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NDB ID: 1YG3  PDB ID: 1YG3 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1YG3|1|A|A|131YG3|1|A|A|130BPh
1YG3|1|A|A|131YG3|1|A|A|3ns337BPh
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1YG3|1|A|A|131YG3|1|A|C|15ncSH
1YG3|1|A|A|131YG3|1|A|G|12ns53
1YG3|1|A|A|131YG3|1|A|G|4ns33
1YG3|1|A|A|161YG3|1|A|A|160BPh
1YG3|1|A|A|161YG3|1|A|A|22cSW
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1YG3|1|A|A|161YG3|1|A|C|15s53
1YG3|1|A|A|161YG3|1|A|C|17s35
1YG3|1|A|A|161YG3|1|A|G|6s55
1YG3|1|A|A|161YG3|1|A|U|5cWW
1YG3|1|A|A|201YG3|1|A|A|21s35
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1YG3|1|A|A|201YG3|1|A|U|18
1YG3|1|A|A|201YG3|1|A|U|19ns55
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1YG3|1|A|A|211YG3|1|A|A|22ns35
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1YG3|1|A|A|211YG3|1|A|U|5s35
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1YG3|1|A|A|221YG3|1|A|U|5ncHS
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1YG3|1|A|A|231YG3|1|A|A|24s35
1YG3|1|A|A|231YG3|1|A|G|6s35
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1YG3|1|A|A|241YG3|1|A|A|26s35
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1YG3|1|A|A|261YG3|1|A|A|24s53
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1YG3|1|A|A|31YG3|1|A|A|3n0BP
1YG3|1|A|A|31YG3|1|A|G|4s35
1YG3|1|A|A|31YG3|1|A|U|18cWW
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1YG3|1|A|C|101YG3|1|A|G|9s53
1YG3|1|A|C|111YG3|1|A|C|10s53
1YG3|1|A|C|111YG3|1|A|C|11n0BP
1YG3|1|A|C|111YG3|1|A|G|12s35
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1YG3|1|A|C|111YG3|1|A|G|9
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1YG3|1|A|C|141YG3|1|A|G|12s53
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1YG3|1|A|C|151YG3|1|A|A|16s35
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1YG3|1|A|C|151YG3|1|A|G|7s55
1YG3|1|A|C|171YG3|1|A|A|16s53
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1YG3|1|A|C|171YG3|1|A|A|21cSW
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1YG3|1|A|C|171YG3|1|A|C|17n0BP
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1YG3|1|A|C|271YG3|1|A|C|27n0BP
1YG3|1|A|C|271YG3|1|A|C|28s35
1YG3|1|A|C|281YG3|1|A|C|27s53
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1YG3|1|A|G|61YG3|1|A|A|16s55
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1YG3|1|A|G|61YG3|1|A|A|23s53
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1YG3|1|A|G|61YG3|1|A|G|6n0BP
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1YG3|1|A|G|71YG3|1|A|G|6s53
1YG3|1|A|G|91YG3|1|A|C|10s35
1YG3|1|A|G|91YG3|1|A|G|9n0BP
1YG3|1|A|U|181YG3|1|A|A|3cWW
1YG3|1|A|U|181YG3|1|A|C|17s53
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1YG3|1|A|U|51YG3|1|A|A|21s53
1YG3|1|A|U|51YG3|1|A|A|22ncSH
1YG3|1|A|U|51YG3|1|A|G|4s53
1YG3|1|A|U|51YG3|1|A|G|6s35
1YG3|1|A|U|51YG3|1|A|U|50BPh


Base-PairsCount (12)Relative Frequency
cWW80.667
cWS30.250
tWS10.083
Base-PhosphateCount (10)Relative Frequency
7BPh10.100
0BPh90.900
Base-StackingCount (9)Relative Frequency
s5350.556
s5540.444

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)