A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: 2JPP  PDB ID: 2JPP 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2JPP|1|C|A|122JPP|1|C|G|10
2JPP|1|C|A|122JPP|1|C|G|14s35
2JPP|1|C|A|152JPP|1|C|A|150BPh
2JPP|1|C|A|152JPP|1|C|A|16s35
2JPP|1|C|A|152JPP|1|C|C|7s55
2JPP|1|C|A|152JPP|1|C|G|14s53
2JPP|1|C|A|152JPP|1|C|U|6cWW
2JPP|1|C|A|162JPP|1|C|A|15s53
2JPP|1|C|A|162JPP|1|C|A|160BPh
2JPP|1|C|A|162JPP|1|C|G|17s35
2JPP|1|C|A|162JPP|1|C|U|5cWW
2JPP|1|C|A|162JPP|1|C|U|6s55
2JPP|1|C|A|82JPP|1|C|A|80BPh
2JPP|1|C|A|82JPP|1|C|C|7s53
2JPP|1|C|A|82JPP|1|C|G|10
2JPP|1|C|A|82JPP|1|C|G|14s55
2JPP|1|C|C|182JPP|1|C|C|180BPh
2JPP|1|C|C|182JPP|1|C|C|19s35
2JPP|1|C|C|182JPP|1|C|G|17s53
2JPP|1|C|C|182JPP|1|C|G|3cWW
2JPP|1|C|C|192JPP|1|C|C|18s53
2JPP|1|C|C|192JPP|1|C|C|190BPh
2JPP|1|C|C|192JPP|1|C|C|20s35
2JPP|1|C|C|192JPP|1|C|G|2cWW
2JPP|1|C|C|192JPP|1|C|G|3s55
2JPP|1|C|C|202JPP|1|C|C|19s53
2JPP|1|C|C|202JPP|1|C|C|200BPh
2JPP|1|C|C|202JPP|1|C|G|1cWW
2JPP|1|C|C|202JPP|1|C|G|2s55
2JPP|1|C|C|42JPP|1|C|C|40BPh
2JPP|1|C|C|42JPP|1|C|G|17cWW
2JPP|1|C|C|42JPP|1|C|G|3s53
2JPP|1|C|C|42JPP|1|C|U|5s35
2JPP|1|C|C|72JPP|1|C|A|15s55
2JPP|1|C|C|72JPP|1|C|A|8s35
2JPP|1|C|C|72JPP|1|C|C|70BPh
2JPP|1|C|C|72JPP|1|C|G|14cWW
2JPP|1|C|C|72JPP|1|C|U|6s53
2JPP|1|C|C|92JPP|1|C|C|90BPh
2JPP|1|C|G|12JPP|1|C|C|20cWW
2JPP|1|C|G|12JPP|1|C|G|2s35
2JPP|1|C|G|102JPP|1|C|A|8
2JPP|1|C|G|112JPP|1|C|G|10
2JPP|1|C|G|112JPP|1|C|G|110BPh
2JPP|1|C|G|142JPP|1|C|A|12s53
2JPP|1|C|G|142JPP|1|C|A|15s35
2JPP|1|C|G|142JPP|1|C|A|8s55
2JPP|1|C|G|142JPP|1|C|C|7cWW
2JPP|1|C|G|172JPP|1|C|A|16s53
2JPP|1|C|G|172JPP|1|C|C|18s35
2JPP|1|C|G|172JPP|1|C|C|4cWW
2JPP|1|C|G|172JPP|1|C|G|170BPh
2JPP|1|C|G|172JPP|1|C|U|5s55
2JPP|1|C|G|22JPP|1|C|C|19cWW
2JPP|1|C|G|22JPP|1|C|C|20s55
2JPP|1|C|G|22JPP|1|C|G|1s53
2JPP|1|C|G|22JPP|1|C|G|20BPh
2JPP|1|C|G|22JPP|1|C|G|3s35
2JPP|1|C|G|32JPP|1|C|C|18cWW
2JPP|1|C|G|32JPP|1|C|C|19s55
2JPP|1|C|G|32JPP|1|C|C|4s35
2JPP|1|C|G|32JPP|1|C|G|2s53
2JPP|1|C|G|32JPP|1|C|G|30BPh
2JPP|1|C|U|132JPP|1|C|U|13n0BP
2JPP|1|C|U|52JPP|1|C|A|16cWW
2JPP|1|C|U|52JPP|1|C|C|4s53
2JPP|1|C|U|52JPP|1|C|G|17s55
2JPP|1|C|U|52JPP|1|C|U|50BPh
2JPP|1|C|U|52JPP|1|C|U|6s35
2JPP|1|C|U|62JPP|1|C|A|15cWW
2JPP|1|C|U|62JPP|1|C|A|16s55
2JPP|1|C|U|62JPP|1|C|C|7s35
2JPP|1|C|U|62JPP|1|C|U|5s53
2JPP|1|C|U|62JPP|1|C|U|60BPh
2JPP|1|D|A|122JPP|1|D|G|14s35
2JPP|1|D|A|152JPP|1|D|A|150BPh
2JPP|1|D|A|152JPP|1|D|A|16s35
2JPP|1|D|A|152JPP|1|D|C|7s55
2JPP|1|D|A|152JPP|1|D|G|14s53
2JPP|1|D|A|152JPP|1|D|U|6cWW
2JPP|1|D|A|162JPP|1|D|A|15s53
2JPP|1|D|A|162JPP|1|D|A|160BPh
2JPP|1|D|A|162JPP|1|D|G|17s35
2JPP|1|D|A|162JPP|1|D|U|5cWW
2JPP|1|D|A|162JPP|1|D|U|6s55
2JPP|1|D|A|82JPP|1|D|A|8n0BP
2JPP|1|D|A|82JPP|1|D|C|7s53
2JPP|1|D|A|82JPP|1|D|G|10
2JPP|1|D|A|82JPP|1|D|G|14s55
2JPP|1|D|C|182JPP|1|D|C|180BPh
2JPP|1|D|C|182JPP|1|D|C|19s35
2JPP|1|D|C|182JPP|1|D|G|17s53
2JPP|1|D|C|182JPP|1|D|G|3cWW
2JPP|1|D|C|192JPP|1|D|C|18s53
2JPP|1|D|C|192JPP|1|D|C|190BPh
2JPP|1|D|C|192JPP|1|D|C|20s35
2JPP|1|D|C|192JPP|1|D|G|2cWW
2JPP|1|D|C|192JPP|1|D|G|3s55
2JPP|1|D|C|202JPP|1|D|C|19s53
2JPP|1|D|C|202JPP|1|D|C|200BPh
2JPP|1|D|C|202JPP|1|D|G|1cWW
2JPP|1|D|C|202JPP|1|D|G|2s55
2JPP|1|D|C|42JPP|1|D|C|40BPh
2JPP|1|D|C|42JPP|1|D|G|17cWW
2JPP|1|D|C|42JPP|1|D|G|3s53
2JPP|1|D|C|42JPP|1|D|U|5s35
2JPP|1|D|C|72JPP|1|D|A|15s55
2JPP|1|D|C|72JPP|1|D|A|8s35
2JPP|1|D|C|72JPP|1|D|C|70BPh
2JPP|1|D|C|72JPP|1|D|G|14cWW
2JPP|1|D|C|72JPP|1|D|U|6s53
2JPP|1|D|C|92JPP|1|D|C|90BPh
2JPP|1|D|G|12JPP|1|D|C|20cWW
2JPP|1|D|G|12JPP|1|D|G|2s35
2JPP|1|D|G|102JPP|1|D|A|8
2JPP|1|D|G|102JPP|1|D|G|11
2JPP|1|D|G|112JPP|1|D|G|10
2JPP|1|D|G|142JPP|1|D|A|12s53
2JPP|1|D|G|142JPP|1|D|A|15s35
2JPP|1|D|G|142JPP|1|D|A|8s55
2JPP|1|D|G|142JPP|1|D|C|7cWW
2JPP|1|D|G|172JPP|1|D|A|16s53
2JPP|1|D|G|172JPP|1|D|C|18s35
2JPP|1|D|G|172JPP|1|D|C|4cWW
2JPP|1|D|G|172JPP|1|D|G|170BPh
2JPP|1|D|G|172JPP|1|D|U|5s55
2JPP|1|D|G|22JPP|1|D|C|19cWW
2JPP|1|D|G|22JPP|1|D|C|20s55
2JPP|1|D|G|22JPP|1|D|G|1s53
2JPP|1|D|G|22JPP|1|D|G|20BPh
2JPP|1|D|G|22JPP|1|D|G|3s35
2JPP|1|D|G|32JPP|1|D|C|18cWW
2JPP|1|D|G|32JPP|1|D|C|19s55
2JPP|1|D|G|32JPP|1|D|C|4s35
2JPP|1|D|G|32JPP|1|D|G|2s53
2JPP|1|D|G|32JPP|1|D|G|30BPh
2JPP|1|D|U|132JPP|1|D|U|13n0BP
2JPP|1|D|U|52JPP|1|D|A|16cWW
2JPP|1|D|U|52JPP|1|D|C|4s53
2JPP|1|D|U|52JPP|1|D|G|17s55
2JPP|1|D|U|52JPP|1|D|U|50BPh
2JPP|1|D|U|52JPP|1|D|U|6s35
2JPP|1|D|U|62JPP|1|D|A|15cWW
2JPP|1|D|U|62JPP|1|D|A|16s55
2JPP|1|D|U|62JPP|1|D|C|7s35
2JPP|1|D|U|62JPP|1|D|U|5s53
2JPP|1|D|U|62JPP|1|D|U|60BPh


Base-PairsCount (14)Relative Frequency
cWW141.000
Base-PhosphateCount (28)Relative Frequency
0BPh281.000
Base-StackingCount (22)Relative Frequency
s53100.455
s55120.545

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)