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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: 1XST  PDB ID: 1XST 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1XST|1|A|A|181XST|1|A|A|180BPh
1XST|1|A|A|181XST|1|A|C|19ns35
1XST|1|A|A|181XST|1|A|G|17s53
1XST|1|A|A|181XST|1|A|U|11cWW
1XST|1|A|A|31XST|1|A|A|30BPh
1XST|1|A|A|31XST|1|A|A|4s35
1XST|1|A|A|31XST|1|A|G|2ns53
1XST|1|A|A|31XST|1|A|U|25cWW
1XST|1|A|A|41XST|1|A|A|3s53
1XST|1|A|A|41XST|1|A|A|40BPh
1XST|1|A|A|41XST|1|A|G|5s35
1XST|1|A|A|41XST|1|A|U|24cWW
1XST|1|A|A|61XST|1|A|C|23ncWS
1XST|1|A|A|61XST|1|A|C|7s35
1XST|1|A|A|61XST|1|A|G|5ncHS
1XST|1|A|C|121XST|1|A|C|120BPh
1XST|1|A|C|121XST|1|A|G|17cWW
1XST|1|A|C|121XST|1|A|U|11s53
1XST|1|A|C|121XST|1|A|U|13s35
1XST|1|A|C|151XST|1|A|G|16s53
1XST|1|A|C|151XST|1|A|U|13ns53
1XST|1|A|C|191XST|1|A|A|18ns53
1XST|1|A|C|191XST|1|A|C|190BPh
1XST|1|A|C|191XST|1|A|C|20s35
1XST|1|A|C|191XST|1|A|G|10cWW
1XST|1|A|C|201XST|1|A|C|19s53
1XST|1|A|C|201XST|1|A|C|200BPh
1XST|1|A|C|201XST|1|A|G|21ns35
1XST|1|A|C|201XST|1|A|G|9cWW
1XST|1|A|C|231XST|1|A|A|6ncSW
1XST|1|A|C|231XST|1|A|C|230BPh
1XST|1|A|C|231XST|1|A|G|22s53
1XST|1|A|C|231XST|1|A|G|5cWW
1XST|1|A|C|231XST|1|A|U|24s35
1XST|1|A|C|261XST|1|A|C|260BPh
1XST|1|A|C|261XST|1|A|C|27s35
1XST|1|A|C|261XST|1|A|G|2cWW
1XST|1|A|C|261XST|1|A|U|25s53
1XST|1|A|C|271XST|1|A|C|26s53
1XST|1|A|C|271XST|1|A|C|270BPh
1XST|1|A|C|271XST|1|A|G|1cWW
1XST|1|A|C|271XST|1|A|G|2s55
1XST|1|A|C|71XST|1|A|A|6s530BPh
1XST|1|A|C|71XST|1|A|C|7n0BP
1XST|1|A|C|71XST|1|A|C|8s35
1XST|1|A|C|71XST|1|A|G|22cWW
1XST|1|A|C|81XST|1|A|C|7s53
1XST|1|A|C|81XST|1|A|C|80BPh
1XST|1|A|C|81XST|1|A|G|21cWW
1XST|1|A|C|81XST|1|A|G|22s55
1XST|1|A|C|81XST|1|A|G|9ns35
1XST|1|A|G|11XST|1|A|C|27cWW
1XST|1|A|G|11XST|1|A|G|10BPh
1XST|1|A|G|11XST|1|A|G|2ns35
1XST|1|A|G|101XST|1|A|C|19cWW
1XST|1|A|G|101XST|1|A|G|10n0BP
1XST|1|A|G|101XST|1|A|G|9s53
1XST|1|A|G|101XST|1|A|U|11s35
1XST|1|A|G|161XST|1|A|C|15s35
1XST|1|A|G|161XST|1|A|G|17s55
1XST|1|A|G|161XST|1|A|U|13tWS
1XST|1|A|G|171XST|1|A|A|18s35
1XST|1|A|G|171XST|1|A|C|12cWW
1XST|1|A|G|171XST|1|A|G|16s55
1XST|1|A|G|171XST|1|A|G|170BPh
1XST|1|A|G|21XST|1|A|A|3ns35
1XST|1|A|G|21XST|1|A|C|26cWW
1XST|1|A|G|21XST|1|A|C|27s55
1XST|1|A|G|21XST|1|A|G|1ns53
1XST|1|A|G|21XST|1|A|G|20BPh
1XST|1|A|G|211XST|1|A|C|20ns53
1XST|1|A|G|211XST|1|A|C|8cWW
1XST|1|A|G|211XST|1|A|G|210BPh
1XST|1|A|G|211XST|1|A|G|22s35
1XST|1|A|G|211XST|1|A|G|9ns55
1XST|1|A|G|221XST|1|A|C|23s35
1XST|1|A|G|221XST|1|A|C|7cWW
1XST|1|A|G|221XST|1|A|C|8s55
1XST|1|A|G|221XST|1|A|G|21s53
1XST|1|A|G|221XST|1|A|G|220BPh
1XST|1|A|G|51XST|1|A|A|4s53
1XST|1|A|G|51XST|1|A|A|6ncSH
1XST|1|A|G|51XST|1|A|C|23cWW
1XST|1|A|G|51XST|1|A|G|5n0BP
1XST|1|A|G|51XST|1|A|U|24s55
1XST|1|A|G|91XST|1|A|C|20cWW
1XST|1|A|G|91XST|1|A|C|8ns53
1XST|1|A|G|91XST|1|A|G|10s35
1XST|1|A|G|91XST|1|A|G|21ns55
1XST|1|A|G|91XST|1|A|G|90BPh
1XST|1|A|U|111XST|1|A|A|18cWW
1XST|1|A|U|111XST|1|A|C|12s35
1XST|1|A|U|111XST|1|A|G|10s53
1XST|1|A|U|111XST|1|A|U|110BPh
1XST|1|A|U|131XST|1|A|C|12s53n9BP
1XST|1|A|U|131XST|1|A|C|15ns35
1XST|1|A|U|131XST|1|A|G|16tSW
1XST|1|A|U|131XST|1|A|U|130BPh
1XST|1|A|U|141XST|1|A|U|13
1XST|1|A|U|141XST|1|A|U|140BPh
1XST|1|A|U|241XST|1|A|A|4cWW
1XST|1|A|U|241XST|1|A|C|23s53
1XST|1|A|U|241XST|1|A|G|5s55
1XST|1|A|U|241XST|1|A|U|240BPh
1XST|1|A|U|251XST|1|A|A|3cWW
1XST|1|A|U|251XST|1|A|C|26s35
1XST|1|A|U|251XST|1|A|U|24
1XST|1|A|U|251XST|1|A|U|250BPh


Base-PairsCount (12)Relative Frequency
cWW110.917
tWS10.083
Base-PhosphateCount (22)Relative Frequency
0BPh221.000
Base-StackingCount (10)Relative Frequency
s5360.600
s5540.400

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)