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NDB ID: 2IRN  PDB ID: 2IRN 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2IRN|1|A|A|52IRN|1|A|A|50BPh
2IRN|1|A|A|52IRN|1|A|G|4
2IRN|1|A|A|52IRN|1|A|G|6s35
2IRN|1|A|A|52IRN|1|B|A|14s55
2IRN|1|A|A|52IRN|1|B|G|13tHS
2IRN|1|A|C|22IRN|1|A|C|20BPh
2IRN|1|A|C|22IRN|1|A|G|1s53
2IRN|1|A|C|22IRN|1|A|U|3s35
2IRN|1|A|C|22IRN|1|B|G|16cWW
2IRN|1|A|C|82IRN|1|A|C|80BPh
2IRN|1|A|C|82IRN|1|A|G|7s53
2IRN|1|A|C|82IRN|1|A|U|9s35
2IRN|1|A|C|82IRN|1|B|G|10cWW
2IRN|1|A|G|12IRN|1|A|C|2s35
2IRN|1|A|G|12IRN|1|A|G|10BPh
2IRN|1|A|G|12IRN|1|B|C|17cWW
2IRN|1|A|G|12IRN|1|B|U|18
2IRN|1|A|G|42IRN|1|A|G|40BPh
2IRN|1|A|G|42IRN|1|A|U|3s53
2IRN|1|A|G|42IRN|1|B|A|14tSH3BPh
2IRN|1|A|G|42IRN|1|B|G|13s33
2IRN|1|A|G|42IRN|1|B|G|15ns55
2IRN|1|A|G|62IRN|1|A|A|5s53
2IRN|1|A|G|62IRN|1|A|G|60BPh
2IRN|1|A|G|62IRN|1|A|G|7s35
2IRN|1|A|G|62IRN|1|B|G|13ns55
2IRN|1|A|G|62IRN|1|B|U|12cWW
2IRN|1|A|G|72IRN|1|A|C|8s35
2IRN|1|A|G|72IRN|1|A|G|6s53
2IRN|1|A|G|72IRN|1|A|G|70BPh
2IRN|1|A|G|72IRN|1|B|C|11cWW
2IRN|1|A|G|72IRN|1|B|U|12s55
2IRN|1|A|U|32IRN|1|A|C|2s53n9BP
2IRN|1|A|U|32IRN|1|A|G|4s35
2IRN|1|A|U|32IRN|1|A|U|30BPh
2IRN|1|A|U|32IRN|1|B|G|15cWW
2IRN|1|A|U|32IRN|1|B|G|16s55
2IRN|1|A|U|92IRN|1|A|C|8s53
2IRN|1|A|U|92IRN|1|A|U|90BPh
2IRN|1|A|U|92IRN|1|B|G|10s55
2IRN|1|B|A|142IRN|1|A|A|5s55
2IRN|1|B|A|142IRN|1|A|G|4tHS
2IRN|1|B|A|142IRN|1|B|A|140BPh
2IRN|1|B|A|142IRN|1|B|G|13
2IRN|1|B|A|142IRN|1|B|G|15s35
2IRN|1|B|C|112IRN|1|A|G|7cWW
2IRN|1|B|C|112IRN|1|B|C|110BPh
2IRN|1|B|C|112IRN|1|B|G|10s53
2IRN|1|B|C|112IRN|1|B|U|12s35
2IRN|1|B|C|172IRN|1|A|G|1cWW
2IRN|1|B|C|172IRN|1|B|C|170BPh
2IRN|1|B|C|172IRN|1|B|G|16s53
2IRN|1|B|C|172IRN|1|B|U|18s35
2IRN|1|B|G|102IRN|1|A|C|8cWW
2IRN|1|B|G|102IRN|1|A|U|9s55
2IRN|1|B|G|102IRN|1|B|C|11s35
2IRN|1|B|G|102IRN|1|B|G|100BPh
2IRN|1|B|G|132IRN|1|A|A|5tSH3BPh
2IRN|1|B|G|132IRN|1|A|G|4s33
2IRN|1|B|G|132IRN|1|A|G|6ns55
2IRN|1|B|G|132IRN|1|B|G|130BPh
2IRN|1|B|G|132IRN|1|B|U|12s53
2IRN|1|B|G|152IRN|1|A|G|4ns55
2IRN|1|B|G|152IRN|1|A|U|3cWW
2IRN|1|B|G|152IRN|1|B|A|14s53
2IRN|1|B|G|152IRN|1|B|G|150BPh
2IRN|1|B|G|152IRN|1|B|G|16s35
2IRN|1|B|G|162IRN|1|A|C|2cWW
2IRN|1|B|G|162IRN|1|A|U|3s55
2IRN|1|B|G|162IRN|1|B|C|17s35
2IRN|1|B|G|162IRN|1|B|G|15s53
2IRN|1|B|G|162IRN|1|B|G|160BPh
2IRN|1|B|U|122IRN|1|A|G|6cWW
2IRN|1|B|U|122IRN|1|A|G|7s55
2IRN|1|B|U|122IRN|1|B|C|11s53n9BP
2IRN|1|B|U|122IRN|1|B|G|13s35
2IRN|1|B|U|122IRN|1|B|U|120BPh
2IRN|1|B|U|182IRN|1|B|C|17s53n9BP
2IRN|1|B|U|182IRN|1|B|U|180BPh


Base-PairsCount (8)Relative Frequency
cWW60.750
tHS20.250
Base-PhosphateCount (20)Relative Frequency
3BPh20.100
0BPh180.900
Base-StackingCount (11)Relative Frequency
s3310.091
s5360.545
s5540.364

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)