|A|U|40BPh
1RNA|1|A|U|41RNA|1|B|A|25cWW
1RNA|1|A|U|61RNA|1|A|A|5s53
1RNA|1|A|U|61RNA|1|A|A|7s35
1RNA|1|A|U|61RNA|1|A|U|60BPh
1RNA|1|A|U|61RNA|1|B|A|23cWW
1RNA|1|A|U|81RNA|1|A|A|7s53
1RNA|1|A|U|81RNA|1|A|A|9s35
1RNA|1|A|U|81RNA|1|A|U|80BPh
1RNA|1|A|U|81RNA|1|B|A|21cWW
1RNA|1|B|A|171RNA|1|A|A|13s55
1RNA|1|B|A|171RNA|1|A|U|12cWW
1RNA|1|B|A|171RNA|1|B|A|170BPh
1RNA|1|B|A|171RNA|1|B|U|16s53
1RNA|1|B|A|171RNA|1|B|U|18s35
1RNA|1|B|A|191RNA|1|A|A|11s55
1RNA|1|B|A|191RNA|1|A|U|10cWW
1RNA|1|B|A|191RNA|1|B|A|190BPh
1RNA|1|B|A|191RNA|1|B|U|18s53
1RNA|1|B|A|191RNA|1|B|U|20s35
1RNA|1|B|A|211RNA|1|A|A|9s55
1RNA|1|B|A|211RNA|1|A|U|8cWW
1RNA|1|B|A|211RNA|1|B|A|210BPh
1RNA|1|B|A|211RNA|1|B|U|20s53
1RNA|1|B|A|211RNA|1|B|U|22s35
1RNA|1|B|A|231RNA|1|A|A|7s55
1RNA|1|B|A|231RNA|1|A|U|6cWW
1RNA|1|B|A|231RNA|1|B|A|230BPh
1RNA|1|B|A|231RNA|1|B|U|22s53
1RNA|1|B|A|231RNA|1|B|U|24s35
1RNA|1|B|A|251RNA|1|A|A|5s55
1RNA|1|B|A|251RNA|1|A|U|4cWW
1RNA|1|B|A|251RNA|1|B|A|250BPh
1RNA|1|B|A|251RNA|1|B|U|24s53
1RNA|1|B|A|251RNA|1|B|U|26s35
1RNA|1|B|A|271RNA|1|A|A|3s55
1RNA|1|B|A|271RNA|1|A|U|2cWW
1RNA|1|B|A|271RNA|1|B|A|270BPh
1RNA|1|B|A|271RNA|1|B|A|28s35
1RNA|1|B|A|271RNA|1|B|U|26s53
1RNA|1|B|A|281RNA|1|A|U|1cWW
1RNA|1|B|A|281RNA|1|B|A|27s53
1RNA|1|B|A|281RNA|1|B|A|280BPh
1RNA|1|B|U|151RNA|1|A|A|14cWW
1RNA|1|B|U|151RNA|1|B|U|16s35
1RNA|1|B|U|161RNA|1|A|A|13cWW
1RNA|1|B|U|161RNA|1|B|A|17s35
1RNA|1|B|U|161RNA|1|B|U|15s53
1RNA|1|B|U|161RNA|1|B|U|160BPh
1RNA|1|B|U|181RNA|1|A|A|11cWW
1RNA|1|B|U|181RNA|1|B|A|17s53
1RNA|1|B|U|181RNA|1|B|A|19s35
1RNA|1|B|U|181RNA|1|B|U|180BPh
1RNA|1|B|U|201RNA|1|A|A|9cWW
1RNA|1|B|U|201RNA|1|B|A|19s53
1RNA|1|B|U|201RNA|1|B|A|21s35
1RNA|1|B|U|201RNA|1|B|U|200BPh
1RNA|1|B|U|221RNA|1|A|A|7cWW
1RNA|1|B|U|221RNA|1|B|A|21s53
1RNA|1|B|U|221RNA|1|B|A|23s35
1RNA|1|B|U|221RNA|1|B|U|220BPh
1RNA|1|B|U|241RNA|1|A|A|5cWW
1RNA|1|B|U|241RNA|1|B|A|23s53
1RNA|1|B|U|241RNA|1|B|A|25s35
1RNA|1|B|U|241RNA|1|B|U|240BPh
1RNA|1|B|U|261RNA|1|A|A|3cWW
1RNA|1|B|U|261RNA|1|B|A|25s53
1RNA|1|B|U|261RNA|1|B|A|27s35
1RNA|1|B|U|261RNA|1|B|U|260BPh


Base-PairsCount (14)Relative Frequency
cWW141.000
Base-PhosphateCount (25)Relative Frequency
0BPh251.000
Base-StackingCount (18)Relative Frequency
s53120.667
s5560.333

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)