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NDB ID: 2KDQ  PDB ID: 2KDQ 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2KDQ|1|B|A|202KDQ|1|B|A|200BPh
2KDQ|1|B|A|202KDQ|1|B|C|19s53
2KDQ|1|B|A|202KDQ|1|B|G|21ns35
2KDQ|1|B|A|202KDQ|1|B|U|42cWW
2KDQ|1|B|A|222KDQ|1|B|A|220BPh
2KDQ|1|B|A|222KDQ|1|B|G|21s53
2KDQ|1|B|A|222KDQ|1|B|G|26s35
2KDQ|1|B|A|222KDQ|1|B|U|40cWW
2KDQ|1|B|A|272KDQ|1|B|A|270BPh
2KDQ|1|B|A|272KDQ|1|B|C|39s55
2KDQ|1|B|A|272KDQ|1|B|G|26s53
2KDQ|1|B|A|272KDQ|1|B|G|28s35
2KDQ|1|B|A|272KDQ|1|B|U|23cHW
2KDQ|1|B|A|272KDQ|1|B|U|38cWW
2KDQ|1|B|C|192KDQ|1|B|A|20s35
2KDQ|1|B|C|192KDQ|1|B|C|190BPh
2KDQ|1|B|C|192KDQ|1|B|G|18s53
2KDQ|1|B|C|192KDQ|1|B|G|43cWW
2KDQ|1|B|C|242KDQ|1|B|C|240BPh
2KDQ|1|B|C|242KDQ|1|B|U|23
2KDQ|1|B|C|292KDQ|1|B|C|290BPh
2KDQ|1|B|C|292KDQ|1|B|G|28s53
2KDQ|1|B|C|292KDQ|1|B|G|32ns55
2KDQ|1|B|C|292KDQ|1|B|G|36cWW
2KDQ|1|B|C|302KDQ|1|B|C|300BPh
2KDQ|1|B|C|302KDQ|1|B|G|32s55
2KDQ|1|B|C|372KDQ|1|B|C|37n0BP
2KDQ|1|B|C|372KDQ|1|B|G|28cWW
2KDQ|1|B|C|372KDQ|1|B|G|36s53
2KDQ|1|B|C|372KDQ|1|B|U|38s35
2KDQ|1|B|C|392KDQ|1|B|A|27s55
2KDQ|1|B|C|392KDQ|1|B|C|390BPh
2KDQ|1|B|C|392KDQ|1|B|G|26cWW
2KDQ|1|B|C|392KDQ|1|B|U|38s53
2KDQ|1|B|C|392KDQ|1|B|U|40s35
2KDQ|1|B|C|412KDQ|1|B|C|410BPh
2KDQ|1|B|C|412KDQ|1|B|G|21cWW
2KDQ|1|B|C|412KDQ|1|B|U|40s53
2KDQ|1|B|C|412KDQ|1|B|U|42s35
2KDQ|1|B|C|442KDQ|1|B|C|440BPh
2KDQ|1|B|C|442KDQ|1|B|C|45s35
2KDQ|1|B|C|442KDQ|1|B|G|18cWW
2KDQ|1|B|C|442KDQ|1|B|G|43ns53
2KDQ|1|B|C|452KDQ|1|B|C|44s53
2KDQ|1|B|C|452KDQ|1|B|C|450BPh
2KDQ|1|B|C|452KDQ|1|B|G|17cWW
2KDQ|1|B|G|172KDQ|1|B|C|45cWW
2KDQ|1|B|G|172KDQ|1|B|G|170BPh
2KDQ|1|B|G|172KDQ|1|B|G|18s35
2KDQ|1|B|G|182KDQ|1|B|C|19s35
2KDQ|1|B|G|182KDQ|1|B|C|44cWW
2KDQ|1|B|G|182KDQ|1|B|G|17s53
2KDQ|1|B|G|182KDQ|1|B|G|180BPh
2KDQ|1|B|G|182KDQ|1|B|G|43s33
2KDQ|1|B|G|212KDQ|1|B|A|20ns53
2KDQ|1|B|G|212KDQ|1|B|A|22s35
2KDQ|1|B|G|212KDQ|1|B|C|41cWW
2KDQ|1|B|G|212KDQ|1|B|G|210BPh
2KDQ|1|B|G|262KDQ|1|B|A|22s53
2KDQ|1|B|G|262KDQ|1|B|A|27s35
2KDQ|1|B|G|262KDQ|1|B|C|39cWW
2KDQ|1|B|G|262KDQ|1|B|G|260BPh
2KDQ|1|B|G|262KDQ|1|B|U|23s35
2KDQ|1|B|G|262KDQ|1|B|U|40s55
2KDQ|1|B|G|282KDQ|1|B|A|27s53
2KDQ|1|B|G|282KDQ|1|B|C|29s35
2KDQ|1|B|G|282KDQ|1|B|C|37cWW
2KDQ|1|B|G|282KDQ|1|B|G|280BPh
2KDQ|1|B|G|282KDQ|1|B|U|38s55
2KDQ|1|B|G|322KDQ|1|B|C|29ns55
2KDQ|1|B|G|322KDQ|1|B|C|30s55
2KDQ|1|B|G|322KDQ|1|B|G|321BPh
2KDQ|1|B|G|322KDQ|1|B|G|33
2KDQ|1|B|G|322KDQ|1|B|G|34s35
2KDQ|1|B|G|322KDQ|1|B|G|36s35
2KDQ|1|B|G|332KDQ|1|B|G|32
2KDQ|1|B|G|332KDQ|1|B|G|330BPh
2KDQ|1|B|G|342KDQ|1|B|G|32s53
2KDQ|1|B|G|342KDQ|1|B|G|34n0BP
2KDQ|1|B|G|342KDQ|1|B|G|36ns53
2KDQ|1|B|G|362KDQ|1|B|A|35n0BP
2KDQ|1|B|G|362KDQ|1|B|C|29cWW
2KDQ|1|B|G|362KDQ|1|B|C|37s35
2KDQ|1|B|G|362KDQ|1|B|G|32s53
2KDQ|1|B|G|362KDQ|1|B|G|34ns35
2KDQ|1|B|G|432KDQ|1|B|C|19cWW
2KDQ|1|B|G|432KDQ|1|B|C|44ns35
2KDQ|1|B|G|432KDQ|1|B|G|18s33
2KDQ|1|B|G|432KDQ|1|B|G|430BPh
2KDQ|1|B|G|432KDQ|1|B|U|42s53
2KDQ|1|B|U|232KDQ|1|B|A|22
2KDQ|1|B|U|232KDQ|1|B|A|27cWH
2KDQ|1|B|U|232KDQ|1|B|G|26s53
2KDQ|1|B|U|252KDQ|1|B|C|240BPh
2KDQ|1|B|U|312KDQ|1|B|U|310BPh
2KDQ|1|B|U|382KDQ|1|B|A|27cWW
2KDQ|1|B|U|382KDQ|1|B|C|37s53
2KDQ|1|B|U|382KDQ|1|B|C|39s35
2KDQ|1|B|U|382KDQ|1|B|G|28s55
2KDQ|1|B|U|382KDQ|1|B|U|380BPh
2KDQ|1|B|U|402KDQ|1|B|A|22cWW
2KDQ|1|B|U|402KDQ|1|B|C|39s53
2KDQ|1|B|U|402KDQ|1|B|C|41s35
2KDQ|1|B|U|402KDQ|1|B|G|26s55
2KDQ|1|B|U|402KDQ|1|B|U|400BPh
2KDQ|1|B|U|422KDQ|1|B|A|20cWW
2KDQ|1|B|U|422KDQ|1|B|C|41s53
2KDQ|1|B|U|422KDQ|1|B|G|43s35
2KDQ|1|B|U|422KDQ|1|B|U|420BPh


Base-PairsCount (11)Relative Frequency
cWW100.909
cWH10.091
Base-PhosphateCount (24)Relative Frequency
1BPh10.042
0BPh230.958
Base-StackingCount (14)Relative Frequency
s3310.071
s5390.643
s5540.286

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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