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As of 1-Apr-2020 number of released structures: 10687
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NDB ID: 2K4C  PDB ID: 2K4C 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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2K4C|1|A|G|632K4C|1|A|G|630BPh
2K4C|1|A|G|632K4C|1|A|U|64s35
2K4C|1|A|U|122K4C|1|A|A|23cWW
2K4C|1|A|U|122K4C|1|A|C|11s53
2K4C|1|A|U|122K4C|1|A|C|13s35
2K4C|1|A|U|122K4C|1|A|G|24s55
2K4C|1|A|U|122K4C|1|A|U|120BPh
2K4C|1|A|U|292K4C|1|A|A|41cWW
2K4C|1|A|U|292K4C|1|A|C|28s53
2K4C|1|A|U|292K4C|1|A|C|30s35
2K4C|1|A|U|292K4C|1|A|G|42s55
2K4C|1|A|U|292K4C|1|A|U|290BPh
2K4C|1|A|U|332K4C|1|A|C|32s53
2K4C|1|A|U|332K4C|1|A|C|36ntSH5BPh
2K4C|1|A|U|332K4C|1|A|U|330BPh
2K4C|1|A|U|342K4C|1|A|A|35s35
2K4C|1|A|U|342K4C|1|A|U|340BPh
2K4C|1|A|U|42K4C|1|A|A|69cWW
2K4C|1|A|U|42K4C|1|A|G|3s53
2K4C|1|A|U|42K4C|1|A|G|5s35
2K4C|1|A|U|42K4C|1|A|U|40BPh
2K4C|1|A|U|542K4C|1|A|A|58tWH
2K4C|1|A|U|542K4C|1|A|G|53s53
2K4C|1|A|U|542K4C|1|A|U|540BPh
2K4C|1|A|U|542K4C|1|A|U|55s35
2K4C|1|A|U|552K4C|1|A|A|585BPh
2K4C|1|A|U|552K4C|1|A|G|18tSW
2K4C|1|A|U|552K4C|1|A|U|54s53
2K4C|1|A|U|552K4C|1|A|U|550BPh
2K4C|1|A|U|592K4C|1|A|C|48s53
2K4C|1|A|U|592K4C|1|A|C|60ncSH
2K4C|1|A|U|642K4C|1|A|C|65s35
2K4C|1|A|U|642K4C|1|A|G|50cWW
2K4C|1|A|U|642K4C|1|A|G|63s53
2K4C|1|A|U|642K4C|1|A|U|640BPh
2K4C|1|A|U|672K4C|1|A|A|6cWW
2K4C|1|A|U|672K4C|1|A|A|66s53
2K4C|1|A|U|672K4C|1|A|C|68s35
2K4C|1|A|U|672K4C|1|A|U|670BPh
2K4C|1|A|U|72K4C|1|A|A|6s53
2K4C|1|A|U|72K4C|1|A|A|66cWW
2K4C|1|A|U|72K4C|1|A|G|49s35
2K4C|1|A|U|72K4C|1|A|U|70BPh
2K4C|1|A|U|82K4C|1|A|A|14tWH
2K4C|1|A|U|82K4C|1|A|A|21tSS
2K4C|1|A|U|82K4C|1|A|C|13ns33
2K4C|1|A|U|82K4C|1|A|G|15ns55
2K4C|1|A|U|82K4C|1|A|U|80BPh


Base-PairsCount (28)Relative Frequency
cWW210.750
tWW10.036
tWH30.107
tWS10.036
tHH10.036
tSS10.036
Base-PhosphateCount (66)Relative Frequency
1BPh10.015
5BPh20.030
6BPh10.015
7BPh10.015
9BPh10.015
0BPh600.909
Base-StackingCount (39)Relative Frequency
s3330.077
s53190.487
s55170.436

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)