NDB ID: 2HNS PDB ID: 2HNS 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
2HNS|1|A|A|10 | 2HNS|1|A|A|10 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|A|10 | 2HNS|1|A|A|11 | | s35 | |
2HNS|1|A|A|10 | 2HNS|1|A|C|9 | | s53 | |
2HNS|1|A|A|10 | 2HNS|1|A|G|14 | | s55 | |
2HNS|1|A|A|11 | 2HNS|1|A|A|10 | | s53 | |
2HNS|1|A|A|11 | 2HNS|1|A|A|11 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|A|11 | 2HNS|1|A|U|13 | | ns53 | |
2HNS|1|A|A|15 | 2HNS|1|A|A|15 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|A|15 | 2HNS|1|A|G|14 | | s53 | |
2HNS|1|A|A|15 | 2HNS|1|A|U|16 | | s35 | |
2HNS|1|A|A|15 | 2HNS|1|A|U|8 | cWW | | |
2HNS|1|A|A|7 | 2HNS|1|A|A|7 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|A|7 | 2HNS|1|A|G|6 | | s53 | |
2HNS|1|A|A|7 | 2HNS|1|A|U|16 | cWW | | |
2HNS|1|A|A|7 | 2HNS|1|A|U|8 | | s35 | |
2HNS|1|A|C|17 | 2HNS|1|A|C|17 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|C|17 | 2HNS|1|A|G|18 | | s35 | |
2HNS|1|A|C|17 | 2HNS|1|A|G|6 | cWW | | |
2HNS|1|A|C|17 | 2HNS|1|A|U|16 | | s53 | |
2HNS|1|A|C|19 | 2HNS|1|A|C|19 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|C|19 | 2HNS|1|A|G|18 | | s53 | |
2HNS|1|A|C|19 | 2HNS|1|A|G|20 | | ns35 | |
2HNS|1|A|C|19 | 2HNS|1|A|G|4 | cWW | | |
2HNS|1|A|C|21 | 2HNS|1|A|C|21 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|C|21 | 2HNS|1|A|C|22 | | s35 | |
2HNS|1|A|C|21 | 2HNS|1|A|G|2 | cWW | | |
2HNS|1|A|C|21 | 2HNS|1|A|G|20 | | s53 | |
2HNS|1|A|C|22 | 2HNS|1|A|C|21 | | s53 | |
2HNS|1|A|C|22 | 2HNS|1|A|C|22 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|C|22 | 2HNS|1|A|G|1 | cWW | | |
2HNS|1|A|C|22 | 2HNS|1|A|G|2 | | ns55 | |
2HNS|1|A|C|3 | 2HNS|1|A|C|3 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|C|3 | 2HNS|1|A|G|2 | | s53 | |
2HNS|1|A|C|3 | 2HNS|1|A|G|20 | cWW | | |
2HNS|1|A|C|3 | 2HNS|1|A|G|4 | | s35 | |
2HNS|1|A|C|9 | 2HNS|1|A|A|10 | | s35 | |
2HNS|1|A|C|9 | 2HNS|1|A|C|9 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|C|9 | 2HNS|1|A|G|14 | cWW | | |
2HNS|1|A|C|9 | 2HNS|1|A|U|8 | | s53 | |
2HNS|1|A|G|1 | 2HNS|1|A|C|22 | cWW | | |
2HNS|1|A|G|1 | 2HNS|1|A|G|2 | | s35 | |
2HNS|1|A|G|12 | 2HNS|1|A|A|11 | | | |
2HNS|1|A|G|14 | 2HNS|1|A|A|10 | | s55 | |
2HNS|1|A|G|14 | 2HNS|1|A|A|15 | | s35 | |
2HNS|1|A|G|14 | 2HNS|1|A|C|9 | cWW | | |
2HNS|1|A|G|14 | 2HNS|1|A|G|14 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|G|18 | 2HNS|1|A|C|17 | | s53 | |
2HNS|1|A|G|18 | 2HNS|1|A|C|19 | | s35 | |
2HNS|1|A|G|18 | 2HNS|1|A|G|18 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|G|18 | 2HNS|1|A|G|6 | | s55 | |
2HNS|1|A|G|18 | 2HNS|1|A|U|5 | cWW | | |
2HNS|1|A|G|2 | 2HNS|1|A|C|21 | cWW | | |
2HNS|1|A|G|2 | 2HNS|1|A|C|22 | | ns55 | |
2HNS|1|A|G|2 | 2HNS|1|A|C|3 | | s35 | |
2HNS|1|A|G|2 | 2HNS|1|A|G|1 | | s53 | |
2HNS|1|A|G|2 | 2HNS|1|A|G|2 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|G|20 | 2HNS|1|A|C|19 | | ns53 | |
2HNS|1|A|G|20 | 2HNS|1|A|C|21 | | s35 | |
2HNS|1|A|G|20 | 2HNS|1|A|C|3 | cWW | | |
2HNS|1|A|G|20 | 2HNS|1|A|G|20 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|G|20 | 2HNS|1|A|G|4 | | s55 | |
2HNS|1|A|G|4 | 2HNS|1|A|C|19 | cWW | | |
2HNS|1|A|G|4 | 2HNS|1|A|C|3 | | s53 | |
2HNS|1|A|G|4 | 2HNS|1|A|G|20 | | s55 | |
2HNS|1|A|G|4 | 2HNS|1|A|G|4 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|G|4 | 2HNS|1|A|U|5 | | s35 | |
2HNS|1|A|G|6 | 2HNS|1|A|A|7 | | s35 | |
2HNS|1|A|G|6 | 2HNS|1|A|C|17 | cWW | | |
2HNS|1|A|G|6 | 2HNS|1|A|G|18 | | s55 | |
2HNS|1|A|G|6 | 2HNS|1|A|G|6 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|G|6 | 2HNS|1|A|U|5 | | s53 | |
2HNS|1|A|U|13 | 2HNS|1|A|A|11 | | ns35 | |
2HNS|1|A|U|13 | 2HNS|1|A|U|13 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|U|16 | 2HNS|1|A|A|15 | | s53 | |
2HNS|1|A|U|16 | 2HNS|1|A|A|7 | cWW | | |
2HNS|1|A|U|16 | 2HNS|1|A|C|17 | | s35 | |
2HNS|1|A|U|16 | 2HNS|1|A|U|16 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|U|5 | 2HNS|1|A|G|18 | cWW | | |
2HNS|1|A|U|5 | 2HNS|1|A|G|4 | | s53 | |
2HNS|1|A|U|5 | 2HNS|1|A|G|6 | | s35 | |
2HNS|1|A|U|5 | 2HNS|1|A|U|5 | | | 0BPh |
2HNS|1|A|U|8 | 2HNS|1|A|A|15 | cWW | | |
2HNS|1|A|U|8 | 2HNS|1|A|A|7 | | s53 | |
2HNS|1|A|U|8 | 2HNS|1|A|C|9 | | s35 | |
2HNS|1|A|U|8 | 2HNS|1|A|U|8 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (9) | Relative Frequency |
---|
cWW | 9 | 1.000 |
Base-Phosphate | Count (20) | Relative Frequency |
---|
0BPh | 20 | 1.000 |
Base-Stacking | Count (12) | Relative Frequency |
---|
s53 | 9 | 0.750 |
s55 | 3 | 0.250 |