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NDB ID: PR0203  PDB ID: 2C4Q 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2C4Q|1|R|A|12||||P_12C4Q|1|R|A|12||||P_10BPh
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2C4Q|1|S|G|5||||P_12C4Q|1|S|G|7||||P_1s35
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2C4Q|1|S|U|17||||P_12C4Q|1|S|A|16||||P_1s53
2C4Q|1|S|U|17||||P_12C4Q|1|S|A|3||||P_1cWW
2C4Q|1|S|U|17||||P_12C4Q|1|S|G|18||||P_1ns35
2C4Q|1|S|U|17||||P_12C4Q|1|S|U|17||||P_10BPh
2C4Q|1|S|U|17||||P_P2C4Q|1|S|A|16||||P_Ps53
2C4Q|1|S|U|17||||P_P2C4Q|1|S|A|3||||P_PcWW
2C4Q|1|S|U|17||||P_P2C4Q|1|S|G|18||||P_Pns35
2C4Q|1|S|U|17||||P_P2C4Q|1|S|U|17||||P_P0BPh
2C4Q|1|S|U|4||||P_12C4Q|1|S|A|16||||P_1cWW
2C4Q|1|S|U|4||||P_12C4Q|1|S|A|3||||P_1s53
2C4Q|1|S|U|4||||P_12C4Q|1|S|G|5||||P_1s35
2C4Q|1|S|U|4||||P_12C4Q|1|S|U|4||||P_10BPh
2C4Q|1|S|U|4||||P_P2C4Q|1|S|A|16||||P_PcWW
2C4Q|1|S|U|4||||P_P2C4Q|1|S|A|3||||P_Ps53
2C4Q|1|S|U|4||||P_P2C4Q|1|S|G|5||||P_Ps35
2C4Q|1|S|U|4||||P_P2C4Q|1|S|U|4||||P_P0BPh


Base-PairsCount (24)Relative Frequency
cWW241.000
Base-PhosphateCount (48)Relative Frequency
0BPh481.000
Base-StackingCount (34)Relative Frequency
s53180.529
s55160.471

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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