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NDB ID: 2CD6  PDB ID: 2CD6 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2CD6|1|A|A|182CD6|1|A|A|180BPh
2CD6|1|A|A|182CD6|1|A|C|12ns55
2CD6|1|A|A|182CD6|1|A|C|19s35
2CD6|1|A|A|182CD6|1|A|G|17s53
2CD6|1|A|A|182CD6|1|A|U|11cWW
2CD6|1|A|A|32CD6|1|A|A|30BPh
2CD6|1|A|A|32CD6|1|A|A|4s35
2CD6|1|A|A|32CD6|1|A|G|2s53
2CD6|1|A|A|32CD6|1|A|U|25cWW
2CD6|1|A|A|42CD6|1|A|A|3s53
2CD6|1|A|A|42CD6|1|A|A|40BPh
2CD6|1|A|A|42CD6|1|A|G|5ns35
2CD6|1|A|A|42CD6|1|A|U|24cWW
2CD6|1|A|A|42CD6|1|A|U|25ns55
2CD6|1|A|C|122CD6|1|A|A|18ns55
2CD6|1|A|C|122CD6|1|A|C|120BPh
2CD6|1|A|C|122CD6|1|A|G|17cWW
2CD6|1|A|C|122CD6|1|A|U|11s53
2CD6|1|A|C|122CD6|1|A|U|13s35
2CD6|1|A|C|152CD6|1|A|G|16ns53
2CD6|1|A|C|152CD6|1|A|U|148BPh
2CD6|1|A|C|192CD6|1|A|A|18s53
2CD6|1|A|C|192CD6|1|A|C|190BPh
2CD6|1|A|C|192CD6|1|A|C|20s35
2CD6|1|A|C|192CD6|1|A|G|10cWW
2CD6|1|A|C|202CD6|1|A|C|19s53
2CD6|1|A|C|202CD6|1|A|C|200BPh
2CD6|1|A|C|202CD6|1|A|G|10s55
2CD6|1|A|C|202CD6|1|A|G|21s35
2CD6|1|A|C|202CD6|1|A|G|9cWW
2CD6|1|A|C|232CD6|1|A|C|230BPh
2CD6|1|A|C|232CD6|1|A|G|22s53
2CD6|1|A|C|232CD6|1|A|G|5cWW
2CD6|1|A|C|232CD6|1|A|U|24ns35
2CD6|1|A|C|262CD6|1|A|C|260BPh
2CD6|1|A|C|262CD6|1|A|C|27s35
2CD6|1|A|C|262CD6|1|A|G|2cWW
2CD6|1|A|C|262CD6|1|A|U|25s53
2CD6|1|A|C|272CD6|1|A|C|26s53
2CD6|1|A|C|272CD6|1|A|C|27n0BP
2CD6|1|A|C|272CD6|1|A|G|1ncWW
2CD6|1|A|C|82CD6|1|A|C|80BPh
2CD6|1|A|C|82CD6|1|A|G|21cWW
2CD6|1|A|C|82CD6|1|A|G|9s35
2CD6|1|A|C|82CD6|1|A|U|6s53
2CD6|1|A|C|82CD6|1|A|U|7
2CD6|1|A|G|12CD6|1|A|C|27ncWW
2CD6|1|A|G|12CD6|1|A|G|1n0BP
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2CD6|1|A|G|102CD6|1|A|C|19cWW
2CD6|1|A|G|102CD6|1|A|C|20s55
2CD6|1|A|G|102CD6|1|A|G|100BPh
2CD6|1|A|G|102CD6|1|A|G|9s53
2CD6|1|A|G|102CD6|1|A|U|11s35
2CD6|1|A|G|162CD6|1|A|C|15ns35
2CD6|1|A|G|162CD6|1|A|G|16n1BP
2CD6|1|A|G|162CD6|1|A|G|17s55
2CD6|1|A|G|162CD6|1|A|U|13tWS
2CD6|1|A|G|162CD6|1|A|U|14s33
2CD6|1|A|G|172CD6|1|A|A|18s35
2CD6|1|A|G|172CD6|1|A|C|12cWW
2CD6|1|A|G|172CD6|1|A|G|16s55
2CD6|1|A|G|172CD6|1|A|G|170BPh
2CD6|1|A|G|22CD6|1|A|A|3s35
2CD6|1|A|G|22CD6|1|A|C|26cWW
2CD6|1|A|G|22CD6|1|A|G|1ns53
2CD6|1|A|G|22CD6|1|A|G|20BPh
2CD6|1|A|G|212CD6|1|A|C|20s53
2CD6|1|A|G|212CD6|1|A|C|8cWW
2CD6|1|A|G|212CD6|1|A|G|210BPh
2CD6|1|A|G|212CD6|1|A|G|9s55
2CD6|1|A|G|222CD6|1|A|C|23s35
2CD6|1|A|G|222CD6|1|A|G|21
2CD6|1|A|G|222CD6|1|A|G|220BPh
2CD6|1|A|G|222CD6|1|A|U|6cWW
2CD6|1|A|G|52CD6|1|A|A|4ns53
2CD6|1|A|G|52CD6|1|A|C|23cWW
2CD6|1|A|G|52CD6|1|A|G|50BPh
2CD6|1|A|G|52CD6|1|A|U|24s55
2CD6|1|A|G|52CD6|1|A|U|6s35
2CD6|1|A|G|92CD6|1|A|C|20cWW
2CD6|1|A|G|92CD6|1|A|C|8s53
2CD6|1|A|G|92CD6|1|A|G|10s35
2CD6|1|A|G|92CD6|1|A|G|21s55
2CD6|1|A|G|92CD6|1|A|G|90BPh
2CD6|1|A|U|112CD6|1|A|A|18cWW
2CD6|1|A|U|112CD6|1|A|C|12s35
2CD6|1|A|U|112CD6|1|A|G|10s53
2CD6|1|A|U|112CD6|1|A|U|110BPh
2CD6|1|A|U|132CD6|1|A|C|12s53n9BP
2CD6|1|A|U|132CD6|1|A|G|16tSW
2CD6|1|A|U|132CD6|1|A|U|130BPh
2CD6|1|A|U|142CD6|1|A|G|16s33
2CD6|1|A|U|142CD6|1|A|U|140BPh
2CD6|1|A|U|242CD6|1|A|A|4cWW
2CD6|1|A|U|242CD6|1|A|C|23ns53
2CD6|1|A|U|242CD6|1|A|G|5s55
2CD6|1|A|U|242CD6|1|A|U|240BPh
2CD6|1|A|U|242CD6|1|A|U|25s35
2CD6|1|A|U|252CD6|1|A|A|3cWW
2CD6|1|A|U|252CD6|1|A|A|4ns55
2CD6|1|A|U|252CD6|1|A|C|26s35
2CD6|1|A|U|252CD6|1|A|U|24s53
2CD6|1|A|U|252CD6|1|A|U|250BPh
2CD6|1|A|U|62CD6|1|A|C|8s35
2CD6|1|A|U|62CD6|1|A|G|22cWW
2CD6|1|A|U|62CD6|1|A|G|5s53
2CD6|1|A|U|62CD6|1|A|U|6n0BP
2CD6|1|A|U|62CD6|1|A|U|7
2CD6|1|A|U|72CD6|1|A|G|59BPh


Base-PairsCount (11)Relative Frequency
cWW100.909
tWS10.091
Base-PhosphateCount (23)Relative Frequency
8BPh10.043
9BPh10.043
0BPh210.913
Base-StackingCount (12)Relative Frequency
s3310.083
s5370.583
s5540.333

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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