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NDB ID: PR0125  PDB ID: 1T0K 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1T0K|1|C|A|121T0K|1|C|A|12n0BP
1T0K|1|C|A|121T0K|1|C|G|11
1T0K|1|C|A|121T0K|1|C|G|13ns55
1T0K|1|C|A|121T0K|1|D|A|55tSS
1T0K|1|C|A|121T0K|1|D|A|59s55
1T0K|1|C|A|121T0K|1|D|G|56s33
1T0K|1|C|A|121T0K|1|D|G|58tHS
1T0K|1|C|A|71T0K|1|C|A|70BPh
1T0K|1|C|A|71T0K|1|C|C|8s35
1T0K|1|C|A|71T0K|1|C|G|6s53
1T0K|1|C|A|71T0K|1|D|U|63cWW
1T0K|1|C|C|171T0K|1|C|C|170BPh
1T0K|1|C|C|171T0K|1|C|U|16s53
1T0K|1|C|C|171T0K|1|D|A|51ns55
1T0K|1|C|C|171T0K|1|D|G|50cWW
1T0K|1|C|C|81T0K|1|C|A|7s53
1T0K|1|C|C|81T0K|1|C|C|80BPh
1T0K|1|C|C|81T0K|1|C|C|9s35
1T0K|1|C|C|81T0K|1|D|G|62cWW
1T0K|1|C|C|91T0K|1|C|C|8s53
1T0K|1|C|C|91T0K|1|C|C|90BPh
1T0K|1|C|C|91T0K|1|C|G|10s35
1T0K|1|C|C|91T0K|1|D|G|61cWW
1T0K|1|C|C|91T0K|1|D|G|62s55
1T0K|1|C|G|101T0K|1|C|C|9s53
1T0K|1|C|G|101T0K|1|C|G|100BPh
1T0K|1|C|G|101T0K|1|C|G|11s35
1T0K|1|C|G|101T0K|1|D|A|594BPh
1T0K|1|C|G|101T0K|1|D|G|58
1T0K|1|C|G|101T0K|1|D|G|61s55
1T0K|1|C|G|101T0K|1|D|U|60ntSH
1T0K|1|C|G|111T0K|1|C|G|10s53
1T0K|1|C|G|111T0K|1|C|G|110BPh
1T0K|1|C|G|111T0K|1|D|A|59ntSH3BPh
1T0K|1|C|G|111T0K|1|D|G|58s33
1T0K|1|C|G|131T0K|1|C|A|12ns55
1T0K|1|C|G|131T0K|1|C|U|14s35
1T0K|1|C|G|131T0K|1|D|A|55s55
1T0K|1|C|G|131T0K|1|D|A|59
1T0K|1|C|G|131T0K|1|D|C|54cWW
1T0K|1|C|G|151T0K|1|C|U|14s53
1T0K|1|C|G|151T0K|1|C|U|16s35
1T0K|1|C|G|151T0K|1|D|A|51
1T0K|1|C|G|151T0K|1|D|C|52cWW
1T0K|1|C|G|151T0K|1|D|G|53s55
1T0K|1|C|G|61T0K|1|C|A|7s35
1T0K|1|C|G|61T0K|1|C|G|60BPh
1T0K|1|C|G|61T0K|1|D|C|64cWW
1T0K|1|C|U|141T0K|1|C|G|13s53
1T0K|1|C|U|141T0K|1|C|G|15s35
1T0K|1|C|U|141T0K|1|C|U|140BPh
1T0K|1|C|U|141T0K|1|D|G|53cWW
1T0K|1|C|U|161T0K|1|C|C|17s35
1T0K|1|C|U|161T0K|1|C|G|15s53
1T0K|1|C|U|161T0K|1|D|A|51cWW
1T0K|1|D|A|511T0K|1|C|C|17ns55
1T0K|1|D|A|511T0K|1|C|G|15
1T0K|1|D|A|511T0K|1|C|U|16cWW
1T0K|1|D|A|511T0K|1|D|A|51n0BP
1T0K|1|D|A|511T0K|1|D|C|52s35
1T0K|1|D|A|511T0K|1|D|G|50s53
1T0K|1|D|A|551T0K|1|C|A|12tSS
1T0K|1|D|A|551T0K|1|C|G|13s55
1T0K|1|D|A|551T0K|1|D|C|54s53
1T0K|1|D|A|571T0K|1|D|A|570BPh
1T0K|1|D|A|591T0K|1|C|A|12s55
1T0K|1|D|A|591T0K|1|C|G|11ntHS
1T0K|1|D|A|591T0K|1|C|G|13
1T0K|1|D|A|591T0K|1|C|U|14
1T0K|1|D|A|591T0K|1|D|A|590BPh
1T0K|1|D|A|591T0K|1|D|U|60s35
1T0K|1|D|C|521T0K|1|C|G|15cWW
1T0K|1|D|C|521T0K|1|D|A|51s53
1T0K|1|D|C|521T0K|1|D|G|53ns35
1T0K|1|D|C|541T0K|1|C|G|13cWW
1T0K|1|D|C|541T0K|1|D|A|55s35
1T0K|1|D|C|541T0K|1|D|C|54n0BP
1T0K|1|D|C|541T0K|1|D|G|53s53
1T0K|1|D|C|641T0K|1|C|G|6cWW
1T0K|1|D|C|641T0K|1|D|C|64n0BP
1T0K|1|D|C|641T0K|1|D|U|63s53
1T0K|1|D|G|501T0K|1|C|C|17cWW
1T0K|1|D|G|501T0K|1|D|A|51s35
1T0K|1|D|G|501T0K|1|D|G|50n0BP
1T0K|1|D|G|531T0K|1|C|G|15s55
1T0K|1|D|G|531T0K|1|C|U|14cWW
1T0K|1|D|G|531T0K|1|D|C|52ns53
1T0K|1|D|G|531T0K|1|D|C|54s35
1T0K|1|D|G|531T0K|1|D|G|53n0BP
1T0K|1|D|G|561T0K|1|C|A|12s33
1T0K|1|D|G|561T0K|1|D|G|58s35
1T0K|1|D|G|581T0K|1|C|A|12tSH
1T0K|1|D|G|581T0K|1|C|G|11s33
1T0K|1|D|G|581T0K|1|D|G|56s53
1T0K|1|D|G|611T0K|1|C|C|9cWW
1T0K|1|D|G|611T0K|1|C|G|10s55
1T0K|1|D|G|611T0K|1|D|G|610BPh
1T0K|1|D|G|611T0K|1|D|G|62s35
1T0K|1|D|G|611T0K|1|D|U|60s53
1T0K|1|D|G|621T0K|1|C|C|8cWW
1T0K|1|D|G|621T0K|1|C|C|9s55
1T0K|1|D|G|621T0K|1|D|G|61s53
1T0K|1|D|G|621T0K|1|D|G|62n0BP
1T0K|1|D|G|621T0K|1|D|U|63s35
1T0K|1|D|U|601T0K|1|C|G|10ntHS
1T0K|1|D|U|601T0K|1|D|A|59s53
1T0K|1|D|U|601T0K|1|D|G|61s35
1T0K|1|D|U|601T0K|1|D|U|600BPh
1T0K|1|D|U|631T0K|1|C|A|7cWW
1T0K|1|D|U|631T0K|1|D|C|64s35
1T0K|1|D|U|631T0K|1|D|G|62s53
1T0K|1|D|U|631T0K|1|D|U|630BPh


Base-PairsCount (11)Relative Frequency
cWW90.818
tHS10.091
tSS10.091
Base-PhosphateCount (15)Relative Frequency
3BPh10.067
4BPh10.067
0BPh130.867
Base-StackingCount (15)Relative Frequency
s3320.133
s5380.533
s5550.333

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)