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NDB ID: PR0145  PDB ID: 1WZ2 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1WZ2|1|C|A|9141WZ2|1|C|A|924ncWS
1WZ2|1|C|A|9141WZ2|1|C|A|925s55
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1WZ2|1|C|A|9231WZ2|1|C|U|959s55
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1WZ2|1|D|U|9671WZ2|1|D|U|9670BPh
1WZ2|1|D|U|9721WZ2|1|D|A|970
1WZ2|1|D|U|9721WZ2|1|D|A|971s539BPh
1WZ2|1|D|U|9721WZ2|1|D|G|9205BPh
1WZ2|1|D|U|9721WZ2|1|D|U|9720BPh


Base-PairsCount (66)Relative Frequency
cWW480.727
tWW20.030
tWH70.106
cWS10.015
tWS40.061
cHS10.015
tHS10.015
tSS20.030
Base-PhosphateCount (134)Relative Frequency
5BPh30.022
6BPh10.007
7BPh20.015
8BPh10.007
9BPh40.030
0BPh1230.918
Base-StackingCount (79)Relative Frequency
s3360.076
s53270.342
s55460.582

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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