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NDB ID: 2HNS  PDB ID: 2HNS 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2HNS|1|A|A|102HNS|1|A|A|100BPh
2HNS|1|A|A|102HNS|1|A|A|11s35
2HNS|1|A|A|102HNS|1|A|C|9s53
2HNS|1|A|A|102HNS|1|A|G|14s55
2HNS|1|A|A|112HNS|1|A|A|10s53
2HNS|1|A|A|112HNS|1|A|A|110BPh
2HNS|1|A|A|112HNS|1|A|U|13ns53
2HNS|1|A|A|152HNS|1|A|A|150BPh
2HNS|1|A|A|152HNS|1|A|G|14s53
2HNS|1|A|A|152HNS|1|A|U|16s35
2HNS|1|A|A|152HNS|1|A|U|8cWW
2HNS|1|A|A|72HNS|1|A|A|70BPh
2HNS|1|A|A|72HNS|1|A|G|6s53
2HNS|1|A|A|72HNS|1|A|U|16cWW
2HNS|1|A|A|72HNS|1|A|U|8s35
2HNS|1|A|C|172HNS|1|A|C|170BPh
2HNS|1|A|C|172HNS|1|A|G|18s35
2HNS|1|A|C|172HNS|1|A|G|6cWW
2HNS|1|A|C|172HNS|1|A|U|16s53
2HNS|1|A|C|192HNS|1|A|C|190BPh
2HNS|1|A|C|192HNS|1|A|G|18s53
2HNS|1|A|C|192HNS|1|A|G|20ns35
2HNS|1|A|C|192HNS|1|A|G|4cWW
2HNS|1|A|C|212HNS|1|A|C|210BPh
2HNS|1|A|C|212HNS|1|A|C|22s35
2HNS|1|A|C|212HNS|1|A|G|2cWW
2HNS|1|A|C|212HNS|1|A|G|20s53
2HNS|1|A|C|222HNS|1|A|C|21s53
2HNS|1|A|C|222HNS|1|A|C|220BPh
2HNS|1|A|C|222HNS|1|A|G|1cWW
2HNS|1|A|C|222HNS|1|A|G|2ns55
2HNS|1|A|C|32HNS|1|A|C|30BPh
2HNS|1|A|C|32HNS|1|A|G|2s53
2HNS|1|A|C|32HNS|1|A|G|20cWW
2HNS|1|A|C|32HNS|1|A|G|4s35
2HNS|1|A|C|92HNS|1|A|A|10s35
2HNS|1|A|C|92HNS|1|A|C|90BPh
2HNS|1|A|C|92HNS|1|A|G|14cWW
2HNS|1|A|C|92HNS|1|A|U|8s53
2HNS|1|A|G|12HNS|1|A|C|22cWW
2HNS|1|A|G|12HNS|1|A|G|2s35
2HNS|1|A|G|122HNS|1|A|A|11
2HNS|1|A|G|142HNS|1|A|A|10s55
2HNS|1|A|G|142HNS|1|A|A|15s35
2HNS|1|A|G|142HNS|1|A|C|9cWW
2HNS|1|A|G|142HNS|1|A|G|140BPh
2HNS|1|A|G|182HNS|1|A|C|17s53
2HNS|1|A|G|182HNS|1|A|C|19s35
2HNS|1|A|G|182HNS|1|A|G|180BPh
2HNS|1|A|G|182HNS|1|A|G|6s55
2HNS|1|A|G|182HNS|1|A|U|5cWW
2HNS|1|A|G|22HNS|1|A|C|21cWW
2HNS|1|A|G|22HNS|1|A|C|22ns55
2HNS|1|A|G|22HNS|1|A|C|3s35
2HNS|1|A|G|22HNS|1|A|G|1s53
2HNS|1|A|G|22HNS|1|A|G|20BPh
2HNS|1|A|G|202HNS|1|A|C|19ns53
2HNS|1|A|G|202HNS|1|A|C|21s35
2HNS|1|A|G|202HNS|1|A|C|3cWW
2HNS|1|A|G|202HNS|1|A|G|200BPh
2HNS|1|A|G|202HNS|1|A|G|4s55
2HNS|1|A|G|42HNS|1|A|C|19cWW
2HNS|1|A|G|42HNS|1|A|C|3s53
2HNS|1|A|G|42HNS|1|A|G|20s55
2HNS|1|A|G|42HNS|1|A|G|40BPh
2HNS|1|A|G|42HNS|1|A|U|5s35
2HNS|1|A|G|62HNS|1|A|A|7s35
2HNS|1|A|G|62HNS|1|A|C|17cWW
2HNS|1|A|G|62HNS|1|A|G|18s55
2HNS|1|A|G|62HNS|1|A|G|60BPh
2HNS|1|A|G|62HNS|1|A|U|5s53
2HNS|1|A|U|132HNS|1|A|A|11ns35
2HNS|1|A|U|132HNS|1|A|U|130BPh
2HNS|1|A|U|162HNS|1|A|A|15s53
2HNS|1|A|U|162HNS|1|A|A|7cWW
2HNS|1|A|U|162HNS|1|A|C|17s35
2HNS|1|A|U|162HNS|1|A|U|160BPh
2HNS|1|A|U|52HNS|1|A|G|18cWW
2HNS|1|A|U|52HNS|1|A|G|4s53
2HNS|1|A|U|52HNS|1|A|G|6s35
2HNS|1|A|U|52HNS|1|A|U|50BPh
2HNS|1|A|U|82HNS|1|A|A|15cWW
2HNS|1|A|U|82HNS|1|A|A|7s53
2HNS|1|A|U|82HNS|1|A|C|9s35
2HNS|1|A|U|82HNS|1|A|U|80BPh


Base-PairsCount (9)Relative Frequency
cWW91.000
Base-PhosphateCount (20)Relative Frequency
0BPh201.000
Base-StackingCount (12)Relative Frequency
s5390.750
s5530.250

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)