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NDB ID: 2A9L  PDB ID: 2A9L 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2A9L|1|A|A|112A9L|1|A|A|11n0BP
2A9L|1|A|A|112A9L|1|A|A|13
2A9L|1|A|A|112A9L|1|A|G|26s55
2A9L|1|A|A|132A9L|1|A|A|11
2A9L|1|A|A|132A9L|1|A|A|13n0BP
2A9L|1|A|A|132A9L|1|A|G|14
2A9L|1|A|A|132A9L|1|A|G|26ntWS
2A9L|1|A|A|132A9L|1|A|G|27
2A9L|1|A|A|192A9L|1|A|A|190BPh
2A9L|1|A|A|192A9L|1|A|G|20s35
2A9L|1|A|A|212A9L|1|A|A|21n0BP
2A9L|1|A|A|212A9L|1|A|G|18s33
2A9L|1|A|A|212A9L|1|A|G|20s53
2A9L|1|A|A|232A9L|1|A|A|230BPh
2A9L|1|A|A|232A9L|1|A|C|24s35
2A9L|1|A|A|232A9L|1|A|G|22s53
2A9L|1|A|A|232A9L|1|A|U|16cWW
2A9L|1|A|A|282A9L|1|A|A|280BPh
2A9L|1|A|A|282A9L|1|A|C|9s55
2A9L|1|A|A|282A9L|1|A|G|27s53
2A9L|1|A|A|282A9L|1|A|G|29s35
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2A9L|1|A|A|302A9L|1|A|G|29s53
2A9L|1|A|A|322A9L|1|A|A|32n0BP
2A9L|1|A|A|322A9L|1|A|A|6ns33
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2A9L|1|A|A|322A9L|1|A|U|31s55
2A9L|1|A|A|322A9L|1|A|U|33s35
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2A9L|1|A|A|352A9L|1|A|G|5s55
2A9L|1|A|A|352A9L|1|A|U|4cWW
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2A9L|1|A|A|62A9L|1|A|A|6n0BP
2A9L|1|A|A|62A9L|1|A|C|34ns55
2A9L|1|A|A|62A9L|1|A|C|7
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2A9L|1|A|C|102A9L|1|A|G|26cWW
2A9L|1|A|C|102A9L|1|A|G|27s55
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2A9L|1|A|C|172A9L|1|A|G|18s35
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2A9L|1|A|C|172A9L|1|A|U|16s53
2A9L|1|A|C|242A9L|1|A|A|23s53
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2A9L|1|A|C|252A9L|1|A|C|24s53
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2A9L|1|A|C|342A9L|1|A|U|33s53
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2A9L|1|A|C|362A9L|1|A|C|37s35
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2A9L|1|A|C|372A9L|1|A|C|36s53
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2A9L|1|A|C|372A9L|1|A|G|3s55
2A9L|1|A|C|382A9L|1|A|C|37s53
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2A9L|1|A|C|382A9L|1|A|G|2s55
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2A9L|1|A|C|72A9L|1|A|A|6
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2A9L|1|A|G|12A9L|1|A|G|2s35
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2A9L|1|A|G|22A9L|1|A|C|38s55
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2A9L|1|A|G|22A9L|1|A|G|3s35
2A9L|1|A|G|202A9L|1|A|A|19s53
2A9L|1|A|G|202A9L|1|A|A|21s35
2A9L|1|A|G|202A9L|1|A|G|200BPh
2A9L|1|A|G|222A9L|1|A|A|23s35
2A9L|1|A|G|222A9L|1|A|C|17cWW
2A9L|1|A|G|222A9L|1|A|G|18s55
2A9L|1|A|G|222A9L|1|A|G|220BPh
2A9L|1|A|G|262A9L|1|A|A|11s55
2A9L|1|A|G|262A9L|1|A|A|13ntSW
2A9L|1|A|G|262A9L|1|A|C|10cWW
2A9L|1|A|G|262A9L|1|A|G|260BPh
2A9L|1|A|G|262A9L|1|A|G|27s35
2A9L|1|A|G|272A9L|1|A|A|28s35
2A9L|1|A|G|272A9L|1|A|C|10s55
2A9L|1|A|G|272A9L|1|A|C|9cWW
2A9L|1|A|G|272A9L|1|A|G|26s53
2A9L|1|A|G|272A9L|1|A|G|27n0BP
2A9L|1|A|G|292A9L|1|A|A|28s53
2A9L|1|A|G|292A9L|1|A|A|30s35
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2A9L|1|A|G|292A9L|1|A|G|290BPh
2A9L|1|A|G|292A9L|1|A|U|8s55
2A9L|1|A|G|32A9L|1|A|C|36cWW
2A9L|1|A|G|32A9L|1|A|C|37s55
2A9L|1|A|G|32A9L|1|A|G|2s53
2A9L|1|A|G|32A9L|1|A|G|30BPh
2A9L|1|A|G|32A9L|1|A|U|4s35
2A9L|1|A|G|52A9L|1|A|A|35s55
2A9L|1|A|G|52A9L|1|A|A|6s35
2A9L|1|A|G|52A9L|1|A|C|34cWW
2A9L|1|A|G|52A9L|1|A|G|50BPh
2A9L|1|A|G|52A9L|1|A|U|4ns53
2A9L|1|A|U|162A9L|1|A|A|23cWW
2A9L|1|A|U|162A9L|1|A|C|17s35
2A9L|1|A|U|162A9L|1|A|G|15s53
2A9L|1|A|U|162A9L|1|A|U|160BPh
2A9L|1|A|U|312A9L|1|A|A|32s55
2A9L|1|A|U|332A9L|1|A|A|32s53
2A9L|1|A|U|332A9L|1|A|A|6cWW
2A9L|1|A|U|332A9L|1|A|C|34s35
2A9L|1|A|U|332A9L|1|A|U|330BPh
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2A9L|1|A|U|42A9L|1|A|G|3s53
2A9L|1|A|U|42A9L|1|A|G|5ns35
2A9L|1|A|U|42A9L|1|A|U|40BPh
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|A|28cWW
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|C|7s53
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|C|9s35
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|G|29s55
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|U|80BPh


Base-PairsCount (14)Relative Frequency
cWW141.000
Base-PhosphateCount (30)Relative Frequency
0BPh301.000
Base-StackingCount (20)Relative Frequency
s3310.050
s5390.450
s55100.500

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)