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NDB ID: 2IRO  PDB ID: 2IRO 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2IRO|1|A|A|52IRO|1|A|A|5n0BP
2IRO|1|A|A|52IRO|1|A|G|4
2IRO|1|A|A|52IRO|1|A|U|6s35
2IRO|1|A|A|52IRO|1|B|A|14s55
2IRO|1|A|A|52IRO|1|B|G|13tHS
2IRO|1|A|C|22IRO|1|A|C|20BPh
2IRO|1|A|C|22IRO|1|A|G|1s53
2IRO|1|A|C|22IRO|1|A|G|3s35
2IRO|1|A|C|22IRO|1|B|G|16cWW
2IRO|1|A|C|82IRO|1|A|C|80BPh
2IRO|1|A|C|82IRO|1|A|G|7s53
2IRO|1|A|C|82IRO|1|A|U|9s35
2IRO|1|A|C|82IRO|1|B|G|10cWW
2IRO|1|A|G|12IRO|1|A|C|2s35
2IRO|1|A|G|12IRO|1|A|G|1n0BP
2IRO|1|A|G|12IRO|1|B|C|17cWW
2IRO|1|A|G|12IRO|1|B|U|18s55
2IRO|1|A|G|32IRO|1|A|C|2s53
2IRO|1|A|G|32IRO|1|A|G|30BPh
2IRO|1|A|G|32IRO|1|A|G|4s35
2IRO|1|A|G|32IRO|1|B|G|16ns55
2IRO|1|A|G|32IRO|1|B|U|15ntSH
2IRO|1|A|G|42IRO|1|A|G|3s53
2IRO|1|A|G|42IRO|1|A|G|40BPh
2IRO|1|A|G|42IRO|1|B|A|14tSH
2IRO|1|A|G|42IRO|1|B|G|13s33
2IRO|1|A|G|72IRO|1|A|C|8s35
2IRO|1|A|G|72IRO|1|A|G|70BPh
2IRO|1|A|G|72IRO|1|A|U|6s53
2IRO|1|A|G|72IRO|1|B|C|11cWW
2IRO|1|A|G|72IRO|1|B|G|12ns55
2IRO|1|A|U|62IRO|1|A|A|5s53
2IRO|1|A|U|62IRO|1|A|G|7s35
2IRO|1|A|U|62IRO|1|A|U|60BPh
2IRO|1|A|U|62IRO|1|B|G|12ntHS
2IRO|1|A|U|92IRO|1|A|C|8s53
2IRO|1|A|U|92IRO|1|A|U|90BPh
2IRO|1|A|U|92IRO|1|B|G|10s55
2IRO|1|B|A|142IRO|1|A|A|5s55
2IRO|1|B|A|142IRO|1|A|G|4tHS
2IRO|1|B|A|142IRO|1|B|A|14n0BP
2IRO|1|B|A|142IRO|1|B|G|13
2IRO|1|B|A|142IRO|1|B|U|15s35
2IRO|1|B|C|112IRO|1|A|G|7cWW
2IRO|1|B|C|112IRO|1|B|C|110BPh
2IRO|1|B|C|112IRO|1|B|G|10s53
2IRO|1|B|C|112IRO|1|B|G|12s35
2IRO|1|B|C|172IRO|1|A|G|1cWW
2IRO|1|B|C|172IRO|1|B|C|170BPh
2IRO|1|B|C|172IRO|1|B|G|16s53
2IRO|1|B|C|172IRO|1|B|U|18s35
2IRO|1|B|G|102IRO|1|A|C|8cWW
2IRO|1|B|G|102IRO|1|A|U|9s55
2IRO|1|B|G|102IRO|1|B|C|11s35
2IRO|1|B|G|102IRO|1|B|G|10n0BP
2IRO|1|B|G|122IRO|1|A|G|7ns55
2IRO|1|B|G|122IRO|1|A|U|6ntSH
2IRO|1|B|G|122IRO|1|B|C|11s53
2IRO|1|B|G|122IRO|1|B|G|120BPh
2IRO|1|B|G|122IRO|1|B|G|13s35
2IRO|1|B|G|132IRO|1|A|A|5tSH
2IRO|1|B|G|132IRO|1|A|G|4s33
2IRO|1|B|G|132IRO|1|B|G|12s53
2IRO|1|B|G|132IRO|1|B|G|130BPh
2IRO|1|B|G|162IRO|1|A|C|2cWW
2IRO|1|B|G|162IRO|1|A|G|3ns55
2IRO|1|B|G|162IRO|1|B|C|17s35
2IRO|1|B|G|162IRO|1|B|G|160BPh
2IRO|1|B|G|162IRO|1|B|U|15s53
2IRO|1|B|U|152IRO|1|A|G|3ntHS
2IRO|1|B|U|152IRO|1|B|A|14s53
2IRO|1|B|U|152IRO|1|B|G|16s35
2IRO|1|B|U|152IRO|1|B|U|150BPh
2IRO|1|B|U|182IRO|1|A|G|1s55
2IRO|1|B|U|182IRO|1|B|C|17s53
2IRO|1|B|U|182IRO|1|B|U|180BPh


Base-PairsCount (6)Relative Frequency
cWW40.667
tHS20.333
Base-PhosphateCount (14)Relative Frequency
0BPh141.000
Base-StackingCount (10)Relative Frequency
s3310.100
s5360.600
s5530.300

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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