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NDB ID: 2A9L  PDB ID: 2A9L 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2A9L|1|A|A|112A9L|1|A|A|11n0BP
2A9L|1|A|A|112A9L|1|A|A|13
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2A9L|1|A|A|132A9L|1|A|A|13n0BP
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2A9L|1|A|A|132A9L|1|A|G|26ntWS
2A9L|1|A|A|132A9L|1|A|G|27
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2A9L|1|A|A|192A9L|1|A|G|20s35
2A9L|1|A|A|212A9L|1|A|A|21n0BP
2A9L|1|A|A|212A9L|1|A|G|18s33
2A9L|1|A|A|212A9L|1|A|G|20s53
2A9L|1|A|A|232A9L|1|A|A|230BPh
2A9L|1|A|A|232A9L|1|A|C|24s35
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2A9L|1|A|C|372A9L|1|A|G|3s55
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2A9L|1|A|G|222A9L|1|A|G|220BPh
2A9L|1|A|G|262A9L|1|A|A|11s55
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2A9L|1|A|G|272A9L|1|A|A|28s35
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2A9L|1|A|G|292A9L|1|A|A|28s53
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2A9L|1|A|G|52A9L|1|A|G|50BPh
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2A9L|1|A|U|162A9L|1|A|C|17s35
2A9L|1|A|U|162A9L|1|A|G|15s53
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2A9L|1|A|U|312A9L|1|A|A|32s55
2A9L|1|A|U|332A9L|1|A|A|32s53
2A9L|1|A|U|332A9L|1|A|A|6cWW
2A9L|1|A|U|332A9L|1|A|C|34s35
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2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|A|28cWW
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|C|7s53
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|C|9s35
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|G|29s55
2A9L|1|A|U|82A9L|1|A|U|80BPh


Base-PairsCount (14)Relative Frequency
cWW141.000
Base-PhosphateCount (30)Relative Frequency
0BPh301.000
Base-StackingCount (20)Relative Frequency
s3310.050
s5390.450
s55100.500

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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