A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 11-May-2022 number of released structures: 12077
Search for released structures

NDB ID: PR0258  PDB ID: 2IZ9 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2IZ9|1|R|A|16||||P_12IZ9|1|R|A|16||||P_10BPh
2IZ9|1|R|A|16||||P_12IZ9|1|R|C|15||||P_1s53
2IZ9|1|R|A|16||||P_12IZ9|1|R|G|5||||P_1s55
2IZ9|1|R|A|16||||P_12IZ9|1|R|U|17||||P_1s35
2IZ9|1|R|A|16||||P_12IZ9|1|R|U|4||||P_1cWW
2IZ9|1|R|A|16||||P_P2IZ9|1|R|A|16||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|A|16||||P_P2IZ9|1|R|C|15||||P_Ps53
2IZ9|1|R|A|16||||P_P2IZ9|1|R|G|5||||P_Ps55
2IZ9|1|R|A|16||||P_P2IZ9|1|R|U|17||||P_Ps35
2IZ9|1|R|A|16||||P_P2IZ9|1|R|U|4||||P_PcWW
2IZ9|1|R|A|3||||P_12IZ9|1|R|A|3||||P_10BPh
2IZ9|1|R|A|3||||P_12IZ9|1|R|U|17||||P_1cWW
2IZ9|1|R|A|3||||P_12IZ9|1|R|U|4||||P_1s35
2IZ9|1|R|A|3||||P_P2IZ9|1|R|A|3||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|A|3||||P_P2IZ9|1|R|U|17||||P_PcWW
2IZ9|1|R|A|3||||P_P2IZ9|1|R|U|4||||P_Ps35
2IZ9|1|R|A|9||||P_12IZ9|1|R|A|9||||P_10BPh
2IZ9|1|R|A|9||||P_12IZ9|1|R|C|13||||P_1s55
2IZ9|1|R|A|9||||P_12IZ9|1|R|G|8||||P_1s53
2IZ9|1|R|A|9||||P_12IZ9|1|R|U|10||||P_1s35
2IZ9|1|R|A|9||||P_P2IZ9|1|R|A|9||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|A|9||||P_P2IZ9|1|R|C|13||||P_Ps55
2IZ9|1|R|A|9||||P_P2IZ9|1|R|G|8||||P_Ps53
2IZ9|1|R|A|9||||P_P2IZ9|1|R|U|10||||P_Ps35
2IZ9|1|R|C|13||||P_12IZ9|1|R|A|9||||P_1s55
2IZ9|1|R|C|13||||P_12IZ9|1|R|C|14||||P_1s35
2IZ9|1|R|C|13||||P_12IZ9|1|R|G|8||||P_1cWW
2IZ9|1|R|C|13||||P_P2IZ9|1|R|A|9||||P_Ps55
2IZ9|1|R|C|13||||P_P2IZ9|1|R|C|14||||P_Ps35
2IZ9|1|R|C|13||||P_P2IZ9|1|R|G|8||||P_PcWW
2IZ9|1|R|C|14||||P_12IZ9|1|R|C|13||||P_1s53
2IZ9|1|R|C|14||||P_12IZ9|1|R|C|14||||P_10BPh
2IZ9|1|R|C|14||||P_12IZ9|1|R|C|15||||P_1s35
2IZ9|1|R|C|14||||P_12IZ9|1|R|G|7||||P_1cWW
2IZ9|1|R|C|14||||P_12IZ9|1|R|G|8||||P_1s55
2IZ9|1|R|C|14||||P_P2IZ9|1|R|C|13||||P_Ps53
2IZ9|1|R|C|14||||P_P2IZ9|1|R|C|14||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|C|14||||P_P2IZ9|1|R|C|15||||P_Ps35
2IZ9|1|R|C|14||||P_P2IZ9|1|R|G|7||||P_PcWW
2IZ9|1|R|C|14||||P_P2IZ9|1|R|G|8||||P_Ps55
2IZ9|1|R|C|15||||P_12IZ9|1|R|A|16||||P_1s35
2IZ9|1|R|C|15||||P_12IZ9|1|R|C|14||||P_1s53
2IZ9|1|R|C|15||||P_12IZ9|1|R|C|15||||P_10BPh
2IZ9|1|R|C|15||||P_12IZ9|1|R|G|5||||P_1cWW
2IZ9|1|R|C|15||||P_12IZ9|1|R|G|7||||P_1s55
2IZ9|1|R|C|15||||P_P2IZ9|1|R|A|16||||P_Ps35
2IZ9|1|R|C|15||||P_P2IZ9|1|R|C|14||||P_Ps53
2IZ9|1|R|C|15||||P_P2IZ9|1|R|C|15||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|C|15||||P_P2IZ9|1|R|G|5||||P_PcWW
2IZ9|1|R|C|15||||P_P2IZ9|1|R|G|7||||P_Ps55
2IZ9|1|R|G|5||||P_12IZ9|1|R|A|16||||P_1s55
2IZ9|1|R|G|5||||P_12IZ9|1|R|C|15||||P_1cWW
2IZ9|1|R|G|5||||P_12IZ9|1|R|G|5||||P_10BPh
2IZ9|1|R|G|5||||P_12IZ9|1|R|G|7||||P_1s35
2IZ9|1|R|G|5||||P_12IZ9|1|R|U|4||||P_1s53
2IZ9|1|R|G|5||||P_P2IZ9|1|R|A|16||||P_Ps55
2IZ9|1|R|G|5||||P_P2IZ9|1|R|C|15||||P_PcWW
2IZ9|1|R|G|5||||P_P2IZ9|1|R|G|5||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|G|5||||P_P2IZ9|1|R|G|7||||P_Ps35
2IZ9|1|R|G|5||||P_P2IZ9|1|R|U|4||||P_Ps53
2IZ9|1|R|G|7||||P_12IZ9|1|R|C|14||||P_1cWW
2IZ9|1|R|G|7||||P_12IZ9|1|R|C|15||||P_1s55
2IZ9|1|R|G|7||||P_12IZ9|1|R|G|5||||P_1s53
2IZ9|1|R|G|7||||P_12IZ9|1|R|G|8||||P_1s35
2IZ9|1|R|G|7||||P_P2IZ9|1|R|C|14||||P_PcWW
2IZ9|1|R|G|7||||P_P2IZ9|1|R|C|15||||P_Ps55
2IZ9|1|R|G|7||||P_P2IZ9|1|R|G|5||||P_Ps53
2IZ9|1|R|G|7||||P_P2IZ9|1|R|G|8||||P_Ps35
2IZ9|1|R|G|8||||P_12IZ9|1|R|A|9||||P_1s35
2IZ9|1|R|G|8||||P_12IZ9|1|R|C|13||||P_1cWW
2IZ9|1|R|G|8||||P_12IZ9|1|R|C|14||||P_1s55
2IZ9|1|R|G|8||||P_12IZ9|1|R|G|7||||P_1s53
2IZ9|1|R|G|8||||P_12IZ9|1|R|G|8||||P_10BPh
2IZ9|1|R|G|8||||P_P2IZ9|1|R|A|9||||P_Ps35
2IZ9|1|R|G|8||||P_P2IZ9|1|R|C|13||||P_PcWW
2IZ9|1|R|G|8||||P_P2IZ9|1|R|C|14||||P_Ps55
2IZ9|1|R|G|8||||P_P2IZ9|1|R|G|7||||P_Ps53
2IZ9|1|R|G|8||||P_P2IZ9|1|R|G|8||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|U|10||||P_12IZ9|1|R|A|9||||P_1s53
2IZ9|1|R|U|10||||P_12IZ9|1|R|U|10||||P_10BPh
2IZ9|1|R|U|10||||P_P2IZ9|1|R|A|9||||P_Ps53
2IZ9|1|R|U|10||||P_P2IZ9|1|R|U|10||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|U|17||||P_12IZ9|1|R|A|16||||P_1s53
2IZ9|1|R|U|17||||P_12IZ9|1|R|A|3||||P_1cWW
2IZ9|1|R|U|17||||P_12IZ9|1|R|U|17||||P_10BPh
2IZ9|1|R|U|17||||P_P2IZ9|1|R|A|16||||P_Ps53
2IZ9|1|R|U|17||||P_P2IZ9|1|R|A|3||||P_PcWW
2IZ9|1|R|U|17||||P_P2IZ9|1|R|U|17||||P_P0BPh
2IZ9|1|R|U|4||||P_12IZ9|1|R|A|16||||P_1cWW
2IZ9|1|R|U|4||||P_12IZ9|1|R|A|3||||P_1s53
2IZ9|1|R|U|4||||P_12IZ9|1|R|G|5||||P_1s35
2IZ9|1|R|U|4||||P_12IZ9|1|R|U|4||||P_10BPh
2IZ9|1|R|U|4||||P_P2IZ9|1|R|A|16||||P_PcWW
2IZ9|1|R|U|4||||P_P2IZ9|1|R|A|3||||P_Ps53
2IZ9|1|R|U|4||||P_P2IZ9|1|R|G|5||||P_Ps35
2IZ9|1|R|U|4||||P_P2IZ9|1|R|U|4||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|A|16||||P_12IZ9|1|S|A|16||||P_10BPh
2IZ9|1|S|A|16||||P_12IZ9|1|S|C|15||||P_1s53
2IZ9|1|S|A|16||||P_12IZ9|1|S|G|5||||P_1s55
2IZ9|1|S|A|16||||P_12IZ9|1|S|U|17||||P_1s35
2IZ9|1|S|A|16||||P_12IZ9|1|S|U|4||||P_1cWW
2IZ9|1|S|A|16||||P_P2IZ9|1|S|A|16||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|A|16||||P_P2IZ9|1|S|C|15||||P_Ps53
2IZ9|1|S|A|16||||P_P2IZ9|1|S|G|5||||P_Ps55
2IZ9|1|S|A|16||||P_P2IZ9|1|S|U|17||||P_Ps35
2IZ9|1|S|A|16||||P_P2IZ9|1|S|U|4||||P_PcWW
2IZ9|1|S|A|3||||P_12IZ9|1|S|A|3||||P_10BPh
2IZ9|1|S|A|3||||P_12IZ9|1|S|U|17||||P_1ncWW
2IZ9|1|S|A|3||||P_12IZ9|1|S|U|4||||P_1s35
2IZ9|1|S|A|3||||P_P2IZ9|1|S|A|3||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|A|3||||P_P2IZ9|1|S|U|17||||P_PncWW
2IZ9|1|S|A|3||||P_P2IZ9|1|S|U|4||||P_Ps35
2IZ9|1|S|A|9||||P_12IZ9|1|S|A|9||||P_10BPh
2IZ9|1|S|A|9||||P_12IZ9|1|S|C|13||||P_1s55
2IZ9|1|S|A|9||||P_12IZ9|1|S|G|8||||P_1s53
2IZ9|1|S|A|9||||P_12IZ9|1|S|U|10||||P_1s35
2IZ9|1|S|A|9||||P_P2IZ9|1|S|A|9||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|A|9||||P_P2IZ9|1|S|C|13||||P_Ps55
2IZ9|1|S|A|9||||P_P2IZ9|1|S|G|8||||P_Ps53
2IZ9|1|S|A|9||||P_P2IZ9|1|S|U|10||||P_Ps35
2IZ9|1|S|C|13||||P_12IZ9|1|S|A|9||||P_1s55
2IZ9|1|S|C|13||||P_12IZ9|1|S|C|14||||P_1s35
2IZ9|1|S|C|13||||P_12IZ9|1|S|G|8||||P_1cWW
2IZ9|1|S|C|13||||P_P2IZ9|1|S|A|9||||P_Ps55
2IZ9|1|S|C|13||||P_P2IZ9|1|S|C|14||||P_Ps35
2IZ9|1|S|C|13||||P_P2IZ9|1|S|G|8||||P_PcWW
2IZ9|1|S|C|14||||P_12IZ9|1|S|C|13||||P_1s53
2IZ9|1|S|C|14||||P_12IZ9|1|S|C|14||||P_10BPh
2IZ9|1|S|C|14||||P_12IZ9|1|S|C|15||||P_1s35
2IZ9|1|S|C|14||||P_12IZ9|1|S|G|7||||P_1cWW
2IZ9|1|S|C|14||||P_12IZ9|1|S|G|8||||P_1s55
2IZ9|1|S|C|14||||P_P2IZ9|1|S|C|13||||P_Ps53
2IZ9|1|S|C|14||||P_P2IZ9|1|S|C|14||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|C|14||||P_P2IZ9|1|S|C|15||||P_Ps35
2IZ9|1|S|C|14||||P_P2IZ9|1|S|G|7||||P_PcWW
2IZ9|1|S|C|14||||P_P2IZ9|1|S|G|8||||P_Ps55
2IZ9|1|S|C|15||||P_12IZ9|1|S|A|16||||P_1s35
2IZ9|1|S|C|15||||P_12IZ9|1|S|C|14||||P_1s53
2IZ9|1|S|C|15||||P_12IZ9|1|S|C|15||||P_10BPh
2IZ9|1|S|C|15||||P_12IZ9|1|S|G|5||||P_1cWW
2IZ9|1|S|C|15||||P_12IZ9|1|S|G|7||||P_1s55
2IZ9|1|S|C|15||||P_P2IZ9|1|S|A|16||||P_Ps35
2IZ9|1|S|C|15||||P_P2IZ9|1|S|C|14||||P_Ps53
2IZ9|1|S|C|15||||P_P2IZ9|1|S|C|15||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|C|15||||P_P2IZ9|1|S|G|5||||P_PcWW
2IZ9|1|S|C|15||||P_P2IZ9|1|S|G|7||||P_Ps55
2IZ9|1|S|G|5||||P_12IZ9|1|S|A|16||||P_1s55
2IZ9|1|S|G|5||||P_12IZ9|1|S|C|15||||P_1cWW
2IZ9|1|S|G|5||||P_12IZ9|1|S|G|5||||P_10BPh
2IZ9|1|S|G|5||||P_12IZ9|1|S|G|7||||P_1s35
2IZ9|1|S|G|5||||P_12IZ9|1|S|U|4||||P_1s53
2IZ9|1|S|G|5||||P_P2IZ9|1|S|A|16||||P_Ps55
2IZ9|1|S|G|5||||P_P2IZ9|1|S|C|15||||P_PcWW
2IZ9|1|S|G|5||||P_P2IZ9|1|S|G|5||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|G|5||||P_P2IZ9|1|S|G|7||||P_Ps35
2IZ9|1|S|G|5||||P_P2IZ9|1|S|U|4||||P_Ps53
2IZ9|1|S|G|7||||P_12IZ9|1|S|C|14||||P_1cWW
2IZ9|1|S|G|7||||P_12IZ9|1|S|C|15||||P_1s55
2IZ9|1|S|G|7||||P_12IZ9|1|S|G|5||||P_1s53
2IZ9|1|S|G|7||||P_12IZ9|1|S|G|8||||P_1s35
2IZ9|1|S|G|7||||P_P2IZ9|1|S|C|14||||P_PcWW
2IZ9|1|S|G|7||||P_P2IZ9|1|S|C|15||||P_Ps55
2IZ9|1|S|G|7||||P_P2IZ9|1|S|G|5||||P_Ps53
2IZ9|1|S|G|7||||P_P2IZ9|1|S|G|8||||P_Ps35
2IZ9|1|S|G|8||||P_12IZ9|1|S|A|9||||P_1s35
2IZ9|1|S|G|8||||P_12IZ9|1|S|C|13||||P_1cWW
2IZ9|1|S|G|8||||P_12IZ9|1|S|C|14||||P_1s55
2IZ9|1|S|G|8||||P_12IZ9|1|S|G|7||||P_1s53
2IZ9|1|S|G|8||||P_12IZ9|1|S|G|8||||P_10BPh
2IZ9|1|S|G|8||||P_P2IZ9|1|S|A|9||||P_Ps35
2IZ9|1|S|G|8||||P_P2IZ9|1|S|C|13||||P_PcWW
2IZ9|1|S|G|8||||P_P2IZ9|1|S|C|14||||P_Ps55
2IZ9|1|S|G|8||||P_P2IZ9|1|S|G|7||||P_Ps53
2IZ9|1|S|G|8||||P_P2IZ9|1|S|G|8||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|U|10||||P_12IZ9|1|S|A|9||||P_1s53
2IZ9|1|S|U|10||||P_12IZ9|1|S|U|10||||P_10BPh
2IZ9|1|S|U|10||||P_P2IZ9|1|S|A|9||||P_Ps53
2IZ9|1|S|U|10||||P_P2IZ9|1|S|U|10||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|U|17||||P_12IZ9|1|S|A|16||||P_1s53
2IZ9|1|S|U|17||||P_12IZ9|1|S|A|3||||P_1ncWW
2IZ9|1|S|U|17||||P_12IZ9|1|S|U|17||||P_10BPh
2IZ9|1|S|U|17||||P_P2IZ9|1|S|A|16||||P_Ps53
2IZ9|1|S|U|17||||P_P2IZ9|1|S|A|3||||P_PncWW
2IZ9|1|S|U|17||||P_P2IZ9|1|S|U|17||||P_P0BPh
2IZ9|1|S|U|4||||P_12IZ9|1|S|A|16||||P_1cWW
2IZ9|1|S|U|4||||P_12IZ9|1|S|A|3||||P_1s53
2IZ9|1|S|U|4||||P_12IZ9|1|S|G|5||||P_1s35
2IZ9|1|S|U|4||||P_12IZ9|1|S|U|4||||P_10BPh
2IZ9|1|S|U|4||||P_P2IZ9|1|S|A|16||||P_PcWW
2IZ9|1|S|U|4||||P_P2IZ9|1|S|A|3||||P_Ps53
2IZ9|1|S|U|4||||P_P2IZ9|1|S|G|5||||P_Ps35
2IZ9|1|S|U|4||||P_P2IZ9|1|S|U|4||||P_P0BPh


Base-PairsCount (18)Relative Frequency
cWW181.000
Base-PhosphateCount (40)Relative Frequency
0BPh401.000
Base-StackingCount (28)Relative Frequency
s53120.429
s55160.571

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)