NDB ID: 2K96 PDB ID: 2K96 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
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2K96|1|A|U|114 | 2K96|1|A|A|175 | cWW | | |
2K96|1|A|U|114 | 2K96|1|A|A|176 | | s55 | |
2K96|1|A|U|114 | 2K96|1|A|U|113 | | s53 | |
2K96|1|A|U|114 | 2K96|1|A|U|114 | | | n0BP |
2K96|1|A|U|114 | 2K96|1|A|U|115 | | s35 | |
2K96|1|A|U|115 | 2K96|1|A|A|174 | cWW | | |
2K96|1|A|U|115 | 2K96|1|A|A|175 | | ns55 | |
2K96|1|A|U|115 | 2K96|1|A|C|116 | | s35 | |
2K96|1|A|U|115 | 2K96|1|A|U|114 | | s53 | |
2K96|1|A|U|115 | 2K96|1|A|U|115 | | | 0BPh |
2K96|1|A|U|179 | 2K96|1|A|A|111 | ncWW | | |
2K96|1|A|U|179 | 2K96|1|A|C|180 | | s35 | |
2K96|1|A|U|179 | 2K96|1|A|G|178 | | s53 | |
2K96|1|A|U|179 | 2K96|1|A|U|103 | | ns53 | |
2K96|1|A|U|179 | 2K96|1|A|U|179 | | | n0BP |
2K96|1|A|U|97 | 2K96|1|A|A|117 | cWW | | |
2K96|1|A|U|97 | 2K96|1|A|A|171 | cSH | | |
2K96|1|A|U|97 | 2K96|1|A|C|170 | cSH | | |
2K96|1|A|U|97 | 2K96|1|A|C|96 | | s53 | |
2K96|1|A|U|97 | 2K96|1|A|G|118 | | s55 | |
2K96|1|A|U|97 | 2K96|1|A|G|98 | | s35 | |
2K96|1|A|U|97 | 2K96|1|A|U|97 | | | 0BPh |
2K96|1|A|U|99 | 2K96|1|A|A|172 | | s53 | |
2K96|1|A|U|99 | 2K96|1|A|A|173 | cWH | | |
2K96|1|A|U|99 | 2K96|1|A|A|174 | ncWH | | |
2K96|1|A|U|99 | 2K96|1|A|U|100 | | s35 | |
2K96|1|A|U|99 | 2K96|1|A|U|99 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (22) | Relative Frequency |
---|
cWW | 14 | 0.636 |
cWH | 4 | 0.182 |
cWS | 1 | 0.045 |
cHS | 2 | 0.091 |
tHS | 1 | 0.045 |
Base-Phosphate | Count (32) | Relative Frequency |
---|
7BPh | 2 | 0.062 |
9BPh | 1 | 0.031 |
0BPh | 29 | 0.906 |
Base-Stacking | Count (20) | Relative Frequency |
---|
s53 | 12 | 0.600 |
s55 | 8 | 0.400 |