A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: PR0129  PDB ID: 1TFY 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1TFY|1|E|A|51TFY|1|E|A|50BPh
1TFY|1|E|A|51TFY|1|E|G|4s53
1TFY|1|E|A|51TFY|1|E|U|6s35
1TFY|1|E|A|51TFY|1|H|U|68cWW
1TFY|1|E|A|71TFY|1|E|A|70BPh
1TFY|1|E|A|71TFY|1|E|U|6s53
1TFY|1|E|A|71TFY|1|E|U|8s35
1TFY|1|E|A|71TFY|1|H|A|67s55
1TFY|1|E|A|71TFY|1|H|U|66cWW
1TFY|1|E|C|101TFY|1|E|C|100BPh
1TFY|1|E|C|101TFY|1|E|C|9s53
1TFY|1|E|C|101TFY|1|E|G|11s35
1TFY|1|E|C|101TFY|1|H|G|63cWW
1TFY|1|E|C|101TFY|1|H|G|64s55
1TFY|1|E|C|121TFY|1|E|C|120BPh
1TFY|1|E|C|121TFY|1|E|G|11s53
1TFY|1|E|C|121TFY|1|E|G|13s35
1TFY|1|E|C|121TFY|1|H|C|62ncWW
1TFY|1|E|C|21TFY|1|E|C|20BPh
1TFY|1|E|C|21TFY|1|E|G|1s53
1TFY|1|E|C|21TFY|1|E|G|3s35
1TFY|1|E|C|21TFY|1|H|G|71cWW
1TFY|1|E|C|91TFY|1|E|C|10s35
1TFY|1|E|C|91TFY|1|E|C|90BPh
1TFY|1|E|C|91TFY|1|E|U|8s53
1TFY|1|E|C|91TFY|1|H|A|65s55
1TFY|1|E|C|91TFY|1|H|G|64cWW
1TFY|1|E|G|11TFY|1|E|C|2s35
1TFY|1|E|G|11TFY|1|E|G|1n0BP
1TFY|1|E|G|11TFY|1|H|A|73s55
1TFY|1|E|G|11TFY|1|H|C|72cWW
1TFY|1|E|G|111TFY|1|E|C|10s53
1TFY|1|E|G|111TFY|1|E|C|12s35
1TFY|1|E|G|111TFY|1|E|G|110BPh
1TFY|1|E|G|111TFY|1|H|C|62cWW
1TFY|1|E|G|111TFY|1|H|G|63s55
1TFY|1|E|G|131TFY|1|E|C|12s53
1TFY|1|E|G|131TFY|1|E|G|13n0BP
1TFY|1|E|G|131TFY|1|H|G|61
1TFY|1|E|G|31TFY|1|E|C|2s53
1TFY|1|E|G|31TFY|1|E|G|30BPh
1TFY|1|E|G|31TFY|1|E|G|4s35
1TFY|1|E|G|31TFY|1|H|C|70cWW
1TFY|1|E|G|31TFY|1|H|G|71s55
1TFY|1|E|G|41TFY|1|E|A|5s35
1TFY|1|E|G|41TFY|1|E|G|3s53
1TFY|1|E|G|41TFY|1|E|G|40BPh
1TFY|1|E|G|41TFY|1|H|C|69cWW
1TFY|1|E|G|41TFY|1|H|C|70s55
1TFY|1|E|U|61TFY|1|E|A|5s53
1TFY|1|E|U|61TFY|1|E|A|7s35
1TFY|1|E|U|61TFY|1|E|U|60BPh
1TFY|1|E|U|61TFY|1|H|A|67cWW
1TFY|1|E|U|81TFY|1|E|A|7s53
1TFY|1|E|U|81TFY|1|E|C|9s35
1TFY|1|E|U|81TFY|1|E|U|80BPh
1TFY|1|E|U|81TFY|1|H|A|65cWW
1TFY|1|F|A|51TFY|1|F|A|50BPh
1TFY|1|F|A|51TFY|1|F|G|4s53
1TFY|1|F|A|51TFY|1|F|U|6s35
1TFY|1|F|A|51TFY|1|I|U|68cWW
1TFY|1|F|A|71TFY|1|F|A|70BPh
1TFY|1|F|A|71TFY|1|F|U|6s53
1TFY|1|F|A|71TFY|1|F|U|8s35
1TFY|1|F|A|71TFY|1|I|A|67s55
1TFY|1|F|A|71TFY|1|I|U|66cWW
1TFY|1|F|C|101TFY|1|F|C|100BPh
1TFY|1|F|C|101TFY|1|F|C|9ns53
1TFY|1|F|C|101TFY|1|F|G|11s35
1TFY|1|F|C|101TFY|1|I|G|63cWW
1TFY|1|F|C|101TFY|1|I|G|64s55
1TFY|1|F|C|121TFY|1|F|C|12n0BP
1TFY|1|F|C|121TFY|1|F|G|13s35
1TFY|1|F|C|21TFY|1|F|C|20BPh
1TFY|1|F|C|21TFY|1|F|G|1s53
1TFY|1|F|C|21TFY|1|F|G|3s35
1TFY|1|F|C|21TFY|1|I|C|70
1TFY|1|F|C|21TFY|1|I|G|71cWW
1TFY|1|F|C|91TFY|1|F|C|10ns35
1TFY|1|F|C|91TFY|1|F|C|90BPh
1TFY|1|F|C|91TFY|1|F|U|8s53
1TFY|1|F|C|91TFY|1|I|A|65s55
1TFY|1|F|C|91TFY|1|I|G|64cWW
1TFY|1|F|G|11TFY|1|F|C|2s35
1TFY|1|F|G|11TFY|1|F|G|10BPh
1TFY|1|F|G|11TFY|1|I|A|73s55
1TFY|1|F|G|11TFY|1|I|C|72cWW
1TFY|1|F|G|111TFY|1|F|C|10s53
1TFY|1|F|G|111TFY|1|F|G|110BPh
1TFY|1|F|G|111TFY|1|I|C|62cWW
1TFY|1|F|G|111TFY|1|I|G|63s55
1TFY|1|F|G|131TFY|1|F|C|12s53
1TFY|1|F|G|131TFY|1|F|G|130BPh
1TFY|1|F|G|131TFY|1|I|G|61cSW
1TFY|1|F|G|31TFY|1|F|C|2s53
1TFY|1|F|G|31TFY|1|F|G|30BPh
1TFY|1|F|G|31TFY|1|F|G|4s35
1TFY|1|F|G|31TFY|1|I|C|70cWW
1TFY|1|F|G|31TFY|1|I|G|71s55
1TFY|1|F|G|41TFY|1|F|A|5s35
1TFY|1|F|G|41TFY|1|F|G|3s53
1TFY|1|F|G|41TFY|1|F|G|40BPh
1TFY|1|F|G|41TFY|1|I|C|69cWW
1TFY|1|F|G|41TFY|1|I|C|70s55
1TFY|1|F|U|61TFY|1|F|A|5s53
1TFY|1|F|U|61TFY|1|F|A|7s35
1TFY|1|F|U|61TFY|1|F|U|60BPh
1TFY|1|F|U|61TFY|1|I|A|67cWW
1TFY|1|F|U|81TFY|1|F|A|7s53
1TFY|1|F|U|81TFY|1|F|C|9s35
1TFY|1|F|U|81TFY|1|F|U|80BPh
1TFY|1|F|U|81TFY|1|I|A|65cWW
1TFY|1|G|A|121TFY|1|G|A|120BPh
1TFY|1|G|A|121TFY|1|G|C|11s53
1TFY|1|G|A|121TFY|1|G|C|13s35
1TFY|1|G|A|121TFY|1|J|C|61ncWW
1TFY|1|G|A|121TFY|1|J|G|62s55
1TFY|1|G|A|61TFY|1|G|A|60BPh
1TFY|1|G|A|61TFY|1|G|G|5s53
1TFY|1|G|A|61TFY|1|G|U|7s35
1TFY|1|G|A|61TFY|1|J|A|66ns33
1TFY|1|G|A|61TFY|1|J|U|67cWW
1TFY|1|G|C|111TFY|1|G|A|12s35
1TFY|1|G|C|111TFY|1|G|C|110BPh
1TFY|1|G|C|111TFY|1|G|G|10s53
1TFY|1|G|C|111TFY|1|J|C|61
1TFY|1|G|C|111TFY|1|J|G|62cWW
1TFY|1|G|C|131TFY|1|G|A|12s53
1TFY|1|G|C|131TFY|1|J|C|61ns55
1TFY|1|G|C|81TFY|1|G|C|80BPh
1TFY|1|G|C|81TFY|1|G|C|9s35
1TFY|1|G|C|81TFY|1|G|U|7s53
1TFY|1|G|C|81TFY|1|J|G|65cWW
1TFY|1|G|C|91TFY|1|G|C|8s53
1TFY|1|G|C|91TFY|1|G|C|90BPh
1TFY|1|G|C|91TFY|1|G|G|10s35
1TFY|1|G|C|91TFY|1|J|G|64cWW
1TFY|1|G|C|91TFY|1|J|G|65s55
1TFY|1|G|G|101TFY|1|G|C|11s35
1TFY|1|G|G|101TFY|1|G|C|9s53
1TFY|1|G|G|101TFY|1|G|G|100BPh
1TFY|1|G|G|101TFY|1|J|C|63cWW
1TFY|1|G|G|101TFY|1|J|G|64s55
1TFY|1|G|G|41TFY|1|G|G|5s35
1TFY|1|G|G|51TFY|1|G|A|6s35
1TFY|1|G|G|51TFY|1|G|G|4s53
1TFY|1|G|G|51TFY|1|G|G|50BPh
1TFY|1|G|G|51TFY|1|J|C|68cWW
1TFY|1|G|U|71TFY|1|G|A|6s53
1TFY|1|G|U|71TFY|1|G|C|8s35
1TFY|1|G|U|71TFY|1|G|U|70BPh
1TFY|1|G|U|71TFY|1|J|A|66cWW
1TFY|1|H|A|651TFY|1|E|C|9s55
1TFY|1|H|A|651TFY|1|E|U|8cWW
1TFY|1|H|A|651TFY|1|H|A|650BPh
1TFY|1|H|A|651TFY|1|H|G|64s53
1TFY|1|H|A|651TFY|1|H|U|66s35
1TFY|1|H|A|671TFY|1|E|A|7s55
1TFY|1|H|A|671TFY|1|E|U|6cWW
1TFY|1|H|A|671TFY|1|H|A|670BPh
1TFY|1|H|A|671TFY|1|H|U|66s53
1TFY|1|H|A|671TFY|1|H|U|68s35
1TFY|1|H|A|731TFY|1|E|G|1s55
1TFY|1|H|A|731TFY|1|H|A|730BPh
1TFY|1|H|A|731TFY|1|H|C|72s53
1TFY|1|H|C|621TFY|1|E|C|12ncWW
1TFY|1|H|C|621TFY|1|E|G|11cWW
1TFY|1|H|C|621TFY|1|H|C|620BPh
1TFY|1|H|C|621TFY|1|H|G|61
1TFY|1|H|C|621TFY|1|H|G|63s35
1TFY|1|H|C|691TFY|1|E|G|4cWW
1TFY|1|H|C|691TFY|1|H|C|690BPh
1TFY|1|H|C|691TFY|1|H|C|70s35
1TFY|1|H|C|691TFY|1|H|U|68s53
1TFY|1|H|C|701TFY|1|E|G|3cWW
1TFY|1|H|C|701TFY|1|E|G|4s55
1TFY|1|H|C|701TFY|1|H|C|69s53
1TFY|1|H|C|701TFY|1|H|C|700BPh
1TFY|1|H|C|701TFY|1|H|G|71s35
1TFY|1|H|C|721TFY|1|E|G|1cWW
1TFY|1|H|C|721TFY|1|H|A|73s35
1TFY|1|H|C|721TFY|1|H|C|720BPh
1TFY|1|H|C|721TFY|1|H|G|71s53
1TFY|1|H|C|741TFY|1|H|A|738BPh
1TFY|1|H|C|741TFY|1|H|C|740BPh
1TFY|1|H|G|611TFY|1|E|G|13
1TFY|1|H|G|611TFY|1|H|C|62n0BP
1TFY|1|H|G|631TFY|1|E|C|10cWW
1TFY|1|H|G|631TFY|1|E|G|11s55
1TFY|1|H|G|631TFY|1|H|C|62s53
1TFY|1|H|G|631TFY|1|H|G|630BPh
1TFY|1|H|G|631TFY|1|H|G|64s35
1TFY|1|H|G|641TFY|1|E|C|10s55
1TFY|1|H|G|641TFY|1|E|C|9cWW
1TFY|1|H|G|641TFY|1|H|A|65s35
1TFY|1|H|G|641TFY|1|H|G|63s53
1TFY|1|H|G|641TFY|1|H|G|640BPh
1TFY|1|H|G|711TFY|1|E|C|2cWW
1TFY|1|H|G|711TFY|1|E|G|3s55
1TFY|1|H|G|711TFY|1|H|C|70s53
1TFY|1|H|G|711TFY|1|H|C|72s35
1TFY|1|H|G|711TFY|1|H|G|710BPh
1TFY|1|H|U|661TFY|1|E|A|7cWW
1TFY|1|H|U|661TFY|1|H|A|65s53
1TFY|1|H|U|661TFY|1|H|A|67s35
1TFY|1|H|U|661TFY|1|H|U|660BPh
1TFY|1|H|U|681TFY|1|E|A|5cWW
1TFY|1|H|U|681TFY|1|H|A|67s53
1TFY|1|H|U|681TFY|1|H|C|69s35
1TFY|1|H|U|681TFY|1|H|U|680BPh
1TFY|1|I|A|651TFY|1|F|C|9s55
1TFY|1|I|A|651TFY|1|F|U|8cWW
1TFY|1|I|A|651TFY|1|I|A|650BPh
1TFY|1|I|A|651TFY|1|I|G|64s53
1TFY|1|I|A|651TFY|1|I|U|66s35
1TFY|1|I|A|671TFY|1|F|A|7s55
1TFY|1|I|A|671TFY|1|F|U|6cWW
1TFY|1|I|A|671TFY|1|I|A|670BPh
1TFY|1|I|A|671TFY|1|I|U|66s53
1TFY|1|I|A|671TFY|1|I|U|68s35
1TFY|1|I|A|731TFY|1|F|G|1s55
1TFY|1|I|A|731TFY|1|I|A|730BPh
1TFY|1|I|A|731TFY|1|I|C|72s53
1TFY|1|I|C|621TFY|1|F|G|11cWW
1TFY|1|I|C|621TFY|1|I|C|620BPh
1TFY|1|I|C|621TFY|1|I|G|61ns53
1TFY|1|I|C|621TFY|1|I|G|63ns35
1TFY|1|I|C|691TFY|1|F|G|4cWW
1TFY|1|I|C|691TFY|1|I|C|690BPh
1TFY|1|I|C|691TFY|1|I|C|70s35
1TFY|1|I|C|691TFY|1|I|U|68s53
1TFY|1|I|C|701TFY|1|F|C|2
1TFY|1|I|C|701TFY|1|F|G|3cWW
1TFY|1|I|C|701TFY|1|F|G|4s55
1TFY|1|I|C|701TFY|1|I|C|69s53
1TFY|1|I|C|701TFY|1|I|C|700BPh
1TFY|1|I|C|701TFY|1|I|G|71s35
1TFY|1|I|C|721TFY|1|F|G|1cWW
1TFY|1|I|C|721TFY|1|I|A|73s35
1TFY|1|I|C|721TFY|1|I|C|720BPh
1TFY|1|I|C|721TFY|1|I|G|71s53
1TFY|1|I|C|741TFY|1|I|A|738BPh
1TFY|1|I|C|741TFY|1|I|C|740BPh
1TFY|1|I|G|611TFY|1|F|G|13cWS
1TFY|1|I|G|611TFY|1|I|C|62ns35
1TFY|1|I|G|631TFY|1|F|C|10cWW
1TFY|1|I|G|631TFY|1|F|G|11s55
1TFY|1|I|G|631TFY|1|I|C|62ns53
1TFY|1|I|G|631TFY|1|I|G|630BPh
1TFY|1|I|G|631TFY|1|I|G|64s35
1TFY|1|I|G|641TFY|1|F|C|10s55
1TFY|1|I|G|641TFY|1|F|C|9cWW
1TFY|1|I|G|641TFY|1|I|A|65s35
1TFY|1|I|G|641TFY|1|I|G|63s53
1TFY|1|I|G|641TFY|1|I|G|64n0BP
1TFY|1|I|G|711TFY|1|F|C|2cWW
1TFY|1|I|G|711TFY|1|F|G|3s55
1TFY|1|I|G|711TFY|1|I|C|70s53
1TFY|1|I|G|711TFY|1|I|C|72s35
1TFY|1|I|G|711TFY|1|I|G|710BPh
1TFY|1|I|U|661TFY|1|F|A|7cWW
1TFY|1|I|U|661TFY|1|I|A|65s53
1TFY|1|I|U|661TFY|1|I|A|67s35
1TFY|1|I|U|661TFY|1|I|U|660BPh
1TFY|1|I|U|681TFY|1|F|A|5cWW
1TFY|1|I|U|681TFY|1|I|A|67s53
1TFY|1|I|U|681TFY|1|I|C|69s35
1TFY|1|I|U|681TFY|1|I|U|680BPh
1TFY|1|J|A|661TFY|1|G|A|6ns33
1TFY|1|J|A|661TFY|1|G|U|7cWW
1TFY|1|J|A|661TFY|1|J|A|660BPh
1TFY|1|J|A|661TFY|1|J|G|65s53
1TFY|1|J|A|661TFY|1|J|U|67s35
1TFY|1|J|C|611TFY|1|G|A|12ncWW
1TFY|1|J|C|611TFY|1|G|C|11
1TFY|1|J|C|611TFY|1|G|C|13ns55
1TFY|1|J|C|611TFY|1|J|G|62s35
1TFY|1|J|C|631TFY|1|G|G|10cWW
1TFY|1|J|C|631TFY|1|J|C|630BPh
1TFY|1|J|C|631TFY|1|J|G|62s53
1TFY|1|J|C|631TFY|1|J|G|64s35
1TFY|1|J|C|681TFY|1|G|G|5cWW
1TFY|1|J|C|681TFY|1|J|C|680BPh
1TFY|1|J|C|681TFY|1|J|U|67s53
1TFY|1|J|G|621TFY|1|G|A|12s55
1TFY|1|J|G|621TFY|1|G|C|11cWW
1TFY|1|J|G|621TFY|1|J|C|61s53
1TFY|1|J|G|621TFY|1|J|C|63s35
1TFY|1|J|G|621TFY|1|J|G|620BPh
1TFY|1|J|G|641TFY|1|G|C|9cWW
1TFY|1|J|G|641TFY|1|G|G|10s55
1TFY|1|J|G|641TFY|1|J|C|63s53
1TFY|1|J|G|641TFY|1|J|G|640BPh
1TFY|1|J|G|641TFY|1|J|G|65s35
1TFY|1|J|G|651TFY|1|G|C|8cWW
1TFY|1|J|G|651TFY|1|G|C|9s55
1TFY|1|J|G|651TFY|1|J|A|66s35
1TFY|1|J|G|651TFY|1|J|G|64s53
1TFY|1|J|G|651TFY|1|J|G|650BPh
1TFY|1|J|U|671TFY|1|G|A|6cWW
1TFY|1|J|U|671TFY|1|J|A|66s53
1TFY|1|J|U|671TFY|1|J|C|68s35
1TFY|1|J|U|671TFY|1|J|U|670BPh


Base-PairsCount (30)Relative Frequency
cWW290.967
cWS10.033
Base-PhosphateCount (65)Relative Frequency
8BPh20.031
0BPh630.969
Base-StackingCount (44)Relative Frequency
s53270.614
s55170.386

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

ndbadmin@ndbserver.rutgers.edui ©1995-2022 The Nucleic Acid Database Project | Rutgers, The State University of New Jersey