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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: UR0037  PDB ID: 1T0D 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1T0D|1|D|G|221T0D|1|C|C|14cWW
1T0D|1|D|G|221T0D|1|C|U|15s55
1T0D|1|D|G|221T0D|1|D|A|21s53
1T0D|1|D|G|221T0D|1|D|C|23s35
1T0D|1|D|G|221T0D|1|D|G|220BPh
1T0D|1|D|G|241T0D|1|C|C|12cWW
1T0D|1|D|G|241T0D|1|C|G|13s55
1T0D|1|D|G|241T0D|1|D|C|23s53
1T0D|1|D|G|241T0D|1|D|G|240BPh
1T0D|1|D|G|241T0D|1|D|U|25s35
1T0D|1|D|U|251T0D|1|C|U|11cWW
1T0D|1|D|U|251T0D|1|D|C|26s35
1T0D|1|D|U|251T0D|1|D|G|24s53
1T0D|1|D|U|251T0D|1|D|U|250BPh


Base-PairsCount (28)Relative Frequency
cWW281.000
Base-PhosphateCount (60)Relative Frequency
0BPh601.000
Base-StackingCount (41)Relative Frequency
s53220.537
s55190.463

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)