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NDB ID: PR0257  PDB ID: 2IZ8 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2IZ8|1|R|A|12||||P_12IZ8|1|R|A|12||||P_10BPh
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2IZ8|1|S|G|8||||P_P2IZ8|1|S|G|8||||P_P0BPh
2IZ8|1|S|U|10||||P_12IZ8|1|S|C|9||||P_1
2IZ8|1|S|U|10||||P_12IZ8|1|S|U|10||||P_10BPh
2IZ8|1|S|U|10||||P_P2IZ8|1|S|C|9||||P_P
2IZ8|1|S|U|10||||P_P2IZ8|1|S|U|10||||P_P0BPh
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2IZ8|1|S|U|4||||P_12IZ8|1|S|G|5||||P_1s35
2IZ8|1|S|U|4||||P_12IZ8|1|S|U|4||||P_10BPh
2IZ8|1|S|U|4||||P_P2IZ8|1|S|A|16||||P_PcWW
2IZ8|1|S|U|4||||P_P2IZ8|1|S|G|5||||P_Ps35
2IZ8|1|S|U|4||||P_P2IZ8|1|S|U|4||||P_P0BPh


Base-PairsCount (18)Relative Frequency
cWW181.000
Base-PhosphateCount (50)Relative Frequency
8BPh40.080
0BPh460.920
Base-StackingCount (32)Relative Frequency
s53180.562
s55140.438

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)