A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 11-May-2022 number of released structures: 12077
Search for released structures

NDB ID: PRV006  PDB ID: 1ZDI 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1ZDI|1|R|A|12||||P_11ZDI|1|R|A|12||||P_10BPh
1ZDI|1|R|A|12||||P_P1ZDI|1|R|A|12||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|A|16||||P_11ZDI|1|R|A|16||||P_10BPh
1ZDI|1|R|A|16||||P_11ZDI|1|R|C|15||||P_1s53
1ZDI|1|R|A|16||||P_11ZDI|1|R|G|5||||P_1s55
1ZDI|1|R|A|16||||P_11ZDI|1|R|U|17||||P_1s35
1ZDI|1|R|A|16||||P_11ZDI|1|R|U|4||||P_1cWW
1ZDI|1|R|A|16||||P_P1ZDI|1|R|A|16||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|A|16||||P_P1ZDI|1|R|C|15||||P_Ps53
1ZDI|1|R|A|16||||P_P1ZDI|1|R|G|5||||P_Ps55
1ZDI|1|R|A|16||||P_P1ZDI|1|R|U|17||||P_Ps35
1ZDI|1|R|A|16||||P_P1ZDI|1|R|U|4||||P_PcWW
1ZDI|1|R|A|3||||P_11ZDI|1|R|A|3||||P_10BPh
1ZDI|1|R|A|3||||P_11ZDI|1|R|G|18||||P_1s55
1ZDI|1|R|A|3||||P_11ZDI|1|R|U|17||||P_1cWW
1ZDI|1|R|A|3||||P_11ZDI|1|R|U|4||||P_1s35
1ZDI|1|R|A|3||||P_P1ZDI|1|R|A|3||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|A|3||||P_P1ZDI|1|R|G|18||||P_Ps55
1ZDI|1|R|A|3||||P_P1ZDI|1|R|U|17||||P_PcWW
1ZDI|1|R|A|3||||P_P1ZDI|1|R|U|4||||P_Ps35
1ZDI|1|R|A|9||||P_11ZDI|1|R|A|9||||P_10BPh
1ZDI|1|R|A|9||||P_11ZDI|1|R|C|13||||P_1ns55
1ZDI|1|R|A|9||||P_11ZDI|1|R|G|8||||P_1s53
1ZDI|1|R|A|9||||P_11ZDI|1|R|U|11||||P_1s35
1ZDI|1|R|A|9||||P_P1ZDI|1|R|A|9||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|A|9||||P_P1ZDI|1|R|C|13||||P_Pns55
1ZDI|1|R|A|9||||P_P1ZDI|1|R|G|8||||P_Ps53
1ZDI|1|R|A|9||||P_P1ZDI|1|R|U|11||||P_Ps35
1ZDI|1|R|C|13||||P_11ZDI|1|R|A|9||||P_1ns55
1ZDI|1|R|C|13||||P_11ZDI|1|R|C|14||||P_1s35
1ZDI|1|R|C|13||||P_11ZDI|1|R|G|8||||P_1cWW
1ZDI|1|R|C|13||||P_P1ZDI|1|R|A|9||||P_Pns55
1ZDI|1|R|C|13||||P_P1ZDI|1|R|C|14||||P_Ps35
1ZDI|1|R|C|13||||P_P1ZDI|1|R|G|8||||P_PcWW
1ZDI|1|R|C|14||||P_11ZDI|1|R|C|13||||P_1s53
1ZDI|1|R|C|14||||P_11ZDI|1|R|C|14||||P_10BPh
1ZDI|1|R|C|14||||P_11ZDI|1|R|C|15||||P_1s35
1ZDI|1|R|C|14||||P_11ZDI|1|R|G|7||||P_1cWW
1ZDI|1|R|C|14||||P_11ZDI|1|R|G|8||||P_1s55
1ZDI|1|R|C|14||||P_P1ZDI|1|R|C|13||||P_Ps53
1ZDI|1|R|C|14||||P_P1ZDI|1|R|C|14||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|C|14||||P_P1ZDI|1|R|C|15||||P_Ps35
1ZDI|1|R|C|14||||P_P1ZDI|1|R|G|7||||P_PcWW
1ZDI|1|R|C|14||||P_P1ZDI|1|R|G|8||||P_Ps55
1ZDI|1|R|C|15||||P_11ZDI|1|R|A|16||||P_1s35
1ZDI|1|R|C|15||||P_11ZDI|1|R|C|14||||P_1s53
1ZDI|1|R|C|15||||P_11ZDI|1|R|C|15||||P_10BPh
1ZDI|1|R|C|15||||P_11ZDI|1|R|G|5||||P_1cWW
1ZDI|1|R|C|15||||P_11ZDI|1|R|G|7||||P_1s55
1ZDI|1|R|C|15||||P_P1ZDI|1|R|A|16||||P_Ps35
1ZDI|1|R|C|15||||P_P1ZDI|1|R|C|14||||P_Ps53
1ZDI|1|R|C|15||||P_P1ZDI|1|R|C|15||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|C|15||||P_P1ZDI|1|R|G|5||||P_PcWW
1ZDI|1|R|C|15||||P_P1ZDI|1|R|G|7||||P_Ps55
1ZDI|1|R|G|18||||P_11ZDI|1|R|A|3||||P_1s55
1ZDI|1|R|G|18||||P_11ZDI|1|R|G|18||||P_1n0BP
1ZDI|1|R|G|18||||P_11ZDI|1|R|U|17||||P_1s53
1ZDI|1|R|G|18||||P_P1ZDI|1|R|A|3||||P_Ps55
1ZDI|1|R|G|18||||P_P1ZDI|1|R|G|18||||P_Pn0BP
1ZDI|1|R|G|18||||P_P1ZDI|1|R|U|17||||P_Ps53
1ZDI|1|R|G|5||||P_11ZDI|1|R|A|16||||P_1s55
1ZDI|1|R|G|5||||P_11ZDI|1|R|C|15||||P_1cWW
1ZDI|1|R|G|5||||P_11ZDI|1|R|G|5||||P_10BPh
1ZDI|1|R|G|5||||P_11ZDI|1|R|G|7||||P_1s35
1ZDI|1|R|G|5||||P_11ZDI|1|R|U|4||||P_1s53
1ZDI|1|R|G|5||||P_P1ZDI|1|R|A|16||||P_Ps55
1ZDI|1|R|G|5||||P_P1ZDI|1|R|C|15||||P_PcWW
1ZDI|1|R|G|5||||P_P1ZDI|1|R|G|5||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|G|5||||P_P1ZDI|1|R|G|7||||P_Ps35
1ZDI|1|R|G|5||||P_P1ZDI|1|R|U|4||||P_Ps53
1ZDI|1|R|G|7||||P_11ZDI|1|R|C|14||||P_1cWW
1ZDI|1|R|G|7||||P_11ZDI|1|R|C|15||||P_1s55
1ZDI|1|R|G|7||||P_11ZDI|1|R|G|5||||P_1s53
1ZDI|1|R|G|7||||P_11ZDI|1|R|G|8||||P_1s35
1ZDI|1|R|G|7||||P_P1ZDI|1|R|C|14||||P_PcWW
1ZDI|1|R|G|7||||P_P1ZDI|1|R|C|15||||P_Ps55
1ZDI|1|R|G|7||||P_P1ZDI|1|R|G|5||||P_Ps53
1ZDI|1|R|G|7||||P_P1ZDI|1|R|G|8||||P_Ps35
1ZDI|1|R|G|8||||P_11ZDI|1|R|A|9||||P_1s35
1ZDI|1|R|G|8||||P_11ZDI|1|R|C|13||||P_1cWW
1ZDI|1|R|G|8||||P_11ZDI|1|R|C|14||||P_1s55
1ZDI|1|R|G|8||||P_11ZDI|1|R|G|7||||P_1s53
1ZDI|1|R|G|8||||P_11ZDI|1|R|G|8||||P_10BPh
1ZDI|1|R|G|8||||P_P1ZDI|1|R|A|9||||P_Ps35
1ZDI|1|R|G|8||||P_P1ZDI|1|R|C|13||||P_PcWW
1ZDI|1|R|G|8||||P_P1ZDI|1|R|C|14||||P_Ps55
1ZDI|1|R|G|8||||P_P1ZDI|1|R|G|7||||P_Ps53
1ZDI|1|R|G|8||||P_P1ZDI|1|R|G|8||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|U|10||||P_11ZDI|1|R|A|9||||P_1
1ZDI|1|R|U|10||||P_11ZDI|1|R|U|10||||P_10BPh
1ZDI|1|R|U|10||||P_P1ZDI|1|R|A|9||||P_P
1ZDI|1|R|U|10||||P_P1ZDI|1|R|U|10||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|U|11||||P_11ZDI|1|R|A|9||||P_1s53
1ZDI|1|R|U|11||||P_11ZDI|1|R|U|10||||P_19BPh
1ZDI|1|R|U|11||||P_11ZDI|1|R|U|11||||P_10BPh
1ZDI|1|R|U|11||||P_P1ZDI|1|R|A|9||||P_Ps53
1ZDI|1|R|U|11||||P_P1ZDI|1|R|U|10||||P_P9BPh
1ZDI|1|R|U|11||||P_P1ZDI|1|R|U|11||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|U|17||||P_11ZDI|1|R|A|16||||P_1s53
1ZDI|1|R|U|17||||P_11ZDI|1|R|A|3||||P_1cWW
1ZDI|1|R|U|17||||P_11ZDI|1|R|G|18||||P_1s35
1ZDI|1|R|U|17||||P_11ZDI|1|R|U|17||||P_10BPh
1ZDI|1|R|U|17||||P_P1ZDI|1|R|A|16||||P_Ps53
1ZDI|1|R|U|17||||P_P1ZDI|1|R|A|3||||P_PcWW
1ZDI|1|R|U|17||||P_P1ZDI|1|R|G|18||||P_Ps35
1ZDI|1|R|U|17||||P_P1ZDI|1|R|U|17||||P_P0BPh
1ZDI|1|R|U|4||||P_11ZDI|1|R|A|16||||P_1cWW
1ZDI|1|R|U|4||||P_11ZDI|1|R|A|3||||P_1s53
1ZDI|1|R|U|4||||P_11ZDI|1|R|G|5||||P_1s35
1ZDI|1|R|U|4||||P_11ZDI|1|R|U|4||||P_10BPh
1ZDI|1|R|U|4||||P_P1ZDI|1|R|A|16||||P_PcWW
1ZDI|1|R|U|4||||P_P1ZDI|1|R|A|3||||P_Ps53
1ZDI|1|R|U|4||||P_P1ZDI|1|R|G|5||||P_Ps35
1ZDI|1|R|U|4||||P_P1ZDI|1|R|U|4||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|A|12||||P_11ZDI|1|S|A|12||||P_10BPh
1ZDI|1|S|A|12||||P_P1ZDI|1|S|A|12||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|A|16||||P_11ZDI|1|S|A|16||||P_10BPh
1ZDI|1|S|A|16||||P_11ZDI|1|S|C|15||||P_1s53
1ZDI|1|S|A|16||||P_11ZDI|1|S|G|5||||P_1s55
1ZDI|1|S|A|16||||P_11ZDI|1|S|U|4||||P_1cWW
1ZDI|1|S|A|16||||P_P1ZDI|1|S|A|16||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|A|16||||P_P1ZDI|1|S|C|15||||P_Ps53
1ZDI|1|S|A|16||||P_P1ZDI|1|S|G|5||||P_Ps55
1ZDI|1|S|A|16||||P_P1ZDI|1|S|U|4||||P_PcWW
1ZDI|1|S|A|9||||P_11ZDI|1|S|A|9||||P_10BPh
1ZDI|1|S|A|9||||P_11ZDI|1|S|C|13||||P_1s55
1ZDI|1|S|A|9||||P_11ZDI|1|S|G|8||||P_1s53
1ZDI|1|S|A|9||||P_11ZDI|1|S|U|11||||P_1s35
1ZDI|1|S|A|9||||P_P1ZDI|1|S|A|9||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|A|9||||P_P1ZDI|1|S|C|13||||P_Ps55
1ZDI|1|S|A|9||||P_P1ZDI|1|S|G|8||||P_Ps53
1ZDI|1|S|A|9||||P_P1ZDI|1|S|U|11||||P_Ps35
1ZDI|1|S|C|13||||P_11ZDI|1|S|A|9||||P_1s55
1ZDI|1|S|C|13||||P_11ZDI|1|S|C|14||||P_1s35
1ZDI|1|S|C|13||||P_11ZDI|1|S|G|8||||P_1cWW
1ZDI|1|S|C|13||||P_P1ZDI|1|S|A|9||||P_Ps55
1ZDI|1|S|C|13||||P_P1ZDI|1|S|C|14||||P_Ps35
1ZDI|1|S|C|13||||P_P1ZDI|1|S|G|8||||P_PcWW
1ZDI|1|S|C|14||||P_11ZDI|1|S|C|13||||P_1s53
1ZDI|1|S|C|14||||P_11ZDI|1|S|C|14||||P_10BPh
1ZDI|1|S|C|14||||P_11ZDI|1|S|C|15||||P_1s35
1ZDI|1|S|C|14||||P_11ZDI|1|S|G|7||||P_1cWW
1ZDI|1|S|C|14||||P_11ZDI|1|S|G|8||||P_1s55
1ZDI|1|S|C|14||||P_P1ZDI|1|S|C|13||||P_Ps53
1ZDI|1|S|C|14||||P_P1ZDI|1|S|C|14||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|C|14||||P_P1ZDI|1|S|C|15||||P_Ps35
1ZDI|1|S|C|14||||P_P1ZDI|1|S|G|7||||P_PcWW
1ZDI|1|S|C|14||||P_P1ZDI|1|S|G|8||||P_Ps55
1ZDI|1|S|C|15||||P_11ZDI|1|S|A|16||||P_1s35
1ZDI|1|S|C|15||||P_11ZDI|1|S|C|14||||P_1s53
1ZDI|1|S|C|15||||P_11ZDI|1|S|C|15||||P_10BPh
1ZDI|1|S|C|15||||P_11ZDI|1|S|G|5||||P_1cWW
1ZDI|1|S|C|15||||P_11ZDI|1|S|G|7||||P_1s55
1ZDI|1|S|C|15||||P_P1ZDI|1|S|A|16||||P_Ps35
1ZDI|1|S|C|15||||P_P1ZDI|1|S|C|14||||P_Ps53
1ZDI|1|S|C|15||||P_P1ZDI|1|S|C|15||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|C|15||||P_P1ZDI|1|S|G|5||||P_PcWW
1ZDI|1|S|C|15||||P_P1ZDI|1|S|G|7||||P_Ps55
1ZDI|1|S|G|5||||P_11ZDI|1|S|A|16||||P_1s55
1ZDI|1|S|G|5||||P_11ZDI|1|S|C|15||||P_1cWW
1ZDI|1|S|G|5||||P_11ZDI|1|S|G|5||||P_10BPh
1ZDI|1|S|G|5||||P_11ZDI|1|S|G|7||||P_1s35
1ZDI|1|S|G|5||||P_11ZDI|1|S|U|4||||P_1s53
1ZDI|1|S|G|5||||P_P1ZDI|1|S|A|16||||P_Ps55
1ZDI|1|S|G|5||||P_P1ZDI|1|S|C|15||||P_PcWW
1ZDI|1|S|G|5||||P_P1ZDI|1|S|G|5||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|G|5||||P_P1ZDI|1|S|G|7||||P_Ps35
1ZDI|1|S|G|5||||P_P1ZDI|1|S|U|4||||P_Ps53
1ZDI|1|S|G|7||||P_11ZDI|1|S|C|14||||P_1cWW
1ZDI|1|S|G|7||||P_11ZDI|1|S|C|15||||P_1s55
1ZDI|1|S|G|7||||P_11ZDI|1|S|G|5||||P_1s53
1ZDI|1|S|G|7||||P_11ZDI|1|S|G|8||||P_1s35
1ZDI|1|S|G|7||||P_P1ZDI|1|S|C|14||||P_PcWW
1ZDI|1|S|G|7||||P_P1ZDI|1|S|C|15||||P_Ps55
1ZDI|1|S|G|7||||P_P1ZDI|1|S|G|5||||P_Ps53
1ZDI|1|S|G|7||||P_P1ZDI|1|S|G|8||||P_Ps35
1ZDI|1|S|G|8||||P_11ZDI|1|S|A|9||||P_1s35
1ZDI|1|S|G|8||||P_11ZDI|1|S|C|13||||P_1cWW
1ZDI|1|S|G|8||||P_11ZDI|1|S|C|14||||P_1s55
1ZDI|1|S|G|8||||P_11ZDI|1|S|G|7||||P_1s53
1ZDI|1|S|G|8||||P_11ZDI|1|S|G|8||||P_10BPh
1ZDI|1|S|G|8||||P_P1ZDI|1|S|A|9||||P_Ps35
1ZDI|1|S|G|8||||P_P1ZDI|1|S|C|13||||P_PcWW
1ZDI|1|S|G|8||||P_P1ZDI|1|S|C|14||||P_Ps55
1ZDI|1|S|G|8||||P_P1ZDI|1|S|G|7||||P_Ps53
1ZDI|1|S|G|8||||P_P1ZDI|1|S|G|8||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|U|10||||P_11ZDI|1|S|A|9||||P_1
1ZDI|1|S|U|10||||P_11ZDI|1|S|U|10||||P_10BPh
1ZDI|1|S|U|10||||P_P1ZDI|1|S|A|9||||P_P
1ZDI|1|S|U|10||||P_P1ZDI|1|S|U|10||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|U|11||||P_11ZDI|1|S|A|9||||P_1s53
1ZDI|1|S|U|11||||P_11ZDI|1|S|U|10||||P_19BPh
1ZDI|1|S|U|11||||P_11ZDI|1|S|U|11||||P_10BPh
1ZDI|1|S|U|11||||P_P1ZDI|1|S|A|9||||P_Ps53
1ZDI|1|S|U|11||||P_P1ZDI|1|S|U|10||||P_P9BPh
1ZDI|1|S|U|11||||P_P1ZDI|1|S|U|11||||P_P0BPh
1ZDI|1|S|U|4||||P_11ZDI|1|S|A|16||||P_1cWW
1ZDI|1|S|U|4||||P_11ZDI|1|S|G|5||||P_1s35
1ZDI|1|S|U|4||||P_11ZDI|1|S|U|4||||P_10BPh
1ZDI|1|S|U|4||||P_P1ZDI|1|S|A|16||||P_PcWW
1ZDI|1|S|U|4||||P_P1ZDI|1|S|G|5||||P_Ps35
1ZDI|1|S|U|4||||P_P1ZDI|1|S|U|4||||P_P0BPh


Base-PairsCount (18)Relative Frequency
cWW181.000
Base-PhosphateCount (48)Relative Frequency
9BPh40.083
0BPh440.917
Base-StackingCount (30)Relative Frequency
s53140.467
s55160.533

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)