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NDB ID: UR0097  PDB ID: 2HO7 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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2HO7|1|B|U|912HO7|1|B|U|910BPh
2HO7|1|B|U|922HO7|1|B|U|920BPh


Base-PairsCount (64)Relative Frequency
cWW480.750
tWW10.016
cWH10.016
tWH30.047
cHH10.016
cHS30.047
tHS20.031
cSS20.031
tSS30.047
Base-PhosphateCount (136)Relative Frequency
1BPh30.022
3BPh20.015
4BPh20.015
6BPh10.007
7BPh30.022
8BPh10.007
9BPh20.015
0BPh1220.897
Base-StackingCount (85)Relative Frequency
s3380.094
s53360.424
s55410.482

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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