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NDB ID: PR0214  PDB ID: 2DR7 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2DR7|1|B|A|172DR7|1|B|C|20s35n2BP
2DR7|1|B|A|172DR7|1|B|U|13tHW
2DR7|1|B|A|172DR7|1|B|U|19
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2DR7|1|B|A|322DR7|1|B|G|1s55
2DR7|1|B|C|102DR7|1|B|C|10n0BP
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2DR7|1|B|C|202DR7|1|B|C|20n0BP
2DR7|1|B|C|202DR7|1|B|C|21s35
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2DR7|1|B|C|302DR7|1|B|G|29s53
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2DR7|1|B|G|62DR7|1|B|G|6n0BP
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2DR7|1|B|G|92DR7|1|B|G|90BPh
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2DR7|1|B|U|132DR7|1|B|G|12s53
2DR7|1|B|U|132DR7|1|B|U|130BPh
2DR7|1|B|U|132DR7|1|B|U|14s35
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2DR7|1|B|U|142DR7|1|B|U|13s53
2DR7|1|B|U|142DR7|1|B|U|140BPh
2DR7|1|B|U|182DR7|1|B|U|180BPh
2DR7|1|B|U|182DR7|1|B|U|19s35
2DR7|1|B|U|192DR7|1|B|A|17
2DR7|1|B|U|192DR7|1|B|U|18s53n9BP
2DR7|1|B|U|192DR7|1|B|U|190BPh
2DR7|1|B|U|262DR7|1|B|C|25s53
2DR7|1|B|U|262DR7|1|B|G|6cWW
2DR7|1|B|U|262DR7|1|B|G|7s55
2DR7|1|B|U|262DR7|1|B|U|260BPh


Base-PairsCount (13)Relative Frequency
cWW120.923
tWH10.077
Base-PhosphateCount (28)Relative Frequency
5BPh10.036
8BPh10.036
0BPh260.929
Base-StackingCount (17)Relative Frequency
s3310.059
s5350.294
s55110.647

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)