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NDB ID: ARH063  PDB ID: 1RXA 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1RXA|1|A|C|11RXA|1|A|C|10BPh
1RXA|1|A|C|11RXA|1|A|C|2s35
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1RXA|1|A|C|1||||11_6551RXA|1|A|C|1||||11_6550BPh
1RXA|1|A|C|1||||11_6551RXA|1|A|C|2||||11_655s35
1RXA|1|A|C|1||||11_6551RXA|1|A|G|8cWW
1RXA|1|A|C|21RXA|1|A|C|1s53
1RXA|1|A|C|21RXA|1|A|C|20BPh
1RXA|1|A|C|21RXA|1|A|C|3s35
1RXA|1|A|C|21RXA|1|A|G|7||||11_655cWW
1RXA|1|A|C|21RXA|1|A|G|8||||11_655s55
1RXA|1|A|C|2||||11_6551RXA|1|A|C|1||||11_655s53
1RXA|1|A|C|2||||11_6551RXA|1|A|C|2||||11_6550BPh
1RXA|1|A|C|2||||11_6551RXA|1|A|C|3||||11_655s35
1RXA|1|A|C|2||||11_6551RXA|1|A|G|7cWW
1RXA|1|A|C|2||||11_6551RXA|1|A|G|8s55
1RXA|1|A|C|31RXA|1|A|C|2s53
1RXA|1|A|C|31RXA|1|A|C|3n0BP
1RXA|1|A|C|31RXA|1|A|C|4s35
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1RXA|1|A|C|31RXA|1|A|G|7||||11_655s55
1RXA|1|A|C|3||||11_6551RXA|1|A|C|2||||11_655s53
1RXA|1|A|C|3||||11_6551RXA|1|A|C|3||||11_655n0BP
1RXA|1|A|C|3||||11_6551RXA|1|A|C|4||||11_655s35
1RXA|1|A|C|3||||11_6551RXA|1|A|G|6cWW
1RXA|1|A|C|3||||11_6551RXA|1|A|G|7s55
1RXA|1|A|C|41RXA|1|A|C|3s53
1RXA|1|A|C|41RXA|1|A|C|40BPh
1RXA|1|A|C|41RXA|1|A|G|5s35
1RXA|1|A|C|41RXA|1|A|G|5||||11_655cWW
1RXA|1|A|C|41RXA|1|A|G|6||||11_655s55
1RXA|1|A|C|4||||11_6551RXA|1|A|C|3||||11_655s53
1RXA|1|A|C|4||||11_6551RXA|1|A|C|4||||11_6550BPh
1RXA|1|A|C|4||||11_6551RXA|1|A|G|5cWW
1RXA|1|A|C|4||||11_6551RXA|1|A|G|5||||11_655s35
1RXA|1|A|C|4||||11_6551RXA|1|A|G|6s55
1RXA|1|A|G|51RXA|1|A|C|4s53
1RXA|1|A|G|51RXA|1|A|C|4||||11_655cWW
1RXA|1|A|G|51RXA|1|A|G|50BPh
1RXA|1|A|G|51RXA|1|A|G|5||||11_655s55
1RXA|1|A|G|51RXA|1|A|G|6s35
1RXA|1|A|G|5||||11_6551RXA|1|A|C|4cWW
1RXA|1|A|G|5||||11_6551RXA|1|A|C|4||||11_655s53
1RXA|1|A|G|5||||11_6551RXA|1|A|G|5s55
1RXA|1|A|G|5||||11_6551RXA|1|A|G|5||||11_6550BPh
1RXA|1|A|G|5||||11_6551RXA|1|A|G|6||||11_655s35
1RXA|1|A|G|61RXA|1|A|C|3||||11_655cWW
1RXA|1|A|G|61RXA|1|A|C|4||||11_655s55
1RXA|1|A|G|61RXA|1|A|G|5s53
1RXA|1|A|G|61RXA|1|A|G|60BPh
1RXA|1|A|G|61RXA|1|A|G|7s35
1RXA|1|A|G|6||||11_6551RXA|1|A|C|3cWW
1RXA|1|A|G|6||||11_6551RXA|1|A|C|4s55
1RXA|1|A|G|6||||11_6551RXA|1|A|G|5||||11_655s53
1RXA|1|A|G|6||||11_6551RXA|1|A|G|6||||11_6550BPh
1RXA|1|A|G|6||||11_6551RXA|1|A|G|7||||11_655s35
1RXA|1|A|G|71RXA|1|A|C|2||||11_655cWW
1RXA|1|A|G|71RXA|1|A|C|3||||11_655s55
1RXA|1|A|G|71RXA|1|A|G|6s53
1RXA|1|A|G|71RXA|1|A|G|70BPh
1RXA|1|A|G|71RXA|1|A|G|8s35
1RXA|1|A|G|7||||11_6551RXA|1|A|C|2cWW
1RXA|1|A|G|7||||11_6551RXA|1|A|C|3s55
1RXA|1|A|G|7||||11_6551RXA|1|A|G|6||||11_655s53
1RXA|1|A|G|7||||11_6551RXA|1|A|G|7||||11_6550BPh
1RXA|1|A|G|7||||11_6551RXA|1|A|G|8||||11_655s35
1RXA|1|A|G|81RXA|1|A|C|1||||11_655cWW
1RXA|1|A|G|81RXA|1|A|C|2||||11_655s55
1RXA|1|A|G|81RXA|1|A|G|7s53
1RXA|1|A|G|81RXA|1|A|G|80BPh
1RXA|1|A|G|8||||11_6551RXA|1|A|C|1cWW
1RXA|1|A|G|8||||11_6551RXA|1|A|C|2s55
1RXA|1|A|G|8||||11_6551RXA|1|A|G|7||||11_655s53
1RXA|1|A|G|8||||11_6551RXA|1|A|G|8||||11_6550BPh


Base-PairsCount (8)Relative Frequency
cWW81.000
Base-PhosphateCount (14)Relative Frequency
0BPh141.000
Base-StackingCount (7)Relative Frequency
s5571.000

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)