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NDB ID: 1XV0  PDB ID: 1XV0 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1XV0|1|A|A|61XV0|1|A|A|60BPh
1XV0|1|A|A|61XV0|1|A|G|7s35
1XV0|1|A|A|61XV0|1|B|A|15s55
1XV0|1|A|A|61XV0|1|B|G|14tHS
1XV0|1|A|C|91XV0|1|A|C|90BPh
1XV0|1|A|C|91XV0|1|A|G|8s53
1XV0|1|A|C|91XV0|1|A|U|10s35
1XV0|1|A|C|91XV0|1|B|G|11cWW
1XV0|1|A|G|11XV0|1|A|G|10BPh
1XV0|1|A|G|11XV0|1|A|G|2s35
1XV0|1|A|G|11XV0|1|B|C|19cWW
1XV0|1|A|G|21XV0|1|A|G|1s53
1XV0|1|A|G|21XV0|1|A|G|20BPh
1XV0|1|A|G|21XV0|1|A|U|3s35
1XV0|1|A|G|21XV0|1|B|C|18cWW
1XV0|1|A|G|21XV0|1|B|C|19s55
1XV0|1|A|G|41XV0|1|A|G|40BPh
1XV0|1|A|G|41XV0|1|A|G|5s35
1XV0|1|A|G|41XV0|1|A|U|3s53
1XV0|1|A|G|41XV0|1|B|A|15n5BP
1XV0|1|A|G|41XV0|1|B|A|16tSH
1XV0|1|A|G|41XV0|1|B|G|17ns55
1XV0|1|A|G|51XV0|1|A|G|4s53
1XV0|1|A|G|51XV0|1|A|G|50BPh
1XV0|1|A|G|51XV0|1|B|A|15ntSH3BPh
1XV0|1|A|G|51XV0|1|B|G|14s33
1XV0|1|A|G|71XV0|1|A|A|6s53
1XV0|1|A|G|71XV0|1|A|G|70BPh
1XV0|1|A|G|71XV0|1|A|G|8s35
1XV0|1|A|G|71XV0|1|B|C|13cWW
1XV0|1|A|G|71XV0|1|B|G|14ns55
1XV0|1|A|G|81XV0|1|A|C|9s35
1XV0|1|A|G|81XV0|1|A|G|7s53
1XV0|1|A|G|81XV0|1|A|G|80BPh
1XV0|1|A|G|81XV0|1|B|C|12cWW
1XV0|1|A|G|81XV0|1|B|C|13s55
1XV0|1|A|U|101XV0|1|A|C|9s53
1XV0|1|A|U|101XV0|1|A|U|100BPh
1XV0|1|A|U|101XV0|1|B|G|11s55
1XV0|1|A|U|31XV0|1|A|G|2s53
1XV0|1|A|U|31XV0|1|A|G|4s35
1XV0|1|A|U|31XV0|1|A|U|30BPh
1XV0|1|A|U|31XV0|1|B|G|17cWW
1XV0|1|B|A|151XV0|1|A|A|6s55n7BP
1XV0|1|B|A|151XV0|1|A|G|5ntHS
1XV0|1|B|A|151XV0|1|B|A|16s35
1XV0|1|B|A|161XV0|1|A|G|4tHS
1XV0|1|B|A|161XV0|1|B|A|15s53
1XV0|1|B|A|161XV0|1|B|A|160BPh
1XV0|1|B|A|161XV0|1|B|G|17s35
1XV0|1|B|C|121XV0|1|A|G|8cWW
1XV0|1|B|C|121XV0|1|B|C|120BPh
1XV0|1|B|C|121XV0|1|B|C|13s35
1XV0|1|B|C|121XV0|1|B|G|11s53
1XV0|1|B|C|131XV0|1|A|G|7cWW
1XV0|1|B|C|131XV0|1|A|G|8s55
1XV0|1|B|C|131XV0|1|B|C|12s53
1XV0|1|B|C|131XV0|1|B|C|130BPh
1XV0|1|B|C|131XV0|1|B|G|14s35
1XV0|1|B|C|181XV0|1|A|G|2cWW
1XV0|1|B|C|181XV0|1|B|C|180BPh
1XV0|1|B|C|181XV0|1|B|C|19s35
1XV0|1|B|C|181XV0|1|B|G|17s53
1XV0|1|B|C|191XV0|1|A|G|1cWW
1XV0|1|B|C|191XV0|1|A|G|2s55
1XV0|1|B|C|191XV0|1|B|C|18s53
1XV0|1|B|C|191XV0|1|B|C|190BPh
1XV0|1|B|G|111XV0|1|A|C|9cWW
1XV0|1|B|G|111XV0|1|A|U|10s55
1XV0|1|B|G|111XV0|1|B|C|12s35
1XV0|1|B|G|111XV0|1|B|G|110BPh
1XV0|1|B|G|141XV0|1|A|A|6tSH
1XV0|1|B|G|141XV0|1|A|G|5s33
1XV0|1|B|G|141XV0|1|A|G|7ns55
1XV0|1|B|G|141XV0|1|B|C|13s53
1XV0|1|B|G|171XV0|1|A|G|4ns55
1XV0|1|B|G|171XV0|1|A|U|3cWW
1XV0|1|B|G|171XV0|1|B|A|16s53
1XV0|1|B|G|171XV0|1|B|C|18s35
1XV0|1|B|G|171XV0|1|B|G|17n0BP


Base-PairsCount (8)Relative Frequency
cWW60.750
tHS20.250
Base-PhosphateCount (17)Relative Frequency
3BPh10.059
0BPh160.941
Base-StackingCount (9)Relative Frequency
s3310.111
s5340.444
s5540.444

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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