A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: PR0115  PDB ID: 1VBY 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1VBY|1|B|A|1081VBY|1|B|A|1080BPh
1VBY|1|B|A|1081VBY|1|B|C|107s53
1VBY|1|B|A|1081VBY|1|B|G|131s55
1VBY|1|B|A|1081VBY|1|B|U|109s35
1VBY|1|B|A|1161VBY|1|B|A|1160BPh
1VBY|1|B|A|1161VBY|1|B|C|115s53
1VBY|1|B|A|1161VBY|1|B|G|117s35
1VBY|1|B|A|1161VBY|1|B|G|168s55
1VBY|1|B|A|1161VBY|1|B|U|167cWW
1VBY|1|B|A|1421VBY|1|B|A|142n0BP
1VBY|1|B|A|1421VBY|1|B|A|143s35
1VBY|1|B|A|1421VBY|1|B|C|121cWS
1VBY|1|B|A|1431VBY|1|B|A|142s53
1VBY|1|B|A|1431VBY|1|B|A|1430BPh
1VBY|1|B|A|1431VBY|1|B|C|121
1VBY|1|B|A|1431VBY|1|B|C|141cHS
1VBY|1|B|A|1431VBY|1|B|C|144s35
1VBY|1|B|A|1431VBY|1|B|G|162cWW
1VBY|1|B|A|1451VBY|1|B|A|1450BPh
1VBY|1|B|A|1451VBY|1|B|C|144s53
1VBY|1|B|A|1451VBY|1|B|C|146s35
1VBY|1|B|A|1451VBY|1|B|G|161s55
1VBY|1|B|A|1451VBY|1|B|U|160cWW
1VBY|1|B|A|1481VBY|1|B|A|1480BPh
1VBY|1|B|A|1481VBY|1|B|C|147s53
1VBY|1|B|A|1481VBY|1|B|G|158s55
1VBY|1|B|A|1481VBY|1|B|U|149s35
1VBY|1|B|A|1531VBY|1|B|A|1530BPh
1VBY|1|B|A|1531VBY|1|B|C|152
1VBY|1|B|A|1531VBY|1|B|C|154s35
1VBY|1|B|A|1651VBY|1|B|A|1650BPh
1VBY|1|B|A|1651VBY|1|B|A|166s35
1VBY|1|B|A|1651VBY|1|B|C|119cSS
1VBY|1|B|A|1651VBY|1|B|U|163s55
1VBY|1|B|A|1661VBY|1|B|A|165s53
1VBY|1|B|A|1661VBY|1|B|A|1660BPh
1VBY|1|B|A|1661VBY|1|B|C|118cSS
1VBY|1|B|A|1661VBY|1|B|C|119ncSS
1VBY|1|B|A|1661VBY|1|B|C|130ns35
1VBY|1|B|A|1661VBY|1|B|G|129tSS
1VBY|1|B|A|1711VBY|1|B|A|1710BPh
1VBY|1|B|A|1711VBY|1|B|C|172s35
1VBY|1|B|A|1711VBY|1|B|G|170s53
1VBY|1|B|A|1711VBY|1|B|U|112cWW
1VBY|1|B|C|1031VBY|1|B|C|103n0BP
1VBY|1|B|C|1031VBY|1|B|C|104s35
1VBY|1|B|C|1031VBY|1|B|G|102s53
1VBY|1|B|C|1031VBY|1|B|G|135cWW
1VBY|1|B|C|1031VBY|1|B|U|100ntHS
1VBY|1|B|C|1041VBY|1|B|C|103s53
1VBY|1|B|C|1041VBY|1|B|C|1040BPh
1VBY|1|B|C|1041VBY|1|B|G|105s35
1VBY|1|B|C|1041VBY|1|B|G|134cWW
1VBY|1|B|C|1041VBY|1|B|G|135s55
1VBY|1|B|C|1071VBY|1|B|A|108s35
1VBY|1|B|C|1071VBY|1|B|C|1070BPh
1VBY|1|B|C|1071VBY|1|B|G|106s53
1VBY|1|B|C|1071VBY|1|B|G|131cWW
1VBY|1|B|C|1131VBY|1|B|C|1130BPh
1VBY|1|B|C|1131VBY|1|B|C|114s35
1VBY|1|B|C|1131VBY|1|B|G|170cWW
1VBY|1|B|C|1131VBY|1|B|U|112s53
1VBY|1|B|C|1141VBY|1|B|C|113s53
1VBY|1|B|C|1141VBY|1|B|C|1140BPh
1VBY|1|B|C|1141VBY|1|B|C|115s35
1VBY|1|B|C|1141VBY|1|B|G|169cWW
1VBY|1|B|C|1141VBY|1|B|G|170s55
1VBY|1|B|C|1151VBY|1|B|A|116s35
1VBY|1|B|C|1151VBY|1|B|C|114s53
1VBY|1|B|C|1151VBY|1|B|C|1150BPh
1VBY|1|B|C|1151VBY|1|B|G|168cWW
1VBY|1|B|C|1151VBY|1|B|G|169s55
1VBY|1|B|C|1181VBY|1|B|A|166cSS
1VBY|1|B|C|1181VBY|1|B|C|1180BPh
1VBY|1|B|C|1181VBY|1|B|C|119s35
1VBY|1|B|C|1181VBY|1|B|G|117s53
1VBY|1|B|C|1181VBY|1|B|G|129cWW
1VBY|1|B|C|1191VBY|1|B|A|165cSS
1VBY|1|B|C|1191VBY|1|B|A|166ncSS
1VBY|1|B|C|1191VBY|1|B|C|118s53
1VBY|1|B|C|1191VBY|1|B|C|1190BPh
1VBY|1|B|C|1191VBY|1|B|G|128cWW
1VBY|1|B|C|1191VBY|1|B|G|129s55
1VBY|1|B|C|1191VBY|1|B|U|120s35
1VBY|1|B|C|1211VBY|1|B|A|142cSW
1VBY|1|B|C|1211VBY|1|B|C|1210BPh
1VBY|1|B|C|1211VBY|1|B|C|122s35
1VBY|1|B|C|1211VBY|1|B|G|139cWW
1VBY|1|B|C|1211VBY|1|B|G|140s55
1VBY|1|B|C|1211VBY|1|B|G|162s53
1VBY|1|B|C|1221VBY|1|B|C|121s53
1VBY|1|B|C|1221VBY|1|B|C|122n0BP
1VBY|1|B|C|1221VBY|1|B|G|101s35
1VBY|1|B|C|1221VBY|1|B|G|138cWW
1VBY|1|B|C|1221VBY|1|B|G|139s55
1VBY|1|B|C|1241VBY|1|B|C|1229BPh
1VBY|1|B|C|1241VBY|1|B|C|124n0BP
1VBY|1|B|C|1241VBY|1|B|G|125s55
1VBY|1|B|C|1241VBY|1|B|U|120s53
1VBY|1|B|C|1261VBY|1|B|C|115n6BP
1VBY|1|B|C|1261VBY|1|B|C|1260BPh
1VBY|1|B|C|1261VBY|1|B|G|125
1VBY|1|B|C|1301VBY|1|B|A|166ns53
1VBY|1|B|C|1301VBY|1|B|C|1300BPh
1VBY|1|B|C|1301VBY|1|B|G|117cWW
1VBY|1|B|C|1301VBY|1|B|G|129s53
1VBY|1|B|C|1301VBY|1|B|U|167s35
1VBY|1|B|C|1321VBY|1|B|C|1320BPh
1VBY|1|B|C|1321VBY|1|B|C|133s35
1VBY|1|B|C|1321VBY|1|B|G|106cWW
1VBY|1|B|C|1321VBY|1|B|G|131s53
1VBY|1|B|C|1331VBY|1|B|C|132s53
1VBY|1|B|C|1331VBY|1|B|C|1330BPh
1VBY|1|B|C|1331VBY|1|B|G|105cWW
1VBY|1|B|C|1331VBY|1|B|G|106s55
1VBY|1|B|C|1331VBY|1|B|G|134s35
1VBY|1|B|C|1361VBY|1|B|C|1360BPh
1VBY|1|B|C|1361VBY|1|B|G|102cWW
1VBY|1|B|C|1361VBY|1|B|G|135s53
1VBY|1|B|C|1361VBY|1|B|U|137s35
1VBY|1|B|C|1411VBY|1|B|A|143cSH
1VBY|1|B|C|1411VBY|1|B|C|141n0BP
1VBY|1|B|C|1411VBY|1|B|C|144ntSW
1VBY|1|B|C|1411VBY|1|B|G|140s53
1VBY|1|B|C|1411VBY|1|B|G|161tWH
1VBY|1|B|C|1411VBY|1|B|U|160s33
1VBY|1|B|C|1441VBY|1|B|A|143s53
1VBY|1|B|C|1441VBY|1|B|A|145s35
1VBY|1|B|C|1441VBY|1|B|C|141ntWS
1VBY|1|B|C|1441VBY|1|B|C|1440BPh
1VBY|1|B|C|1441VBY|1|B|G|161cWW
1VBY|1|B|C|1461VBY|1|B|A|145s53
1VBY|1|B|C|1461VBY|1|B|C|1460BPh
1VBY|1|B|C|1461VBY|1|B|C|147s35
1VBY|1|B|C|1461VBY|1|B|G|159cWW
1VBY|1|B|C|1471VBY|1|B|A|148s35
1VBY|1|B|C|1471VBY|1|B|C|146s53
1VBY|1|B|C|1471VBY|1|B|C|1470BPh
1VBY|1|B|C|1471VBY|1|B|G|158cWW
1VBY|1|B|C|1471VBY|1|B|G|159s55
1VBY|1|B|C|1521VBY|1|B|A|153
1VBY|1|B|C|1521VBY|1|B|C|1520BPh
1VBY|1|B|C|1541VBY|1|B|A|153s53
1VBY|1|B|C|1541VBY|1|B|C|1540BPh
1VBY|1|B|C|1561VBY|1|B|C|1560BPh
1VBY|1|B|C|1561VBY|1|B|C|157s35
1VBY|1|B|C|1561VBY|1|B|U|155ncHS
1VBY|1|B|C|1571VBY|1|B|C|156s53
1VBY|1|B|C|1571VBY|1|B|C|1570BPh
1VBY|1|B|C|1571VBY|1|B|U|155cHS
1VBY|1|B|C|1721VBY|1|B|A|171s53
1VBY|1|B|C|1721VBY|1|B|C|1720BPh
1VBY|1|B|C|1721VBY|1|B|G|111cWW
1VBY|1|B|G|1011VBY|1|B|C|122s53
1VBY|1|B|G|1011VBY|1|B|G|101n0BP
1VBY|1|B|G|1011VBY|1|B|G|102s35
1VBY|1|B|G|1011VBY|1|B|G|138s55
1VBY|1|B|G|1011VBY|1|B|U|137cWW
1VBY|1|B|G|1021VBY|1|B|C|103s35
1VBY|1|B|G|1021VBY|1|B|C|136cWW
1VBY|1|B|G|1021VBY|1|B|G|101s53
1VBY|1|B|G|1021VBY|1|B|G|1020BPh
1VBY|1|B|G|1021VBY|1|B|U|137s55
1VBY|1|B|G|1051VBY|1|B|C|104s53
1VBY|1|B|G|1051VBY|1|B|C|133cWW
1VBY|1|B|G|1051VBY|1|B|G|1050BPh
1VBY|1|B|G|1051VBY|1|B|G|106s35
1VBY|1|B|G|1051VBY|1|B|G|134s55
1VBY|1|B|G|1061VBY|1|B|C|107s35
1VBY|1|B|G|1061VBY|1|B|C|132cWW
1VBY|1|B|G|1061VBY|1|B|C|133s55
1VBY|1|B|G|1061VBY|1|B|G|105s53
1VBY|1|B|G|1061VBY|1|B|G|1060BPh
1VBY|1|B|G|1101VBY|1|B|G|110n0BP
1VBY|1|B|G|1101VBY|1|B|G|111s35
1VBY|1|B|G|1111VBY|1|B|C|172cWW
1VBY|1|B|G|1111VBY|1|B|G|110s53
1VBY|1|B|G|1111VBY|1|B|G|1110BPh
1VBY|1|B|G|1111VBY|1|B|U|112s35
1VBY|1|B|G|1171VBY|1|B|A|116s53
1VBY|1|B|G|1171VBY|1|B|C|118s35
1VBY|1|B|G|1171VBY|1|B|C|130cWW
1VBY|1|B|G|1171VBY|1|B|G|1170BPh
1VBY|1|B|G|1171VBY|1|B|U|167s55
1VBY|1|B|G|1251VBY|1|B|C|124s55
1VBY|1|B|G|1251VBY|1|B|G|128s35
1VBY|1|B|G|1251VBY|1|B|U|120ncWW
1VBY|1|B|G|1281VBY|1|B|C|119cWW
1VBY|1|B|G|1281VBY|1|B|G|125s53
1VBY|1|B|G|1281VBY|1|B|G|129s35
1VBY|1|B|G|1281VBY|1|B|U|120s55
1VBY|1|B|G|1291VBY|1|B|A|166tSS
1VBY|1|B|G|1291VBY|1|B|C|118cWW
1VBY|1|B|G|1291VBY|1|B|C|119s55
1VBY|1|B|G|1291VBY|1|B|C|130s35
1VBY|1|B|G|1291VBY|1|B|G|128s53
1VBY|1|B|G|1291VBY|1|B|G|1290BPh
1VBY|1|B|G|1311VBY|1|B|A|108s55
1VBY|1|B|G|1311VBY|1|B|C|107cWW
1VBY|1|B|G|1311VBY|1|B|C|132s35
1VBY|1|B|G|1341VBY|1|B|C|104cWW
1VBY|1|B|G|1341VBY|1|B|C|133s53
1VBY|1|B|G|1341VBY|1|B|G|105s55
1VBY|1|B|G|1341VBY|1|B|G|1340BPh
1VBY|1|B|G|1341VBY|1|B|G|135s35
1VBY|1|B|G|1351VBY|1|B|C|103cWW
1VBY|1|B|G|1351VBY|1|B|C|104s55
1VBY|1|B|G|1351VBY|1|B|C|136s35
1VBY|1|B|G|1351VBY|1|B|G|134s53
1VBY|1|B|G|1351VBY|1|B|G|1350BPh
1VBY|1|B|G|1381VBY|1|B|C|122cWW
1VBY|1|B|G|1381VBY|1|B|G|101s55
1VBY|1|B|G|1381VBY|1|B|G|1380BPh
1VBY|1|B|G|1381VBY|1|B|G|139s35
1VBY|1|B|G|1381VBY|1|B|U|137
1VBY|1|B|G|1391VBY|1|B|C|121cWW
1VBY|1|B|G|1391VBY|1|B|C|122s55
1VBY|1|B|G|1391VBY|1|B|G|138s53
1VBY|1|B|G|1391VBY|1|B|G|1390BPh
1VBY|1|B|G|1391VBY|1|B|G|140s35
1VBY|1|B|G|1401VBY|1|B|C|121s55
1VBY|1|B|G|1401VBY|1|B|C|141s35
1VBY|1|B|G|1401VBY|1|B|G|139s53
1VBY|1|B|G|1401VBY|1|B|G|1400BPh
1VBY|1|B|G|1401VBY|1|B|G|162
1VBY|1|B|G|1511VBY|1|B|U|150s55
1VBY|1|B|G|1581VBY|1|B|A|148s55
1VBY|1|B|G|1581VBY|1|B|C|147cWW
1VBY|1|B|G|1581VBY|1|B|G|1580BPh
1VBY|1|B|G|1581VBY|1|B|G|159s35
1VBY|1|B|G|1591VBY|1|B|C|146cWW
1VBY|1|B|G|1591VBY|1|B|C|147s55
1VBY|1|B|G|1591VBY|1|B|G|158s53
1VBY|1|B|G|1591VBY|1|B|G|1590BPh
1VBY|1|B|G|1591VBY|1|B|U|160s35
1VBY|1|B|G|1611VBY|1|B|A|145s55
1VBY|1|B|G|1611VBY|1|B|C|141tHW
1VBY|1|B|G|1611VBY|1|B|C|144cWW
1VBY|1|B|G|1611VBY|1|B|G|1610BPh
1VBY|1|B|G|1611VBY|1|B|G|162s35
1VBY|1|B|G|1611VBY|1|B|U|160s53
1VBY|1|B|G|1621VBY|1|B|A|143cWW
1VBY|1|B|G|1621VBY|1|B|C|121s35
1VBY|1|B|G|1621VBY|1|B|G|140
1VBY|1|B|G|1621VBY|1|B|G|161s53
1VBY|1|B|G|1621VBY|1|B|G|1620BPh
1VBY|1|B|G|1641VBY|1|B|G|164n0BP
1VBY|1|B|G|1681VBY|1|B|A|116s55
1VBY|1|B|G|1681VBY|1|B|C|115cWW
1VBY|1|B|G|1681VBY|1|B|G|169s35
1VBY|1|B|G|1681VBY|1|B|U|167s53
1VBY|1|B|G|1691VBY|1|B|C|114cWW
1VBY|1|B|G|1691VBY|1|B|C|115s55
1VBY|1|B|G|1691VBY|1|B|G|168s53
1VBY|1|B|G|1691VBY|1|B|G|1690BPh
1VBY|1|B|G|1691VBY|1|B|G|170s35
1VBY|1|B|G|1701VBY|1|B|A|171s35
1VBY|1|B|G|1701VBY|1|B|C|113cWW
1VBY|1|B|G|1701VBY|1|B|C|114s55
1VBY|1|B|G|1701VBY|1|B|G|169s53
1VBY|1|B|G|1701VBY|1|B|G|1700BPh
1VBY|1|B|U|1001VBY|1|B|C|103ntSHn5BP
1VBY|1|B|U|1001VBY|1|B|U|100n0BP
1VBY|1|B|U|1091VBY|1|B|A|108s53
1VBY|1|B|U|1091VBY|1|B|U|1090BPh
1VBY|1|B|U|1121VBY|1|B|A|171cWW
1VBY|1|B|U|1121VBY|1|B|C|113s35
1VBY|1|B|U|1121VBY|1|B|G|111s53
1VBY|1|B|U|1121VBY|1|B|U|1120BPh
1VBY|1|B|U|1201VBY|1|B|C|119s53
1VBY|1|B|U|1201VBY|1|B|C|124s35
1VBY|1|B|U|1201VBY|1|B|G|125ncWW
1VBY|1|B|U|1201VBY|1|B|G|128s55
1VBY|1|B|U|1201VBY|1|B|U|1200BPh
1VBY|1|B|U|1201VBY|1|B|U|163cSH
1VBY|1|B|U|1231VBY|1|B|C|124n0BP
1VBY|1|B|U|1271VBY|1|B|U|1270BPh
1VBY|1|B|U|1371VBY|1|B|C|136s53
1VBY|1|B|U|1371VBY|1|B|G|101cWW
1VBY|1|B|U|1371VBY|1|B|G|102s55
1VBY|1|B|U|1371VBY|1|B|U|1370BPh
1VBY|1|B|U|1491VBY|1|B|A|148s53
1VBY|1|B|U|1491VBY|1|B|U|1490BPh
1VBY|1|B|U|1501VBY|1|B|G|151s55
1VBY|1|B|U|1501VBY|1|B|U|1500BPh
1VBY|1|B|U|1551VBY|1|B|C|156ncSH
1VBY|1|B|U|1551VBY|1|B|C|157cSH
1VBY|1|B|U|1551VBY|1|B|U|1550BPh
1VBY|1|B|U|1601VBY|1|B|A|145cWW
1VBY|1|B|U|1601VBY|1|B|C|141s33
1VBY|1|B|U|1601VBY|1|B|G|159s53
1VBY|1|B|U|1601VBY|1|B|G|161s35
1VBY|1|B|U|1601VBY|1|B|U|1600BPh
1VBY|1|B|U|1631VBY|1|B|A|165s55
1VBY|1|B|U|1631VBY|1|B|C|1219BPh
1VBY|1|B|U|1631VBY|1|B|G|1015BPh
1VBY|1|B|U|1631VBY|1|B|U|120cHS
1VBY|1|B|U|1671VBY|1|B|A|116cWW
1VBY|1|B|U|1671VBY|1|B|C|130s53
1VBY|1|B|U|1671VBY|1|B|G|117s55
1VBY|1|B|U|1671VBY|1|B|G|168s35


Base-PairsCount (31)Relative Frequency
cWW230.742
tWH10.032
cWS10.032
cHS30.097
cSS20.065
tSS10.032
Base-PhosphateCount (59)Relative Frequency
5BPh10.017
9BPh20.034
0BPh560.949
Base-StackingCount (38)Relative Frequency
s3310.026
s53170.447
s55200.526

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

ndbadmin@ndbserver.rutgers.edui ©1995-2022 The Nucleic Acid Database Project | Rutgers, The State University of New Jersey