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NDB ID: PR0120  PDB ID: 1VC6 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

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Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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1VC6|1|B|G|1691VC6|1|B|G|168s53
1VC6|1|B|G|1691VC6|1|B|G|1690BPh
1VC6|1|B|G|1691VC6|1|B|G|170s35
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1VC6|1|B|G|1701VC6|1|B|C|113cWW
1VC6|1|B|G|1701VC6|1|B|C|114s55
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1VC6|1|B|U|1121VC6|1|B|G|111s53
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1VC6|1|B|U|1201VC6|1|B|G|128s55
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1VC6|1|B|U|1631VC6|1|B|C|121n9BP
1VC6|1|B|U|1631VC6|1|B|U|120
1VC6|1|B|U|1671VC6|1|B|A|116cWW
1VC6|1|B|U|1671VC6|1|B|C|130s53
1VC6|1|B|U|1671VC6|1|B|G|117s55
1VC6|1|B|U|1671VC6|1|B|G|168s35


Base-PairsCount (29)Relative Frequency
cWW220.759
tWH10.034
cWS10.034
cHS20.069
cSS20.069
tSS10.034
Base-PhosphateCount (58)Relative Frequency
7BPh10.017
0BPh570.983
Base-StackingCount (38)Relative Frequency
s3310.026
s53170.447
s55200.526

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)