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NDB ID: PR0204  PDB ID: 2C4Y 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2C4Y|1|R|A|12||||P_12C4Y|1|R|A|12||||P_10BPh
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2C4Y|1|R|A|16||||P_P2C4Y|1|R|G|5||||P_Ps55
2C4Y|1|R|A|16||||P_P2C4Y|1|R|U|17||||P_Ps35
2C4Y|1|R|A|16||||P_P2C4Y|1|R|U|4||||P_PcWW
2C4Y|1|R|A|3||||P_12C4Y|1|R|A|3||||P_10BPh
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2C4Y|1|R|C|13||||P_P2C4Y|1|R|A|9||||P_Ps55
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2C4Y|1|S|G|7||||P_12C4Y|1|S|C|15||||P_1s55
2C4Y|1|S|G|7||||P_12C4Y|1|S|G|5||||P_1s53
2C4Y|1|S|G|7||||P_12C4Y|1|S|G|8||||P_1s35
2C4Y|1|S|G|7||||P_P2C4Y|1|S|C|14||||P_PcWW
2C4Y|1|S|G|7||||P_P2C4Y|1|S|C|15||||P_Ps55
2C4Y|1|S|G|7||||P_P2C4Y|1|S|G|5||||P_Ps53
2C4Y|1|S|G|7||||P_P2C4Y|1|S|G|8||||P_Ps35
2C4Y|1|S|G|8||||P_12C4Y|1|S|A|9||||P_1s35
2C4Y|1|S|G|8||||P_12C4Y|1|S|C|13||||P_1cWW
2C4Y|1|S|G|8||||P_12C4Y|1|S|C|14||||P_1ns55
2C4Y|1|S|G|8||||P_12C4Y|1|S|G|7||||P_1s53
2C4Y|1|S|G|8||||P_12C4Y|1|S|G|8||||P_10BPh
2C4Y|1|S|G|8||||P_P2C4Y|1|S|A|9||||P_Ps35
2C4Y|1|S|G|8||||P_P2C4Y|1|S|C|13||||P_PcWW
2C4Y|1|S|G|8||||P_P2C4Y|1|S|C|14||||P_Pns55
2C4Y|1|S|G|8||||P_P2C4Y|1|S|G|7||||P_Ps53
2C4Y|1|S|G|8||||P_P2C4Y|1|S|G|8||||P_P0BPh
2C4Y|1|S|U|10||||P_12C4Y|1|S|U|10||||P_10BPh
2C4Y|1|S|U|10||||P_P2C4Y|1|S|U|10||||P_P0BPh
2C4Y|1|S|U|4||||P_12C4Y|1|S|A|16||||P_1cWW
2C4Y|1|S|U|4||||P_12C4Y|1|S|G|5||||P_1s35
2C4Y|1|S|U|4||||P_P2C4Y|1|S|A|16||||P_PcWW
2C4Y|1|S|U|4||||P_P2C4Y|1|S|G|5||||P_Ps35


Base-PairsCount (20)Relative Frequency
cWW201.000
Base-PhosphateCount (38)Relative Frequency
0BPh381.000
Base-StackingCount (30)Relative Frequency
s53160.533
s55140.467

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)