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NDB ID: 2A9X  PDB ID: 2A9X 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2A9X|1|2|A|132A9X|1|2|G|11s53
2A9X|1|2|A|132A9X|1|2|G|14s35
2A9X|1|2|A|132A9X|1|2|U|10cHW
2A9X|1|2|A|132A9X|1|2|U|24cWW
2A9X|1|2|A|182A9X|1|2|A|180BPh
2A9X|1|2|A|182A9X|1|2|A|21s55
2A9X|1|2|A|182A9X|1|2|C|17n7BP
2A9X|1|2|A|182A9X|1|2|U|16ns53
2A9X|1|2|A|182A9X|1|2|U|19
2A9X|1|2|A|212A9X|1|2|A|18s55
2A9X|1|2|A|212A9X|1|2|G|22s35
2A9X|1|2|A|212A9X|1|2|U|16cWW
2A9X|1|2|A|212A9X|1|2|U|20ns55
2A9X|1|2|A|282A9X|1|2|A|280BPh
2A9X|1|2|A|282A9X|1|2|C|8ns55
2A9X|1|2|A|282A9X|1|2|G|27s53
2A9X|1|2|A|282A9X|1|2|G|29s35
2A9X|1|2|A|282A9X|1|2|U|7cWW
2A9X|1|2|C|152A9X|1|2|C|150BPh
2A9X|1|2|C|152A9X|1|2|C|17ntSH
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2A9X|1|2|C|152A9X|1|2|U|16s35
2A9X|1|2|C|172A9X|1|2|A|18
2A9X|1|2|C|172A9X|1|2|C|15ntHS
2A9X|1|2|C|172A9X|1|2|C|17
2A9X|1|2|C|172A9X|1|2|U|16
2A9X|1|2|C|172A9X|1|2|U|19ns35
2A9X|1|2|C|232A9X|1|2|C|230BPh
2A9X|1|2|C|232A9X|1|2|G|14cWW
2A9X|1|2|C|232A9X|1|2|G|22s53
2A9X|1|2|C|232A9X|1|2|U|10ncWW
2A9X|1|2|C|232A9X|1|2|U|24s35
2A9X|1|2|C|252A9X|1|2|C|250BPh
2A9X|1|2|C|252A9X|1|2|C|26s35
2A9X|1|2|C|252A9X|1|2|G|11cWW
2A9X|1|2|C|252A9X|1|2|U|24s53
2A9X|1|2|C|262A9X|1|2|C|25s53
2A9X|1|2|C|262A9X|1|2|C|260BPh
2A9X|1|2|C|262A9X|1|2|G|11s55
2A9X|1|2|C|262A9X|1|2|G|27s35
2A9X|1|2|C|262A9X|1|2|G|9cWW
2A9X|1|2|C|302A9X|1|2|C|300BPh
2A9X|1|2|C|302A9X|1|2|C|31s35
2A9X|1|2|C|302A9X|1|2|G|29s53
2A9X|1|2|C|302A9X|1|2|G|5cWW
2A9X|1|2|C|312A9X|1|2|C|30s53
2A9X|1|2|C|312A9X|1|2|C|310BPh
2A9X|1|2|C|312A9X|1|2|G|4cWW
2A9X|1|2|C|312A9X|1|2|G|5s55
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2A9X|1|2|C|62A9X|1|2|G|29cWW
2A9X|1|2|C|62A9X|1|2|G|5s53
2A9X|1|2|C|62A9X|1|2|U|7s35
2A9X|1|2|C|82A9X|1|2|A|28ns55
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2A9X|1|2|C|82A9X|1|2|G|27cWW
2A9X|1|2|C|82A9X|1|2|G|9s35
2A9X|1|2|C|82A9X|1|2|U|7s53
2A9X|1|2|G|112A9X|1|2|A|13s35
2A9X|1|2|G|112A9X|1|2|C|25cWW
2A9X|1|2|G|112A9X|1|2|C|26s55
2A9X|1|2|G|112A9X|1|2|G|9s53
2A9X|1|2|G|112A9X|1|2|U|10s35
2A9X|1|2|G|142A9X|1|2|A|13s53
2A9X|1|2|G|142A9X|1|2|C|15s35
2A9X|1|2|G|142A9X|1|2|C|23cWW
2A9X|1|2|G|142A9X|1|2|U|10ncHW
2A9X|1|2|G|142A9X|1|2|U|24s55
2A9X|1|2|G|222A9X|1|2|A|21s53
2A9X|1|2|G|222A9X|1|2|C|15cWW
2A9X|1|2|G|222A9X|1|2|C|23s35
2A9X|1|2|G|222A9X|1|2|G|22n0BP
2A9X|1|2|G|222A9X|1|2|U|16ns55
2A9X|1|2|G|272A9X|1|2|A|28s35
2A9X|1|2|G|272A9X|1|2|C|26s53
2A9X|1|2|G|272A9X|1|2|C|8cWW
2A9X|1|2|G|272A9X|1|2|G|270BPh
2A9X|1|2|G|272A9X|1|2|G|9s55
2A9X|1|2|G|292A9X|1|2|A|28s53
2A9X|1|2|G|292A9X|1|2|C|30s35
2A9X|1|2|G|292A9X|1|2|C|6cWW
2A9X|1|2|G|292A9X|1|2|G|290BPh
2A9X|1|2|G|292A9X|1|2|U|7s55
2A9X|1|2|G|42A9X|1|2|C|31cWW
2A9X|1|2|G|42A9X|1|2|G|40BPh
2A9X|1|2|G|42A9X|1|2|G|5s35
2A9X|1|2|G|52A9X|1|2|C|30cWW
2A9X|1|2|G|52A9X|1|2|C|31s55
2A9X|1|2|G|52A9X|1|2|C|6s35
2A9X|1|2|G|52A9X|1|2|G|4s53
2A9X|1|2|G|52A9X|1|2|G|50BPh
2A9X|1|2|G|92A9X|1|2|C|26cWW
2A9X|1|2|G|92A9X|1|2|C|8s53
2A9X|1|2|G|92A9X|1|2|G|11s35
2A9X|1|2|G|92A9X|1|2|G|27s55
2A9X|1|2|G|92A9X|1|2|G|90BPh
2A9X|1|2|U|102A9X|1|2|A|13cWH
2A9X|1|2|U|102A9X|1|2|C|23ncWW
2A9X|1|2|U|102A9X|1|2|G|11s53
2A9X|1|2|U|102A9X|1|2|G|14ncWH
2A9X|1|2|U|122A9X|1|2|U|12
2A9X|1|2|U|162A9X|1|2|A|18ns35
2A9X|1|2|U|162A9X|1|2|A|21cWW
2A9X|1|2|U|162A9X|1|2|C|15s53
2A9X|1|2|U|162A9X|1|2|C|17
2A9X|1|2|U|162A9X|1|2|G|22ns55
2A9X|1|2|U|162A9X|1|2|U|16n0BP
2A9X|1|2|U|192A9X|1|2|A|18
2A9X|1|2|U|192A9X|1|2|A|21
2A9X|1|2|U|192A9X|1|2|C|17ns53
2A9X|1|2|U|192A9X|1|2|U|19
2A9X|1|2|U|202A9X|1|2|A|21ns55
2A9X|1|2|U|202A9X|1|2|U|19
2A9X|1|2|U|242A9X|1|2|A|13cWW
2A9X|1|2|U|242A9X|1|2|C|23s53
2A9X|1|2|U|242A9X|1|2|C|25s35
2A9X|1|2|U|242A9X|1|2|G|14s55
2A9X|1|2|U|242A9X|1|2|U|240BPh
2A9X|1|2|U|72A9X|1|2|A|28cWW
2A9X|1|2|U|72A9X|1|2|C|6s53
2A9X|1|2|U|72A9X|1|2|C|8s35
2A9X|1|2|U|72A9X|1|2|G|29s55
2A9X|1|2|U|72A9X|1|2|U|70BPh


Base-PairsCount (12)Relative Frequency
cWW110.917
cWH10.083
Base-PhosphateCount (17)Relative Frequency
0BPh171.000
Base-StackingCount (15)Relative Frequency
s5390.600
s5560.400

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)