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NDB ID: PR0251  PDB ID: 2BH2 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2BH2|1|C|A|19322BH2|1|C|G|1933s35
2BH2|1|C|A|19362BH2|1|C|A|19360BPh
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2BH2|1|C|A|19382BH2|1|C|C|1942s33
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2BH2|1|C|A|19382BH2|1|C|U|19436BPh
2BH2|1|C|A|19522BH2|1|C|G|1954s33
2BH2|1|C|A|19522BH2|1|C|U|1951
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2BH2|1|C|A|19602BH2|1|C|C|1947ns55
2BH2|1|C|A|19602BH2|1|C|C|1961s35
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2BH2|1|C|C|19342BH2|1|C|C|19340BPh
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2BH2|1|C|C|19582BH2|1|C|G|1949s55
2BH2|1|C|C|19582BH2|1|C|G|1959s35
2BH2|1|C|C|19612BH2|1|C|A|1960s53
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2BH2|1|C|G|19332BH2|1|C|A|1932s53
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2BH2|1|C|G|19352BH2|1|C|A|1936s35
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2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|C|1957cWW
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|C|1958s55
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|G|1948s53
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|G|19490BPh
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|G|1950s35
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2BH2|1|C|G|19502BH2|1|C|U|1951s35
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2BH2|1|C|G|19592BH2|1|C|G|19590BPh
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2BH2|1|C|U|19402BH2|1|C|U|19400BPh
2BH2|1|C|U|19432BH2|1|C|U|19430BPh
2BH2|1|C|U|19442BH2|1|C|G|1945s35
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2BH2|1|C|U|19562BH2|1|C|U|19560BPh
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2BH2|1|D|G|19542BH2|1|D|U|1955
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2BH2|1|D|U|19512BH2|1|D|G|1950s53
2BH2|1|D|U|19512BH2|1|D|G|19545BPh
2BH2|1|D|U|19512BH2|1|D|U|19510BPh
2BH2|1|D|U|19552BH2|1|D|G|1954
2BH2|1|D|U|19552BH2|1|D|U|19550BPh
2BH2|1|D|U|19562BH2|1|D|U|1956n0BP


Base-PairsCount (10)Relative Frequency
cWW101.000
Base-PhosphateCount (55)Relative Frequency
4BPh10.018
5BPh20.036
6BPh20.036
7BPh30.055
8BPh10.018
9BPh10.018
0BPh450.818
Base-StackingCount (22)Relative Frequency
s3340.182
s53120.545
s5560.273

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)