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NDB ID: PR0184  PDB ID: 2D6F 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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Base-PairsCount (48)Relative Frequency
cWW370.771
tWW30.062
tWH30.062
tWS20.042
tHH10.021
cHS20.042
Base-PhosphateCount (116)Relative Frequency
1BPh10.009
5BPh20.017
7BPh10.009
8BPh10.009
9BPh20.017
0BPh1090.940
Base-StackingCount (72)Relative Frequency
s3370.097
s53260.361
s55390.542

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)