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NDB ID: PR0246  PDB ID: 2BQ5 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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2BQ5|1|S|G|7||||P_12BQ5|1|S|G|7||||P_1n0BP
2BQ5|1|S|G|7||||P_12BQ5|1|S|G|8||||P_1s35
2BQ5|1|S|G|7||||P_P2BQ5|1|S|C|14||||P_PcWW
2BQ5|1|S|G|7||||P_P2BQ5|1|S|C|15||||P_Ps55
2BQ5|1|S|G|7||||P_P2BQ5|1|S|G|5||||P_Ps53
2BQ5|1|S|G|7||||P_P2BQ5|1|S|G|7||||P_Pn0BP
2BQ5|1|S|G|7||||P_P2BQ5|1|S|G|8||||P_Ps35
2BQ5|1|S|G|8||||P_12BQ5|1|S|A|9||||P_1s35
2BQ5|1|S|G|8||||P_12BQ5|1|S|C|13||||P_1cWW
2BQ5|1|S|G|8||||P_12BQ5|1|S|C|14||||P_1s55
2BQ5|1|S|G|8||||P_12BQ5|1|S|G|7||||P_1s53
2BQ5|1|S|G|8||||P_12BQ5|1|S|G|8||||P_1n0BP
2BQ5|1|S|G|8||||P_P2BQ5|1|S|A|9||||P_Ps35
2BQ5|1|S|G|8||||P_P2BQ5|1|S|C|13||||P_PcWW
2BQ5|1|S|G|8||||P_P2BQ5|1|S|C|14||||P_Ps55
2BQ5|1|S|G|8||||P_P2BQ5|1|S|G|7||||P_Ps53
2BQ5|1|S|G|8||||P_P2BQ5|1|S|G|8||||P_Pn0BP
2BQ5|1|S|U|10||||P_12BQ5|1|S|U|10||||P_10BPh
2BQ5|1|S|U|10||||P_P2BQ5|1|S|U|10||||P_P0BPh
2BQ5|1|S|U|11||||P_12BQ5|1|S|A|9||||P_1s53
2BQ5|1|S|U|11||||P_12BQ5|1|S|U|10||||P_19BPh
2BQ5|1|S|U|11||||P_12BQ5|1|S|U|11||||P_10BPh
2BQ5|1|S|U|11||||P_P2BQ5|1|S|A|9||||P_Ps53
2BQ5|1|S|U|11||||P_P2BQ5|1|S|U|10||||P_P9BPh
2BQ5|1|S|U|11||||P_P2BQ5|1|S|U|11||||P_P0BPh
2BQ5|1|S|U|17||||P_12BQ5|1|S|A|16||||P_1s53
2BQ5|1|S|U|17||||P_12BQ5|1|S|A|3||||P_1cWW
2BQ5|1|S|U|17||||P_12BQ5|1|S|G|18||||P_1s35
2BQ5|1|S|U|17||||P_12BQ5|1|S|U|17||||P_10BPh
2BQ5|1|S|U|17||||P_P2BQ5|1|S|A|16||||P_Ps53
2BQ5|1|S|U|17||||P_P2BQ5|1|S|A|3||||P_PcWW
2BQ5|1|S|U|17||||P_P2BQ5|1|S|G|18||||P_Ps35
2BQ5|1|S|U|17||||P_P2BQ5|1|S|U|17||||P_P0BPh
2BQ5|1|S|U|4||||P_12BQ5|1|S|A|16||||P_1cWW
2BQ5|1|S|U|4||||P_12BQ5|1|S|A|3||||P_1s53
2BQ5|1|S|U|4||||P_12BQ5|1|S|G|5||||P_1s35
2BQ5|1|S|U|4||||P_12BQ5|1|S|U|4||||P_10BPh
2BQ5|1|S|U|4||||P_P2BQ5|1|S|A|16||||P_PcWW
2BQ5|1|S|U|4||||P_P2BQ5|1|S|A|3||||P_Ps53
2BQ5|1|S|U|4||||P_P2BQ5|1|S|G|5||||P_Ps35
2BQ5|1|S|U|4||||P_P2BQ5|1|S|U|4||||P_P0BPh


Base-PairsCount (24)Relative Frequency
cWW241.000
Base-PhosphateCount (58)Relative Frequency
9BPh40.069
0BPh540.931
Base-StackingCount (40)Relative Frequency
s53200.500
s55200.500

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)