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NDB ID: 2AU4  PDB ID: 2AU4 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2AU4|1|A|A|322AU4|1|A|A|320BPh
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2AU4|1|A|A|332AU4|1|A|A|34s35
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2AU4|1|A|A|342AU4|1|A|A|7s33
2AU4|1|A|A|342AU4|1|A|A|8s55
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2AU4|1|A|G|92AU4|1|A|G|31ns55
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2AU4|1|A|G|92AU4|1|A|U|28ns33
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2AU4|1|A|U|132AU4|1|A|U|13
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2AU4|1|A|U|142AU4|1|A|G|11s33
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2AU4|1|A|U|142AU4|1|A|G|15ns35
2AU4|1|A|U|142AU4|1|A|U|140BPh
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2AU4|1|A|U|212AU4|1|A|C|23s35
2AU4|1|A|U|212AU4|1|A|G|24tSW
2AU4|1|A|U|212AU4|1|A|G|25s55
2AU4|1|A|U|222AU4|1|A|U|220BPh
2AU4|1|A|U|282AU4|1|A|G|17cWW
2AU4|1|A|U|282AU4|1|A|G|27s53
2AU4|1|A|U|282AU4|1|A|G|29s33
2AU4|1|A|U|282AU4|1|A|G|9ns33
2AU4|1|A|U|282AU4|1|A|U|28n0BP
2AU4|1|A|U|302AU4|1|A|U|300BPh
2AU4|1|A|U|382AU4|1|A|A|4cWW
2AU4|1|A|U|382AU4|1|A|C|39s35
2AU4|1|A|U|382AU4|1|A|G|37s539BPh
2AU4|1|A|U|382AU4|1|A|U|38n0BP


Base-PairsCount (13)Relative Frequency
cWW100.769
cWH10.077
cWS10.077
tWS10.077
Base-PhosphateCount (21)Relative Frequency
8BPh10.048
9BPh10.048
0BPh190.905
Base-StackingCount (22)Relative Frequency
s3350.227
s5390.409
s5580.364

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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