NDB ID: 2A9X PDB ID: 2A9X 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
2A9X|1|2|A|13 | 2A9X|1|2|G|11 | | s53 | |
2A9X|1|2|A|13 | 2A9X|1|2|G|14 | | s35 | |
2A9X|1|2|A|13 | 2A9X|1|2|U|10 | cHW | | |
2A9X|1|2|A|13 | 2A9X|1|2|U|24 | cWW | | |
2A9X|1|2|A|18 | 2A9X|1|2|A|18 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|A|18 | 2A9X|1|2|A|21 | | s55 | |
2A9X|1|2|A|18 | 2A9X|1|2|C|17 | | | n7BP |
2A9X|1|2|A|18 | 2A9X|1|2|U|16 | | ns53 | |
2A9X|1|2|A|18 | 2A9X|1|2|U|19 | | | |
2A9X|1|2|A|21 | 2A9X|1|2|A|18 | | s55 | |
2A9X|1|2|A|21 | 2A9X|1|2|G|22 | | s35 | |
2A9X|1|2|A|21 | 2A9X|1|2|U|16 | cWW | | |
2A9X|1|2|A|21 | 2A9X|1|2|U|20 | | ns55 | |
2A9X|1|2|A|28 | 2A9X|1|2|A|28 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|A|28 | 2A9X|1|2|C|8 | | ns55 | |
2A9X|1|2|A|28 | 2A9X|1|2|G|27 | | s53 | |
2A9X|1|2|A|28 | 2A9X|1|2|G|29 | | s35 | |
2A9X|1|2|A|28 | 2A9X|1|2|U|7 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|15 | 2A9X|1|2|C|15 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|C|15 | 2A9X|1|2|C|17 | ntSH | | |
2A9X|1|2|C|15 | 2A9X|1|2|G|14 | | s53 | |
2A9X|1|2|C|15 | 2A9X|1|2|G|22 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|15 | 2A9X|1|2|U|16 | | s35 | |
2A9X|1|2|C|17 | 2A9X|1|2|A|18 | | | |
2A9X|1|2|C|17 | 2A9X|1|2|C|15 | ntHS | | |
2A9X|1|2|C|17 | 2A9X|1|2|C|17 | | | |
2A9X|1|2|C|17 | 2A9X|1|2|U|16 | | | |
2A9X|1|2|C|17 | 2A9X|1|2|U|19 | | ns35 | |
2A9X|1|2|C|23 | 2A9X|1|2|C|23 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|C|23 | 2A9X|1|2|G|14 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|23 | 2A9X|1|2|G|22 | | s53 | |
2A9X|1|2|C|23 | 2A9X|1|2|U|10 | ncWW | | |
2A9X|1|2|C|23 | 2A9X|1|2|U|24 | | s35 | |
2A9X|1|2|C|25 | 2A9X|1|2|C|25 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|C|25 | 2A9X|1|2|C|26 | | s35 | |
2A9X|1|2|C|25 | 2A9X|1|2|G|11 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|25 | 2A9X|1|2|U|24 | | s53 | |
2A9X|1|2|C|26 | 2A9X|1|2|C|25 | | s53 | |
2A9X|1|2|C|26 | 2A9X|1|2|C|26 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|C|26 | 2A9X|1|2|G|11 | | s55 | |
2A9X|1|2|C|26 | 2A9X|1|2|G|27 | | s35 | |
2A9X|1|2|C|26 | 2A9X|1|2|G|9 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|30 | 2A9X|1|2|C|30 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|C|30 | 2A9X|1|2|C|31 | | s35 | |
2A9X|1|2|C|30 | 2A9X|1|2|G|29 | | s53 | |
2A9X|1|2|C|30 | 2A9X|1|2|G|5 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|31 | 2A9X|1|2|C|30 | | s53 | |
2A9X|1|2|C|31 | 2A9X|1|2|C|31 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|C|31 | 2A9X|1|2|G|4 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|31 | 2A9X|1|2|G|5 | | s55 | |
2A9X|1|2|C|6 | 2A9X|1|2|C|6 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|C|6 | 2A9X|1|2|G|29 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|6 | 2A9X|1|2|G|5 | | s53 | |
2A9X|1|2|C|6 | 2A9X|1|2|U|7 | | s35 | |
2A9X|1|2|C|8 | 2A9X|1|2|A|28 | | ns55 | |
2A9X|1|2|C|8 | 2A9X|1|2|C|8 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|C|8 | 2A9X|1|2|G|27 | cWW | | |
2A9X|1|2|C|8 | 2A9X|1|2|G|9 | | s35 | |
2A9X|1|2|C|8 | 2A9X|1|2|U|7 | | s53 | |
2A9X|1|2|G|11 | 2A9X|1|2|A|13 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|11 | 2A9X|1|2|C|25 | cWW | | |
2A9X|1|2|G|11 | 2A9X|1|2|C|26 | | s55 | |
2A9X|1|2|G|11 | 2A9X|1|2|G|9 | | s53 | |
2A9X|1|2|G|11 | 2A9X|1|2|U|10 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|14 | 2A9X|1|2|A|13 | | s53 | |
2A9X|1|2|G|14 | 2A9X|1|2|C|15 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|14 | 2A9X|1|2|C|23 | cWW | | |
2A9X|1|2|G|14 | 2A9X|1|2|U|10 | ncHW | | |
2A9X|1|2|G|14 | 2A9X|1|2|U|24 | | s55 | |
2A9X|1|2|G|22 | 2A9X|1|2|A|21 | | s53 | |
2A9X|1|2|G|22 | 2A9X|1|2|C|15 | cWW | | |
2A9X|1|2|G|22 | 2A9X|1|2|C|23 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|22 | 2A9X|1|2|G|22 | | | n0BP |
2A9X|1|2|G|22 | 2A9X|1|2|U|16 | | ns55 | |
2A9X|1|2|G|27 | 2A9X|1|2|A|28 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|27 | 2A9X|1|2|C|26 | | s53 | |
2A9X|1|2|G|27 | 2A9X|1|2|C|8 | cWW | | |
2A9X|1|2|G|27 | 2A9X|1|2|G|27 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|G|27 | 2A9X|1|2|G|9 | | s55 | |
2A9X|1|2|G|29 | 2A9X|1|2|A|28 | | s53 | |
2A9X|1|2|G|29 | 2A9X|1|2|C|30 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|29 | 2A9X|1|2|C|6 | cWW | | |
2A9X|1|2|G|29 | 2A9X|1|2|G|29 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|G|29 | 2A9X|1|2|U|7 | | s55 | |
2A9X|1|2|G|4 | 2A9X|1|2|C|31 | cWW | | |
2A9X|1|2|G|4 | 2A9X|1|2|G|4 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|G|4 | 2A9X|1|2|G|5 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|5 | 2A9X|1|2|C|30 | cWW | | |
2A9X|1|2|G|5 | 2A9X|1|2|C|31 | | s55 | |
2A9X|1|2|G|5 | 2A9X|1|2|C|6 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|5 | 2A9X|1|2|G|4 | | s53 | |
2A9X|1|2|G|5 | 2A9X|1|2|G|5 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|G|9 | 2A9X|1|2|C|26 | cWW | | |
2A9X|1|2|G|9 | 2A9X|1|2|C|8 | | s53 | |
2A9X|1|2|G|9 | 2A9X|1|2|G|11 | | s35 | |
2A9X|1|2|G|9 | 2A9X|1|2|G|27 | | s55 | |
2A9X|1|2|G|9 | 2A9X|1|2|G|9 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|U|10 | 2A9X|1|2|A|13 | cWH | | |
2A9X|1|2|U|10 | 2A9X|1|2|C|23 | ncWW | | |
2A9X|1|2|U|10 | 2A9X|1|2|G|11 | | s53 | |
2A9X|1|2|U|10 | 2A9X|1|2|G|14 | ncWH | | |
2A9X|1|2|U|12 | 2A9X|1|2|U|12 | | | |
2A9X|1|2|U|16 | 2A9X|1|2|A|18 | | ns35 | |
2A9X|1|2|U|16 | 2A9X|1|2|A|21 | cWW | | |
2A9X|1|2|U|16 | 2A9X|1|2|C|15 | | s53 | |
2A9X|1|2|U|16 | 2A9X|1|2|C|17 | | | |
2A9X|1|2|U|16 | 2A9X|1|2|G|22 | | ns55 | |
2A9X|1|2|U|16 | 2A9X|1|2|U|16 | | | n0BP |
2A9X|1|2|U|19 | 2A9X|1|2|A|18 | | | |
2A9X|1|2|U|19 | 2A9X|1|2|A|21 | | | |
2A9X|1|2|U|19 | 2A9X|1|2|C|17 | | ns53 | |
2A9X|1|2|U|19 | 2A9X|1|2|U|19 | | | |
2A9X|1|2|U|20 | 2A9X|1|2|A|21 | | ns55 | |
2A9X|1|2|U|20 | 2A9X|1|2|U|19 | | | |
2A9X|1|2|U|24 | 2A9X|1|2|A|13 | cWW | | |
2A9X|1|2|U|24 | 2A9X|1|2|C|23 | | s53 | |
2A9X|1|2|U|24 | 2A9X|1|2|C|25 | | s35 | |
2A9X|1|2|U|24 | 2A9X|1|2|G|14 | | s55 | |
2A9X|1|2|U|24 | 2A9X|1|2|U|24 | | | 0BPh |
2A9X|1|2|U|7 | 2A9X|1|2|A|28 | cWW | | |
2A9X|1|2|U|7 | 2A9X|1|2|C|6 | | s53 | |
2A9X|1|2|U|7 | 2A9X|1|2|C|8 | | s35 | |
2A9X|1|2|U|7 | 2A9X|1|2|G|29 | | s55 | |
2A9X|1|2|U|7 | 2A9X|1|2|U|7 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (12) | Relative Frequency |
---|
cWW | 11 | 0.917 |
cWH | 1 | 0.083 |
Base-Phosphate | Count (17) | Relative Frequency |
---|
0BPh | 17 | 1.000 |
Base-Stacking | Count (15) | Relative Frequency |
---|
s53 | 9 | 0.600 |
s55 | 6 | 0.400 |