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NDB ID: PR0251  PDB ID: 2BH2 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2BH2|1|C|A|19322BH2|1|C|G|1933s35
2BH2|1|C|A|19362BH2|1|C|A|19360BPh
2BH2|1|C|A|19362BH2|1|C|G|1935s53
2BH2|1|C|A|19382BH2|1|C|C|1942s33
2BH2|1|C|A|19382BH2|1|C|G|1935ncSS
2BH2|1|C|A|19382BH2|1|C|U|19436BPh
2BH2|1|C|A|19522BH2|1|C|G|1954s33
2BH2|1|C|A|19522BH2|1|C|U|1951
2BH2|1|C|A|19532BH2|1|C|A|1953n0BP
2BH2|1|C|A|19602BH2|1|C|A|19600BPh
2BH2|1|C|A|19602BH2|1|C|C|1947ns55
2BH2|1|C|A|19602BH2|1|C|C|1961s35
2BH2|1|C|A|19602BH2|1|C|G|1959s53
2BH2|1|C|A|19602BH2|1|C|U|1946cWW
2BH2|1|C|C|19342BH2|1|C|C|19340BPh
2BH2|1|C|C|19342BH2|1|C|G|1933s53
2BH2|1|C|C|19342BH2|1|C|G|1935s35
2BH2|1|C|C|19412BH2|1|C|C|19410BPh
2BH2|1|C|C|19412BH2|1|C|C|1942s35
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2BH2|1|C|C|19422BH2|1|C|C|1941s537BPh
2BH2|1|C|C|19422BH2|1|C|C|19420BPh
2BH2|1|C|C|19472BH2|1|C|A|1960ns55
2BH2|1|C|C|19472BH2|1|C|C|19470BPh
2BH2|1|C|C|19472BH2|1|C|G|1948ns35
2BH2|1|C|C|19472BH2|1|C|G|1959cWW
2BH2|1|C|C|19472BH2|1|C|U|1946s53
2BH2|1|C|C|19572BH2|1|C|C|19570BPh
2BH2|1|C|C|19572BH2|1|C|C|1958s35
2BH2|1|C|C|19572BH2|1|C|G|1949cWW
2BH2|1|C|C|19572BH2|1|C|G|1950s55
2BH2|1|C|C|19572BH2|1|C|U|19567BPh
2BH2|1|C|C|19582BH2|1|C|C|1957s53
2BH2|1|C|C|19582BH2|1|C|C|19580BPh
2BH2|1|C|C|19582BH2|1|C|G|1948cWW
2BH2|1|C|C|19582BH2|1|C|G|1949s55
2BH2|1|C|C|19582BH2|1|C|G|1959s35
2BH2|1|C|C|19612BH2|1|C|A|1960s53
2BH2|1|C|C|19612BH2|1|C|C|19610BPh
2BH2|1|C|C|19612BH2|1|C|G|1945cWW
2BH2|1|C|G|19332BH2|1|C|A|1932s53
2BH2|1|C|G|19332BH2|1|C|C|1934s35
2BH2|1|C|G|19332BH2|1|C|G|19330BPh
2BH2|1|C|G|19352BH2|1|C|A|1936s35
2BH2|1|C|G|19352BH2|1|C|A|1938ncSS
2BH2|1|C|G|19352BH2|1|C|C|1934s53
2BH2|1|C|G|19352BH2|1|C|G|19350BPh
2BH2|1|C|G|19352BH2|1|C|U|1943n3BP
2BH2|1|C|G|19452BH2|1|C|C|1961cWW
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2BH2|1|C|G|19482BH2|1|C|C|1947ns53
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2BH2|1|C|G|19482BH2|1|C|G|19480BPh
2BH2|1|C|G|19482BH2|1|C|G|1949s35
2BH2|1|C|G|19482BH2|1|C|G|1959s55
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|C|1957cWW
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|C|1958s55
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|G|1948s53
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|G|19490BPh
2BH2|1|C|G|19492BH2|1|C|G|1950s35
2BH2|1|C|G|19502BH2|1|C|C|1957s55
2BH2|1|C|G|19502BH2|1|C|G|1949s53
2BH2|1|C|G|19502BH2|1|C|G|19500BPh
2BH2|1|C|G|19502BH2|1|C|U|1951s35
2BH2|1|C|G|19502BH2|1|C|U|1955n3BP
2BH2|1|C|G|19542BH2|1|C|A|1952s33
2BH2|1|C|G|19542BH2|1|C|G|19540BPh
2BH2|1|C|G|19542BH2|1|C|U|1955
2BH2|1|C|G|19592BH2|1|C|A|1960s35
2BH2|1|C|G|19592BH2|1|C|C|1947cWW
2BH2|1|C|G|19592BH2|1|C|C|1958s53
2BH2|1|C|G|19592BH2|1|C|G|1948s55
2BH2|1|C|G|19592BH2|1|C|G|19590BPh
2BH2|1|C|U|19402BH2|1|C|C|1941s35
2BH2|1|C|U|19402BH2|1|C|U|19400BPh
2BH2|1|C|U|19432BH2|1|C|U|19430BPh
2BH2|1|C|U|19442BH2|1|C|G|1945s35
2BH2|1|C|U|19442BH2|1|C|U|1944n0BP
2BH2|1|C|U|19462BH2|1|C|A|1960cWW
2BH2|1|C|U|19462BH2|1|C|C|1947s35
2BH2|1|C|U|19462BH2|1|C|G|1945s53
2BH2|1|C|U|19462BH2|1|C|U|19460BPh
2BH2|1|C|U|19512BH2|1|C|G|1950s53
2BH2|1|C|U|19512BH2|1|C|G|19545BPh
2BH2|1|C|U|19512BH2|1|C|U|19510BPh
2BH2|1|C|U|19552BH2|1|C|G|1954
2BH2|1|C|U|19552BH2|1|C|U|19550BPh
2BH2|1|C|U|19552BH2|1|C|U|1956
2BH2|1|C|U|19562BH2|1|C|C|1957
2BH2|1|C|U|19562BH2|1|C|U|19559BPh
2BH2|1|C|U|19562BH2|1|C|U|19560BPh
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2BH2|1|D|C|19342BH2|1|D|G|1933s53
2BH2|1|D|C|19342BH2|1|D|G|1935s35
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2BH2|1|D|C|19412BH2|1|D|C|1942s35
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2BH2|1|D|C|19582BH2|1|D|C|1957s53
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2BH2|1|D|C|19582BH2|1|D|G|1948cWW
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2BH2|1|D|G|19542BH2|1|D|A|1952s33
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2BH2|1|D|G|19542BH2|1|D|U|1955
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2BH2|1|D|G|19592BH2|1|D|C|1958s53
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2BH2|1|D|U|19462BH2|1|D|A|1960cWW
2BH2|1|D|U|19462BH2|1|D|C|1947s35
2BH2|1|D|U|19462BH2|1|D|G|1945s53
2BH2|1|D|U|19462BH2|1|D|U|19460BPh
2BH2|1|D|U|19512BH2|1|D|G|1950s53
2BH2|1|D|U|19512BH2|1|D|G|19545BPh
2BH2|1|D|U|19512BH2|1|D|U|19510BPh
2BH2|1|D|U|19552BH2|1|D|G|1954
2BH2|1|D|U|19552BH2|1|D|U|19550BPh
2BH2|1|D|U|19562BH2|1|D|U|1956n0BP


Base-PairsCount (10)Relative Frequency
cWW101.000
Base-PhosphateCount (55)Relative Frequency
4BPh10.018
5BPh20.036
6BPh20.036
7BPh30.055
8BPh10.018
9BPh10.018
0BPh450.818
Base-StackingCount (22)Relative Frequency
s3340.182
s53120.545
s5560.273

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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