NDB ID: PR0232 PDB ID: 2I91 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
2I91|1|C|A|5 | 2I91|1|C|A|5 | | | 0BPh |
2I91|1|C|A|5 | 2I91|1|C|C|6 | | s35 | |
2I91|1|C|A|5 | 2I91|1|C|U|4 | | s53 | |
2I91|1|C|A|5 | 2I91|1|D|A|5 | | s55 | |
2I91|1|C|A|5 | 2I91|1|D|U|4 | cWW | | |
2I91|1|C|C|2 | 2I91|1|C|C|2 | | | 0BPh |
2I91|1|C|C|2 | 2I91|1|C|C|3 | | s35 | |
2I91|1|C|C|2 | 2I91|1|C|G|1 | | s53 | |
2I91|1|C|C|2 | 2I91|1|D|G|7 | cWW | | |
2I91|1|C|C|3 | 2I91|1|C|C|2 | | s53 | |
2I91|1|C|C|3 | 2I91|1|C|C|3 | | | 0BPh |
2I91|1|C|C|3 | 2I91|1|C|U|4 | | s35 | |
2I91|1|C|C|3 | 2I91|1|D|G|6 | cWW | | |
2I91|1|C|C|3 | 2I91|1|D|G|7 | | s55 | |
2I91|1|C|C|6 | 2I91|1|C|A|5 | | s53 | |
2I91|1|C|C|6 | 2I91|1|C|C|6 | | | 0BPh |
2I91|1|C|C|6 | 2I91|1|C|C|7 | | s35 | |
2I91|1|C|C|6 | 2I91|1|D|G|3 | cWW | | |
2I91|1|C|C|7 | 2I91|1|C|C|6 | | s53 | |
2I91|1|C|C|7 | 2I91|1|C|C|7 | | | 0BPh |
2I91|1|C|C|7 | 2I91|1|C|C|8 | | s35 | |
2I91|1|C|C|7 | 2I91|1|D|G|2 | cWW | | |
2I91|1|C|C|7 | 2I91|1|D|G|3 | | ns55 | |
2I91|1|C|C|8 | 2I91|1|C|C|7 | | s53 | |
2I91|1|C|C|8 | 2I91|1|C|C|8 | | | 0BPh |
2I91|1|C|C|8 | 2I91|1|D|G|2 | | ns55 | |
2I91|1|C|G|1 | 2I91|1|C|C|2 | | s35 | |
2I91|1|C|G|1 | 2I91|1|D|C|8 | cWW | | |
2I91|1|C|U|4 | 2I91|1|C|A|5 | | s35 | |
2I91|1|C|U|4 | 2I91|1|C|C|3 | | s53 | |
2I91|1|C|U|4 | 2I91|1|C|U|4 | | | 0BPh |
2I91|1|C|U|4 | 2I91|1|D|A|5 | cWW | | |
2I91|1|C|U|4 | 2I91|1|D|G|6 | | s55 | |
2I91|1|D|A|5 | 2I91|1|C|A|5 | | s55 | |
2I91|1|D|A|5 | 2I91|1|C|U|4 | cWW | | |
2I91|1|D|A|5 | 2I91|1|D|A|5 | | | 0BPh |
2I91|1|D|A|5 | 2I91|1|D|G|6 | | s35 | |
2I91|1|D|A|5 | 2I91|1|D|U|4 | | s53 | |
2I91|1|D|C|8 | 2I91|1|C|G|1 | cWW | | |
2I91|1|D|C|8 | 2I91|1|D|C|8 | | | 0BPh |
2I91|1|D|C|8 | 2I91|1|D|G|7 | | s53 | |
2I91|1|D|C|8 | 2I91|1|D|U|10 | ncSW | | |
2I91|1|D|G|2 | 2I91|1|C|C|7 | cWW | | |
2I91|1|D|G|2 | 2I91|1|C|C|8 | | ns55 | |
2I91|1|D|G|2 | 2I91|1|D|G|2 | | | n0BP |
2I91|1|D|G|2 | 2I91|1|D|G|3 | | s35 | |
2I91|1|D|G|3 | 2I91|1|C|C|6 | cWW | | |
2I91|1|D|G|3 | 2I91|1|C|C|7 | | ns55 | |
2I91|1|D|G|3 | 2I91|1|D|G|2 | | s53 | |
2I91|1|D|G|3 | 2I91|1|D|G|3 | | | 0BPh |
2I91|1|D|G|3 | 2I91|1|D|U|4 | | s35 | |
2I91|1|D|G|6 | 2I91|1|C|C|3 | cWW | | |
2I91|1|D|G|6 | 2I91|1|C|U|4 | | s55 | |
2I91|1|D|G|6 | 2I91|1|D|A|5 | | s53 | |
2I91|1|D|G|6 | 2I91|1|D|G|6 | | | 0BPh |
2I91|1|D|G|6 | 2I91|1|D|G|7 | | s35 | |
2I91|1|D|G|7 | 2I91|1|C|C|2 | cWW | | |
2I91|1|D|G|7 | 2I91|1|C|C|3 | | s55 | |
2I91|1|D|G|7 | 2I91|1|D|C|8 | | s35 | |
2I91|1|D|G|7 | 2I91|1|D|G|6 | | s53 | |
2I91|1|D|G|7 | 2I91|1|D|G|7 | | | 0BPh |
2I91|1|D|U|10 | 2I91|1|D|C|8 | ncWS | | |
2I91|1|D|U|10 | 2I91|1|D|U|10 | | | |
2I91|1|D|U|10 | 2I91|1|D|U|11 | | s35 | |
2I91|1|D|U|11 | 2I91|1|D|U|10 | | s53 | |
2I91|1|D|U|12 | 2I91|1|D|U|11 | | | |
2I91|1|D|U|12 | 2I91|1|D|U|12 | | | 0BPh |
2I91|1|D|U|4 | 2I91|1|C|A|5 | cWW | | |
2I91|1|D|U|4 | 2I91|1|D|A|5 | | s35 | |
2I91|1|D|U|4 | 2I91|1|D|G|3 | | s53 | |
2I91|1|D|U|4 | 2I91|1|D|U|4 | | | 0BPh |
2I91|1|D|U|9 | 2I91|1|D|U|9 | | | n0BP |
2I91|1|E|A|5 | 2I91|1|E|A|5 | | | 0BPh |
2I91|1|E|A|5 | 2I91|1|E|C|6 | | s35 | |
2I91|1|E|A|5 | 2I91|1|E|U|4 | | s53 | |
2I91|1|E|A|5 | 2I91|1|F|A|5 | | s55 | |
2I91|1|E|A|5 | 2I91|1|F|U|4 | cWW | | |
2I91|1|E|C|2 | 2I91|1|E|C|2 | | | 0BPh |
2I91|1|E|C|2 | 2I91|1|E|C|3 | | s35 | |
2I91|1|E|C|2 | 2I91|1|E|G|1 | | s53 | |
2I91|1|E|C|2 | 2I91|1|F|G|7 | cWW | | |
2I91|1|E|C|3 | 2I91|1|E|C|2 | | s53 | |
2I91|1|E|C|3 | 2I91|1|E|C|3 | | | 0BPh |
2I91|1|E|C|3 | 2I91|1|E|U|4 | | s35 | |
2I91|1|E|C|3 | 2I91|1|F|G|6 | cWW | | |
2I91|1|E|C|3 | 2I91|1|F|G|7 | | s55 | |
2I91|1|E|C|6 | 2I91|1|E|A|5 | | s53 | |
2I91|1|E|C|6 | 2I91|1|E|C|6 | | | 0BPh |
2I91|1|E|C|6 | 2I91|1|E|C|7 | | s35 | |
2I91|1|E|C|6 | 2I91|1|F|G|3 | cWW | | |
2I91|1|E|C|7 | 2I91|1|E|C|6 | | s53 | |
2I91|1|E|C|7 | 2I91|1|E|C|7 | | | 0BPh |
2I91|1|E|C|7 | 2I91|1|E|C|8 | | s33 | |
2I91|1|E|C|7 | 2I91|1|F|G|2 | cWW | | |
2I91|1|E|C|7 | 2I91|1|F|G|3 | | s55 | |
2I91|1|E|C|8 | 2I91|1|E|C|7 | | s33 | |
2I91|1|E|C|8 | 2I91|1|E|C|8 | | | n0BP |
2I91|1|E|G|1 | 2I91|1|E|C|2 | | s35 | |
2I91|1|E|G|1 | 2I91|1|F|C|8 | cWW | | |
2I91|1|E|U|4 | 2I91|1|E|A|5 | | s35 | |
2I91|1|E|U|4 | 2I91|1|E|C|3 | | s53 | |
2I91|1|E|U|4 | 2I91|1|E|U|4 | | | 0BPh |
2I91|1|E|U|4 | 2I91|1|F|A|5 | cWW | | |
2I91|1|E|U|4 | 2I91|1|F|G|6 | | s55 | |
2I91|1|F|A|14 | 2I91|1|F|A|15 | | | |
2I91|1|F|A|15 | 2I91|1|F|A|14 | | | |
2I91|1|F|A|15 | 2I91|1|F|C|13 | ncSS | | |
2I91|1|F|A|5 | 2I91|1|E|A|5 | | s55 | |
2I91|1|F|A|5 | 2I91|1|E|U|4 | cWW | | |
2I91|1|F|A|5 | 2I91|1|F|A|5 | | | 0BPh |
2I91|1|F|A|5 | 2I91|1|F|G|6 | | s35 | |
2I91|1|F|A|5 | 2I91|1|F|U|4 | | s53 | |
2I91|1|F|C|1 | 2I91|1|F|C|1 | | | 0BPh |
2I91|1|F|C|1 | 2I91|1|F|G|2 | | s35 | |
2I91|1|F|C|13 | 2I91|1|F|A|15 | ncSS | | |
2I91|1|F|C|8 | 2I91|1|E|G|1 | cWW | | |
2I91|1|F|C|8 | 2I91|1|F|C|8 | | | 0BPh |
2I91|1|F|C|8 | 2I91|1|F|G|7 | | s53 | |
2I91|1|F|C|8 | 2I91|1|F|U|10 | ncSW | | |
2I91|1|F|G|2 | 2I91|1|E|C|7 | cWW | | |
2I91|1|F|G|2 | 2I91|1|F|C|1 | | s53 | |
2I91|1|F|G|2 | 2I91|1|F|G|2 | | | 0BPh |
2I91|1|F|G|2 | 2I91|1|F|G|3 | | s35 | |
2I91|1|F|G|3 | 2I91|1|E|C|6 | cWW | | |
2I91|1|F|G|3 | 2I91|1|E|C|7 | | s55 | |
2I91|1|F|G|3 | 2I91|1|F|G|2 | | s53 | |
2I91|1|F|G|3 | 2I91|1|F|G|3 | | | n0BP |
2I91|1|F|G|3 | 2I91|1|F|U|4 | | s35 | |
2I91|1|F|G|6 | 2I91|1|E|C|3 | cWW | | |
2I91|1|F|G|6 | 2I91|1|E|U|4 | | s55 | |
2I91|1|F|G|6 | 2I91|1|F|A|5 | | s53 | |
2I91|1|F|G|6 | 2I91|1|F|G|6 | | | 0BPh |
2I91|1|F|G|6 | 2I91|1|F|G|7 | | s35 | |
2I91|1|F|G|7 | 2I91|1|E|C|2 | cWW | | |
2I91|1|F|G|7 | 2I91|1|E|C|3 | | s55 | |
2I91|1|F|G|7 | 2I91|1|F|C|8 | | s35 | |
2I91|1|F|G|7 | 2I91|1|F|G|6 | | s53 | |
2I91|1|F|G|7 | 2I91|1|F|G|7 | | | 0BPh |
2I91|1|F|U|10 | 2I91|1|F|C|8 | ncWS | | |
2I91|1|F|U|10 | 2I91|1|F|U|11 | | s35 | |
2I91|1|F|U|11 | 2I91|1|F|U|10 | | s53 | |
2I91|1|F|U|12 | 2I91|1|F|U|11 | | | |
2I91|1|F|U|12 | 2I91|1|F|U|12 | | | 0BPh |
2I91|1|F|U|4 | 2I91|1|E|A|5 | cWW | | |
2I91|1|F|U|4 | 2I91|1|F|A|5 | | s35 | |
2I91|1|F|U|4 | 2I91|1|F|G|3 | | s53 | |
2I91|1|F|U|4 | 2I91|1|F|U|4 | | | 0BPh |
2I91|1|F|U|9 | 2I91|1|F|U|9 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (14) | Relative Frequency |
---|
cWW | 14 | 1.000 |
Base-Phosphate | Count (29) | Relative Frequency |
---|
0BPh | 29 | 1.000 |
Base-Stacking | Count (16) | Relative Frequency |
---|
s33 | 1 | 0.062 |
s53 | 8 | 0.500 |
s55 | 7 | 0.438 |