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NDB ID: 2KF0  PDB ID: 2KF0 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2KF0|1|A|A|122KF0|1|A|A|14s35
2KF0|1|A|A|122KF0|1|A|C|11
2KF0|1|A|A|122KF0|1|A|U|13
2KF0|1|A|A|142KF0|1|A|A|12s53
2KF0|1|A|A|142KF0|1|A|A|140BPh
2KF0|1|A|A|142KF0|1|A|G|10ntHS
2KF0|1|A|A|152KF0|1|A|A|150BPh
2KF0|1|A|A|152KF0|1|A|G|10s55
2KF0|1|A|A|152KF0|1|A|G|16s35
2KF0|1|A|A|152KF0|1|A|U|9cWW
2KF0|1|A|A|182KF0|1|A|A|180BPh
2KF0|1|A|A|182KF0|1|A|C|6cWW
2KF0|1|A|A|182KF0|1|A|G|17s53
2KF0|1|A|A|182KF0|1|A|U|19s35
2KF0|1|A|A|212KF0|1|A|A|210BPh
2KF0|1|A|A|212KF0|1|A|A|22s35
2KF0|1|A|A|212KF0|1|A|G|20s53
2KF0|1|A|A|212KF0|1|A|U|4cWW
2KF0|1|A|A|222KF0|1|A|A|21s53
2KF0|1|A|A|222KF0|1|A|A|220BPh
2KF0|1|A|A|222KF0|1|A|C|23s35
2KF0|1|A|A|222KF0|1|A|U|3cWW
2KF0|1|A|A|222KF0|1|A|U|4ns55
2KF0|1|A|C|112KF0|1|A|C|110BPh
2KF0|1|A|C|232KF0|1|A|A|22s53
2KF0|1|A|C|232KF0|1|A|C|230BPh
2KF0|1|A|C|232KF0|1|A|C|24s35
2KF0|1|A|C|232KF0|1|A|G|2cWW
2KF0|1|A|C|242KF0|1|A|C|23s53
2KF0|1|A|C|242KF0|1|A|C|240BPh
2KF0|1|A|C|242KF0|1|A|G|1cWW
2KF0|1|A|C|242KF0|1|A|G|2s55
2KF0|1|A|C|52KF0|1|A|C|50BPh
2KF0|1|A|C|52KF0|1|A|C|6s35
2KF0|1|A|C|52KF0|1|A|G|20cWW
2KF0|1|A|C|52KF0|1|A|U|4s53
2KF0|1|A|C|62KF0|1|A|A|18cWW
2KF0|1|A|C|62KF0|1|A|C|5s53
2KF0|1|A|C|62KF0|1|A|C|60BPh
2KF0|1|A|C|62KF0|1|A|C|7s35
2KF0|1|A|C|62KF0|1|A|G|20ns55
2KF0|1|A|C|62KF0|1|A|U|19ncWW
2KF0|1|A|C|72KF0|1|A|C|6s53
2KF0|1|A|C|72KF0|1|A|C|70BPh
2KF0|1|A|C|72KF0|1|A|G|17cWW
2KF0|1|A|C|82KF0|1|A|C|80BPh
2KF0|1|A|C|82KF0|1|A|G|16cWW
2KF0|1|A|C|82KF0|1|A|G|17s55
2KF0|1|A|C|82KF0|1|A|U|9s35
2KF0|1|A|G|12KF0|1|A|C|24cWW
2KF0|1|A|G|12KF0|1|A|G|2s35
2KF0|1|A|G|102KF0|1|A|A|14ntSH
2KF0|1|A|G|102KF0|1|A|A|15s55
2KF0|1|A|G|102KF0|1|A|G|100BPh
2KF0|1|A|G|102KF0|1|A|U|9s53
2KF0|1|A|G|162KF0|1|A|A|15s53
2KF0|1|A|G|162KF0|1|A|C|8cWW
2KF0|1|A|G|162KF0|1|A|G|160BPh
2KF0|1|A|G|162KF0|1|A|G|17s35n0BP
2KF0|1|A|G|162KF0|1|A|U|9s55
2KF0|1|A|G|172KF0|1|A|A|18s35
2KF0|1|A|G|172KF0|1|A|C|7cWW
2KF0|1|A|G|172KF0|1|A|C|8s55
2KF0|1|A|G|172KF0|1|A|G|16s53
2KF0|1|A|G|172KF0|1|A|G|170BPh
2KF0|1|A|G|22KF0|1|A|C|23cWW
2KF0|1|A|G|22KF0|1|A|C|24s55
2KF0|1|A|G|22KF0|1|A|G|1s53
2KF0|1|A|G|22KF0|1|A|G|20BPh
2KF0|1|A|G|22KF0|1|A|U|3s35
2KF0|1|A|G|202KF0|1|A|A|21s35
2KF0|1|A|G|202KF0|1|A|C|5cWW
2KF0|1|A|G|202KF0|1|A|C|6ns55
2KF0|1|A|G|202KF0|1|A|G|200BPh
2KF0|1|A|G|202KF0|1|A|U|19s53
2KF0|1|A|U|132KF0|1|A|A|12
2KF0|1|A|U|192KF0|1|A|A|18s53
2KF0|1|A|U|192KF0|1|A|C|6ncWW
2KF0|1|A|U|192KF0|1|A|G|20s35
2KF0|1|A|U|192KF0|1|A|U|190BPh
2KF0|1|A|U|32KF0|1|A|A|22cWW
2KF0|1|A|U|32KF0|1|A|G|2s53
2KF0|1|A|U|32KF0|1|A|U|30BPh
2KF0|1|A|U|32KF0|1|A|U|4s35
2KF0|1|A|U|42KF0|1|A|A|21cWW
2KF0|1|A|U|42KF0|1|A|A|22ns55
2KF0|1|A|U|42KF0|1|A|C|5s35
2KF0|1|A|U|42KF0|1|A|U|3s53
2KF0|1|A|U|42KF0|1|A|U|40BPh
2KF0|1|A|U|92KF0|1|A|A|15cWW
2KF0|1|A|U|92KF0|1|A|C|8s53
2KF0|1|A|U|92KF0|1|A|G|10s35
2KF0|1|A|U|92KF0|1|A|G|16s55
2KF0|1|A|U|92KF0|1|A|U|90BPh


Base-PairsCount (9)Relative Frequency
cWW91.000
Base-PhosphateCount (21)Relative Frequency
0BPh211.000
Base-StackingCount (9)Relative Frequency
s5350.556
s5540.444

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)