A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 25-May-2022 number of released structures: 12098
Search for released structures

NDB ID: PR0160  PDB ID: 1ZL3 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
1ZL3|1|B|A|4041ZL3|1|B|A|4040BPh
1ZL3|1|B|A|4041ZL3|1|B|A|405s35
1ZL3|1|B|A|4041ZL3|1|B|C|403s53
1ZL3|1|B|A|4041ZL3|1|B|G|421s55
1ZL3|1|B|A|4041ZL3|1|B|U|420cWW
1ZL3|1|B|A|4051ZL3|1|B|A|404s53
1ZL3|1|B|A|4051ZL3|1|B|A|4050BPh
1ZL3|1|B|A|4051ZL3|1|B|C|406s35
1ZL3|1|B|A|4051ZL3|1|B|U|419cWW
1ZL3|1|B|A|4051ZL3|1|B|U|420ns55
1ZL3|1|B|A|4131ZL3|1|B|C|416s35
1ZL3|1|B|A|4131ZL3|1|B|U|409tHW
1ZL3|1|B|C|4031ZL3|1|B|A|404s35
1ZL3|1|B|C|4031ZL3|1|B|C|4030BPh
1ZL3|1|B|C|4031ZL3|1|B|G|402s53
1ZL3|1|B|C|4031ZL3|1|B|G|421cWW
1ZL3|1|B|C|4061ZL3|1|B|A|405s53
1ZL3|1|B|C|4061ZL3|1|B|C|4060BPh
1ZL3|1|B|C|4061ZL3|1|B|G|407s35
1ZL3|1|B|C|4061ZL3|1|B|G|418cWW
1ZL3|1|B|C|4111ZL3|1|B|G|412s33
1ZL3|1|B|C|4151ZL3|1|B|A|413n7BP
1ZL3|1|B|C|4151ZL3|1|B|C|4150BPh
1ZL3|1|B|C|4151ZL3|1|B|U|414s539BPh
1ZL3|1|B|C|4161ZL3|1|B|A|413s53
1ZL3|1|B|C|4161ZL3|1|B|C|4158BPh
1ZL3|1|B|C|4161ZL3|1|B|C|4160BPh
1ZL3|1|B|C|4161ZL3|1|B|C|417s35
1ZL3|1|B|C|4161ZL3|1|B|G|408cWW
1ZL3|1|B|C|4171ZL3|1|B|C|416s53
1ZL3|1|B|C|4171ZL3|1|B|C|4170BPh
1ZL3|1|B|C|4171ZL3|1|B|G|407cWW
1ZL3|1|B|C|4171ZL3|1|B|G|408s55
1ZL3|1|B|C|4171ZL3|1|B|G|418s35
1ZL3|1|B|C|4221ZL3|1|B|C|4220BPh
1ZL3|1|B|C|4221ZL3|1|B|G|402cWW
1ZL3|1|B|C|4221ZL3|1|B|G|421s53
1ZL3|1|B|G|4011ZL3|1|B|G|401n1BP
1ZL3|1|B|G|4011ZL3|1|B|G|402s55
1ZL3|1|B|G|4021ZL3|1|B|C|403s35
1ZL3|1|B|G|4021ZL3|1|B|C|422cWW
1ZL3|1|B|G|4021ZL3|1|B|G|401s55n0BP
1ZL3|1|B|G|4021ZL3|1|B|G|4020BPh
1ZL3|1|B|G|4071ZL3|1|B|C|406s53
1ZL3|1|B|G|4071ZL3|1|B|C|417cWW
1ZL3|1|B|G|4071ZL3|1|B|G|4070BPh
1ZL3|1|B|G|4071ZL3|1|B|G|408s35
1ZL3|1|B|G|4071ZL3|1|B|G|418s55
1ZL3|1|B|G|4081ZL3|1|B|C|416cWW
1ZL3|1|B|G|4081ZL3|1|B|C|417s55
1ZL3|1|B|G|4081ZL3|1|B|G|407s53
1ZL3|1|B|G|4081ZL3|1|B|G|4080BPh
1ZL3|1|B|G|4081ZL3|1|B|U|409s35
1ZL3|1|B|G|4121ZL3|1|B|C|411s33
1ZL3|1|B|G|4181ZL3|1|B|C|406cWW
1ZL3|1|B|G|4181ZL3|1|B|C|417s53
1ZL3|1|B|G|4181ZL3|1|B|G|407s55
1ZL3|1|B|G|4181ZL3|1|B|G|4180BPh
1ZL3|1|B|G|4181ZL3|1|B|U|419s35
1ZL3|1|B|G|4211ZL3|1|B|A|404s55
1ZL3|1|B|G|4211ZL3|1|B|C|403cWW
1ZL3|1|B|G|4211ZL3|1|B|C|422s35
1ZL3|1|B|G|4211ZL3|1|B|G|4210BPh
1ZL3|1|B|G|4211ZL3|1|B|U|420s53
1ZL3|1|B|U|4091ZL3|1|B|A|413tWH
1ZL3|1|B|U|4091ZL3|1|B|G|408s53
1ZL3|1|B|U|4091ZL3|1|B|U|4090BPh
1ZL3|1|B|U|4141ZL3|1|B|C|415s35
1ZL3|1|B|U|4191ZL3|1|B|A|405cWW
1ZL3|1|B|U|4191ZL3|1|B|G|418s53
1ZL3|1|B|U|4191ZL3|1|B|U|4190BPh
1ZL3|1|B|U|4191ZL3|1|B|U|420s35
1ZL3|1|B|U|4201ZL3|1|B|A|404cWW
1ZL3|1|B|U|4201ZL3|1|B|A|405ns55
1ZL3|1|B|U|4201ZL3|1|B|G|421s35
1ZL3|1|B|U|4201ZL3|1|B|U|419s53
1ZL3|1|B|U|4201ZL3|1|B|U|4200BPh


Base-PairsCount (8)Relative Frequency
cWW70.875
tWH10.125
Base-PhosphateCount (18)Relative Frequency
8BPh10.056
9BPh10.056
0BPh160.889
Base-StackingCount (10)Relative Frequency
s3310.100
s5350.500
s5540.400

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

ndbadmin@ndbserver.rutgers.edui ©1995-2022 The Nucleic Acid Database Project | Rutgers, The State University of New Jersey