NDB ID: 2IRN PDB ID: 2IRN 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
2IRN|1|A|A|5 | 2IRN|1|A|A|5 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|A|5 | 2IRN|1|A|G|4 | | | |
2IRN|1|A|A|5 | 2IRN|1|A|G|6 | | s35 | |
2IRN|1|A|A|5 | 2IRN|1|B|A|14 | | s55 | |
2IRN|1|A|A|5 | 2IRN|1|B|G|13 | tHS | | |
2IRN|1|A|C|2 | 2IRN|1|A|C|2 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|C|2 | 2IRN|1|A|G|1 | | s53 | |
2IRN|1|A|C|2 | 2IRN|1|A|U|3 | | s35 | |
2IRN|1|A|C|2 | 2IRN|1|B|G|16 | cWW | | |
2IRN|1|A|C|8 | 2IRN|1|A|C|8 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|C|8 | 2IRN|1|A|G|7 | | s53 | |
2IRN|1|A|C|8 | 2IRN|1|A|U|9 | | s35 | |
2IRN|1|A|C|8 | 2IRN|1|B|G|10 | cWW | | |
2IRN|1|A|G|1 | 2IRN|1|A|C|2 | | s35 | |
2IRN|1|A|G|1 | 2IRN|1|A|G|1 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|G|1 | 2IRN|1|B|C|17 | cWW | | |
2IRN|1|A|G|1 | 2IRN|1|B|U|18 | | | |
2IRN|1|A|G|4 | 2IRN|1|A|G|4 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|G|4 | 2IRN|1|A|U|3 | | s53 | |
2IRN|1|A|G|4 | 2IRN|1|B|A|14 | tSH | | 3BPh |
2IRN|1|A|G|4 | 2IRN|1|B|G|13 | | s33 | |
2IRN|1|A|G|4 | 2IRN|1|B|G|15 | | ns55 | |
2IRN|1|A|G|6 | 2IRN|1|A|A|5 | | s53 | |
2IRN|1|A|G|6 | 2IRN|1|A|G|6 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|G|6 | 2IRN|1|A|G|7 | | s35 | |
2IRN|1|A|G|6 | 2IRN|1|B|G|13 | | ns55 | |
2IRN|1|A|G|6 | 2IRN|1|B|U|12 | cWW | | |
2IRN|1|A|G|7 | 2IRN|1|A|C|8 | | s35 | |
2IRN|1|A|G|7 | 2IRN|1|A|G|6 | | s53 | |
2IRN|1|A|G|7 | 2IRN|1|A|G|7 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|G|7 | 2IRN|1|B|C|11 | cWW | | |
2IRN|1|A|G|7 | 2IRN|1|B|U|12 | | s55 | |
2IRN|1|A|U|3 | 2IRN|1|A|C|2 | | s53 | n9BP |
2IRN|1|A|U|3 | 2IRN|1|A|G|4 | | s35 | |
2IRN|1|A|U|3 | 2IRN|1|A|U|3 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|U|3 | 2IRN|1|B|G|15 | cWW | | |
2IRN|1|A|U|3 | 2IRN|1|B|G|16 | | s55 | |
2IRN|1|A|U|9 | 2IRN|1|A|C|8 | | s53 | |
2IRN|1|A|U|9 | 2IRN|1|A|U|9 | | | 0BPh |
2IRN|1|A|U|9 | 2IRN|1|B|G|10 | | s55 | |
2IRN|1|B|A|14 | 2IRN|1|A|A|5 | | s55 | |
2IRN|1|B|A|14 | 2IRN|1|A|G|4 | tHS | | |
2IRN|1|B|A|14 | 2IRN|1|B|A|14 | | | 0BPh |
2IRN|1|B|A|14 | 2IRN|1|B|G|13 | | | |
2IRN|1|B|A|14 | 2IRN|1|B|G|15 | | s35 | |
2IRN|1|B|C|11 | 2IRN|1|A|G|7 | cWW | | |
2IRN|1|B|C|11 | 2IRN|1|B|C|11 | | | 0BPh |
2IRN|1|B|C|11 | 2IRN|1|B|G|10 | | s53 | |
2IRN|1|B|C|11 | 2IRN|1|B|U|12 | | s35 | |
2IRN|1|B|C|17 | 2IRN|1|A|G|1 | cWW | | |
2IRN|1|B|C|17 | 2IRN|1|B|C|17 | | | 0BPh |
2IRN|1|B|C|17 | 2IRN|1|B|G|16 | | s53 | |
2IRN|1|B|C|17 | 2IRN|1|B|U|18 | | s35 | |
2IRN|1|B|G|10 | 2IRN|1|A|C|8 | cWW | | |
2IRN|1|B|G|10 | 2IRN|1|A|U|9 | | s55 | |
2IRN|1|B|G|10 | 2IRN|1|B|C|11 | | s35 | |
2IRN|1|B|G|10 | 2IRN|1|B|G|10 | | | 0BPh |
2IRN|1|B|G|13 | 2IRN|1|A|A|5 | tSH | | 3BPh |
2IRN|1|B|G|13 | 2IRN|1|A|G|4 | | s33 | |
2IRN|1|B|G|13 | 2IRN|1|A|G|6 | | ns55 | |
2IRN|1|B|G|13 | 2IRN|1|B|G|13 | | | 0BPh |
2IRN|1|B|G|13 | 2IRN|1|B|U|12 | | s53 | |
2IRN|1|B|G|15 | 2IRN|1|A|G|4 | | ns55 | |
2IRN|1|B|G|15 | 2IRN|1|A|U|3 | cWW | | |
2IRN|1|B|G|15 | 2IRN|1|B|A|14 | | s53 | |
2IRN|1|B|G|15 | 2IRN|1|B|G|15 | | | 0BPh |
2IRN|1|B|G|15 | 2IRN|1|B|G|16 | | s35 | |
2IRN|1|B|G|16 | 2IRN|1|A|C|2 | cWW | | |
2IRN|1|B|G|16 | 2IRN|1|A|U|3 | | s55 | |
2IRN|1|B|G|16 | 2IRN|1|B|C|17 | | s35 | |
2IRN|1|B|G|16 | 2IRN|1|B|G|15 | | s53 | |
2IRN|1|B|G|16 | 2IRN|1|B|G|16 | | | 0BPh |
2IRN|1|B|U|12 | 2IRN|1|A|G|6 | cWW | | |
2IRN|1|B|U|12 | 2IRN|1|A|G|7 | | s55 | |
2IRN|1|B|U|12 | 2IRN|1|B|C|11 | | s53 | n9BP |
2IRN|1|B|U|12 | 2IRN|1|B|G|13 | | s35 | |
2IRN|1|B|U|12 | 2IRN|1|B|U|12 | | | 0BPh |
2IRN|1|B|U|18 | 2IRN|1|B|C|17 | | s53 | n9BP |
2IRN|1|B|U|18 | 2IRN|1|B|U|18 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (8) | Relative Frequency |
---|
cWW | 6 | 0.750 |
tHS | 2 | 0.250 |
Base-Phosphate | Count (20) | Relative Frequency |
---|
3BPh | 2 | 0.100 |
0BPh | 18 | 0.900 |
Base-Stacking | Count (11) | Relative Frequency |
---|
s33 | 1 | 0.091 |
s53 | 6 | 0.545 |
s55 | 4 | 0.364 |