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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: 2KHY  PDB ID: 2KHY 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2KHY|1|A|A|102KHY|1|A|A|10n0BP
2KHY|1|A|A|102KHY|1|A|A|27ns53
2KHY|1|A|A|102KHY|1|A|A|28ntHH
2KHY|1|A|A|102KHY|1|A|A|9s33
2KHY|1|A|A|102KHY|1|A|G|11ncSS
2KHY|1|A|A|102KHY|1|A|U|12s55
2KHY|1|A|A|132KHY|1|A|A|130BPh
2KHY|1|A|A|132KHY|1|A|A|27s55
2KHY|1|A|A|132KHY|1|A|G|14s35
2KHY|1|A|A|132KHY|1|A|G|26tHS
2KHY|1|A|A|132KHY|1|A|U|12s53
2KHY|1|A|A|162KHY|1|A|A|160BPh
2KHY|1|A|A|162KHY|1|A|C|17s35
2KHY|1|A|A|162KHY|1|A|G|15s53
2KHY|1|A|A|162KHY|1|A|U|23ncWW
2KHY|1|A|A|272KHY|1|A|A|10ns35
2KHY|1|A|A|272KHY|1|A|A|13s55
2KHY|1|A|A|272KHY|1|A|U|12tHW
2KHY|1|A|A|282KHY|1|A|A|10ntHH
2KHY|1|A|A|282KHY|1|A|A|280BPh
2KHY|1|A|A|282KHY|1|A|A|9ns33
2KHY|1|A|A|282KHY|1|A|U|29s35
2KHY|1|A|A|302KHY|1|A|A|300BPh
2KHY|1|A|A|302KHY|1|A|C|31s35
2KHY|1|A|A|302KHY|1|A|U|29s53
2KHY|1|A|A|322KHY|1|A|C|31
2KHY|1|A|A|322KHY|1|A|C|8ns55
2KHY|1|A|A|322KHY|1|A|G|33s35
2KHY|1|A|A|342KHY|1|A|A|340BPh
2KHY|1|A|A|342KHY|1|A|G|33s53
2KHY|1|A|A|342KHY|1|A|U|35s35
2KHY|1|A|A|342KHY|1|A|U|5ncWW
2KHY|1|A|A|42KHY|1|A|A|40BPh
2KHY|1|A|A|42KHY|1|A|G|3s53
2KHY|1|A|A|42KHY|1|A|U|35cWW
2KHY|1|A|A|42KHY|1|A|U|5s35
2KHY|1|A|A|72KHY|1|A|A|70BPh
2KHY|1|A|A|72KHY|1|A|C|6s53
2KHY|1|A|A|72KHY|1|A|C|8ns35
2KHY|1|A|A|92KHY|1|A|A|10s33
2KHY|1|A|A|92KHY|1|A|A|28ns33
2KHY|1|A|A|92KHY|1|A|A|90BPh
2KHY|1|A|A|92KHY|1|A|C|8ns53
2KHY|1|A|C|172KHY|1|A|A|16s53
2KHY|1|A|C|172KHY|1|A|C|17n0BP
2KHY|1|A|C|172KHY|1|A|G|22cWW
2KHY|1|A|C|172KHY|1|A|U|18s35
2KHY|1|A|C|172KHY|1|A|U|23ncWW
2KHY|1|A|C|202KHY|1|A|C|200BPh
2KHY|1|A|C|202KHY|1|A|G|21ns53
2KHY|1|A|C|202KHY|1|A|U|18s53n7BP
2KHY|1|A|C|202KHY|1|A|U|198BPh
2KHY|1|A|C|242KHY|1|A|C|240BPh
2KHY|1|A|C|242KHY|1|A|C|25s35
2KHY|1|A|C|242KHY|1|A|G|15cWW
2KHY|1|A|C|242KHY|1|A|U|23s53
2KHY|1|A|C|252KHY|1|A|C|24s53
2KHY|1|A|C|252KHY|1|A|C|25n0BP
2KHY|1|A|C|252KHY|1|A|G|14cWW
2KHY|1|A|C|252KHY|1|A|G|15ns55
2KHY|1|A|C|252KHY|1|A|G|26ns35
2KHY|1|A|C|312KHY|1|A|A|30s53
2KHY|1|A|C|312KHY|1|A|C|310BPh
2KHY|1|A|C|362KHY|1|A|C|360BPh
2KHY|1|A|C|362KHY|1|A|G|3cWW
2KHY|1|A|C|362KHY|1|A|U|35s53
2KHY|1|A|C|362KHY|1|A|U|37s35
2KHY|1|A|C|382KHY|1|A|C|380BPh
2KHY|1|A|C|382KHY|1|A|G|1ncWW
2KHY|1|A|C|382KHY|1|A|U|37s53
2KHY|1|A|C|62KHY|1|A|A|7s35
2KHY|1|A|C|62KHY|1|A|C|60BPh
2KHY|1|A|C|62KHY|1|A|G|33cWW
2KHY|1|A|C|62KHY|1|A|U|5s53
2KHY|1|A|C|82KHY|1|A|A|32ns55
2KHY|1|A|C|82KHY|1|A|A|7ns53
2KHY|1|A|C|82KHY|1|A|A|9ns35
2KHY|1|A|C|82KHY|1|A|C|80BPh
2KHY|1|A|G|12KHY|1|A|C|38ncWW
2KHY|1|A|G|12KHY|1|A|G|10BPh
2KHY|1|A|G|112KHY|1|A|A|10ncSS
2KHY|1|A|G|112KHY|1|A|G|26ns33
2KHY|1|A|G|142KHY|1|A|A|13s53
2KHY|1|A|G|142KHY|1|A|C|25cWW
2KHY|1|A|G|142KHY|1|A|G|140BPh
2KHY|1|A|G|142KHY|1|A|G|15s35
2KHY|1|A|G|142KHY|1|A|G|26s55
2KHY|1|A|G|152KHY|1|A|A|16s35
2KHY|1|A|G|152KHY|1|A|C|24cWW
2KHY|1|A|G|152KHY|1|A|C|25ns55
2KHY|1|A|G|152KHY|1|A|G|14s53
2KHY|1|A|G|152KHY|1|A|G|150BPh
2KHY|1|A|G|22KHY|1|A|G|1
2KHY|1|A|G|22KHY|1|A|G|20BPh
2KHY|1|A|G|22KHY|1|A|G|3s35
2KHY|1|A|G|22KHY|1|A|U|37cWW
2KHY|1|A|G|212KHY|1|A|C|20ns35
2KHY|1|A|G|212KHY|1|A|G|22ns55
2KHY|1|A|G|212KHY|1|A|U|18
2KHY|1|A|G|212KHY|1|A|U|19
2KHY|1|A|G|222KHY|1|A|C|17cWW
2KHY|1|A|G|222KHY|1|A|G|21ns55
2KHY|1|A|G|222KHY|1|A|G|220BPh
2KHY|1|A|G|222KHY|1|A|U|18ns55
2KHY|1|A|G|222KHY|1|A|U|23s35
2KHY|1|A|G|262KHY|1|A|A|13tSHn3BP
2KHY|1|A|G|262KHY|1|A|C|25ns53
2KHY|1|A|G|262KHY|1|A|G|11ns33
2KHY|1|A|G|262KHY|1|A|G|14s55
2KHY|1|A|G|262KHY|1|A|G|26n0BP
2KHY|1|A|G|262KHY|1|A|U|12s33
2KHY|1|A|G|32KHY|1|A|A|4s35
2KHY|1|A|G|32KHY|1|A|C|36cWW
2KHY|1|A|G|32KHY|1|A|G|2s53
2KHY|1|A|G|32KHY|1|A|G|30BPh
2KHY|1|A|G|32KHY|1|A|U|37ns55
2KHY|1|A|G|332KHY|1|A|A|32s53
2KHY|1|A|G|332KHY|1|A|A|34s35
2KHY|1|A|G|332KHY|1|A|C|6cWW
2KHY|1|A|G|332KHY|1|A|G|330BPh
2KHY|1|A|U|122KHY|1|A|A|10s55
2KHY|1|A|U|122KHY|1|A|A|13s35
2KHY|1|A|U|122KHY|1|A|A|27tWH
2KHY|1|A|U|122KHY|1|A|G|11
2KHY|1|A|U|122KHY|1|A|G|26s33
2KHY|1|A|U|122KHY|1|A|U|12
2KHY|1|A|U|182KHY|1|A|C|17s53
2KHY|1|A|U|182KHY|1|A|C|20s35
2KHY|1|A|U|182KHY|1|A|G|22ns55
2KHY|1|A|U|182KHY|1|A|U|180BPh
2KHY|1|A|U|192KHY|1|A|G|21
2KHY|1|A|U|232KHY|1|A|A|16ncWW
2KHY|1|A|U|232KHY|1|A|C|17ncWW
2KHY|1|A|U|232KHY|1|A|C|24s35
2KHY|1|A|U|232KHY|1|A|G|22s53
2KHY|1|A|U|232KHY|1|A|U|23n0BP
2KHY|1|A|U|292KHY|1|A|A|28s53
2KHY|1|A|U|292KHY|1|A|A|30s35
2KHY|1|A|U|292KHY|1|A|U|29n0BP
2KHY|1|A|U|352KHY|1|A|A|34s53
2KHY|1|A|U|352KHY|1|A|A|4cWW
2KHY|1|A|U|352KHY|1|A|C|36s35
2KHY|1|A|U|352KHY|1|A|U|350BPh
2KHY|1|A|U|372KHY|1|A|C|36s53
2KHY|1|A|U|372KHY|1|A|C|38s35
2KHY|1|A|U|372KHY|1|A|G|2cWW
2KHY|1|A|U|372KHY|1|A|G|3ns55
2KHY|1|A|U|372KHY|1|A|U|370BPh
2KHY|1|A|U|52KHY|1|A|A|34ncWW
2KHY|1|A|U|52KHY|1|A|A|4s53
2KHY|1|A|U|52KHY|1|A|C|6s35
2KHY|1|A|U|52KHY|1|A|U|50BPh


Base-PairsCount (9)Relative Frequency
cWW70.778
tWH10.111
tHS10.111
Base-PhosphateCount (27)Relative Frequency
8BPh10.037
0BPh260.963
Base-StackingCount (16)Relative Frequency
s3320.125
s53110.688
s5530.188

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)