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NDB ID: DR0030  PDB ID: 2G5K 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2G5K|1|A|A|152G5K|1|A|A|15n0BP
2G5K|1|A|A|152G5K|1|A|A|17s35
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2G5K|1|A|A|172G5K|1|B|G|31ncSW
2G5K|1|A|A|182G5K|1|A|A|180BPh
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2G5K|1|A|C|212G5K|1|A|C|210BPh
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2G5K|1|B|U|292G5K|1|B|G|28s53
2G5K|1|B|U|292G5K|1|B|U|290BPh
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2G5K|1|B|U|332G5K|1|B|C|34s35
2G5K|1|B|U|332G5K|1|B|U|330BPh
2G5K|1|B|U|432G5K|1|A|U|6cWW
2G5K|1|B|U|432G5K|1|B|C|44s35
2G5K|1|B|U|432G5K|1|B|G|42s53
2G5K|1|B|U|432G5K|1|B|U|430BPh


Base-PairsCount (18)Relative Frequency
cWW160.889
cWS20.111
Base-PhosphateCount (44)Relative Frequency
4BPh20.045
7BPh20.045
0BPh400.909
Base-StackingCount (23)Relative Frequency
s53140.609
s5590.391

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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