A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: 2KPV  PDB ID: 2KPV 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2KPV|1|A|A|102KPV|1|A|G|11s35
2KPV|1|A|A|102KPV|1|A|U|24ncWW
2KPV|1|A|A|102KPV|1|A|U|9s53
2KPV|1|A|A|162KPV|1|A|A|160BPh
2KPV|1|A|A|162KPV|1|A|A|17s35
2KPV|1|A|A|162KPV|1|A|G|15
2KPV|1|A|A|172KPV|1|A|A|16s53
2KPV|1|A|A|172KPV|1|A|A|170BPh
2KPV|1|A|A|172KPV|1|A|A|18s35
2KPV|1|A|A|172KPV|1|A|G|15ns33
2KPV|1|A|A|182KPV|1|A|A|17s53
2KPV|1|A|A|182KPV|1|A|G|15ntHS
2KPV|1|A|A|182KPV|1|A|G|19s35
2KPV|1|A|A|202KPV|1|A|A|200BPh
2KPV|1|A|A|202KPV|1|A|C|14ns55
2KPV|1|A|A|202KPV|1|A|C|21s35
2KPV|1|A|A|202KPV|1|A|G|19s53
2KPV|1|A|A|202KPV|1|A|U|13cWW
2KPV|1|A|A|282KPV|1|A|A|280BPh
2KPV|1|A|A|282KPV|1|A|A|7s55
2KPV|1|A|A|282KPV|1|A|C|29s35
2KPV|1|A|A|282KPV|1|A|U|27s53
2KPV|1|A|A|282KPV|1|A|U|6cWW
2KPV|1|A|A|32KPV|1|A|C|33s55
2KPV|1|A|A|32KPV|1|A|G|2s53
2KPV|1|A|A|32KPV|1|A|G|4s35
2KPV|1|A|A|32KPV|1|A|U|32cWW
2KPV|1|A|A|302KPV|1|A|A|300BPh
2KPV|1|A|A|302KPV|1|A|A|7
2KPV|1|A|A|302KPV|1|A|C|29
2KPV|1|A|A|302KPV|1|A|C|31ns35
2KPV|1|A|A|302KPV|1|A|U|6
2KPV|1|A|A|72KPV|1|A|A|28s55
2KPV|1|A|A|72KPV|1|A|A|70BPh
2KPV|1|A|A|72KPV|1|A|G|8s35
2KPV|1|A|A|72KPV|1|A|U|27cWW
2KPV|1|A|A|72KPV|1|A|U|6s53
2KPV|1|A|C|142KPV|1|A|A|20ns55
2KPV|1|A|C|142KPV|1|A|C|140BPh
2KPV|1|A|C|142KPV|1|A|G|15s35
2KPV|1|A|C|142KPV|1|A|G|19cWW
2KPV|1|A|C|142KPV|1|A|U|13s53
2KPV|1|A|C|212KPV|1|A|A|20s53
2KPV|1|A|C|212KPV|1|A|C|22s35
2KPV|1|A|C|212KPV|1|A|G|12cWW
2KPV|1|A|C|222KPV|1|A|C|21s53
2KPV|1|A|C|222KPV|1|A|C|220BPh
2KPV|1|A|C|222KPV|1|A|G|11cWW
2KPV|1|A|C|222KPV|1|A|G|12s55
2KPV|1|A|C|222KPV|1|A|G|23
2KPV|1|A|C|262KPV|1|A|G|8cWW
2KPV|1|A|C|262KPV|1|A|U|27s35
2KPV|1|A|C|292KPV|1|A|A|28s53
2KPV|1|A|C|292KPV|1|A|A|30
2KPV|1|A|C|292KPV|1|A|C|290BPh
2KPV|1|A|C|292KPV|1|A|G|5cWW
2KPV|1|A|C|312KPV|1|A|A|30ns53
2KPV|1|A|C|312KPV|1|A|C|29
2KPV|1|A|C|312KPV|1|A|G|4cWW
2KPV|1|A|C|312KPV|1|A|G|5s55
2KPV|1|A|C|312KPV|1|A|U|32s35
2KPV|1|A|C|332KPV|1|A|A|3s55
2KPV|1|A|C|332KPV|1|A|C|330BPh
2KPV|1|A|C|332KPV|1|A|C|34s35
2KPV|1|A|C|332KPV|1|A|G|2cWW
2KPV|1|A|C|332KPV|1|A|U|32s53
2KPV|1|A|C|342KPV|1|A|C|33s53
2KPV|1|A|C|342KPV|1|A|C|340BPh
2KPV|1|A|C|342KPV|1|A|G|1cWW
2KPV|1|A|C|342KPV|1|A|G|2s55
2KPV|1|A|G|12KPV|1|A|C|34cWW
2KPV|1|A|G|12KPV|1|A|G|2s35
2KPV|1|A|G|112KPV|1|A|A|10s53
2KPV|1|A|G|112KPV|1|A|C|22cWW
2KPV|1|A|G|112KPV|1|A|G|110BPh
2KPV|1|A|G|112KPV|1|A|G|12s35
2KPV|1|A|G|112KPV|1|A|U|24s55
2KPV|1|A|G|122KPV|1|A|C|21cWW
2KPV|1|A|G|122KPV|1|A|C|22s55
2KPV|1|A|G|122KPV|1|A|G|11s53
2KPV|1|A|G|122KPV|1|A|G|12n0BP
2KPV|1|A|G|122KPV|1|A|U|13s35
2KPV|1|A|G|152KPV|1|A|A|17ns33
2KPV|1|A|G|152KPV|1|A|A|18ntSH
2KPV|1|A|G|152KPV|1|A|C|14s53
2KPV|1|A|G|152KPV|1|A|G|19s55
2KPV|1|A|G|192KPV|1|A|A|18s53
2KPV|1|A|G|192KPV|1|A|A|20s35
2KPV|1|A|G|192KPV|1|A|C|14cWW
2KPV|1|A|G|192KPV|1|A|G|15s55
2KPV|1|A|G|192KPV|1|A|G|190BPh
2KPV|1|A|G|22KPV|1|A|A|3s35
2KPV|1|A|G|22KPV|1|A|C|33cWW
2KPV|1|A|G|22KPV|1|A|C|34s55
2KPV|1|A|G|22KPV|1|A|G|1s53
2KPV|1|A|G|22KPV|1|A|G|20BPh
2KPV|1|A|G|232KPV|1|A|C|22
2KPV|1|A|G|232KPV|1|A|U|24
2KPV|1|A|G|42KPV|1|A|A|3s53
2KPV|1|A|G|42KPV|1|A|C|31cWW
2KPV|1|A|G|42KPV|1|A|G|5s35
2KPV|1|A|G|42KPV|1|A|U|32s55
2KPV|1|A|G|52KPV|1|A|C|29cWW
2KPV|1|A|G|52KPV|1|A|C|31s55
2KPV|1|A|G|52KPV|1|A|G|4s53
2KPV|1|A|G|52KPV|1|A|G|50BPh
2KPV|1|A|G|52KPV|1|A|U|6s35
2KPV|1|A|G|82KPV|1|A|A|7s53
2KPV|1|A|G|82KPV|1|A|C|26cWW
2KPV|1|A|G|82KPV|1|A|G|80BPh
2KPV|1|A|G|82KPV|1|A|U|27s55
2KPV|1|A|G|82KPV|1|A|U|9s35
2KPV|1|A|U|132KPV|1|A|A|20cWW
2KPV|1|A|U|132KPV|1|A|C|14s35
2KPV|1|A|U|132KPV|1|A|G|12s53
2KPV|1|A|U|132KPV|1|A|U|130BPh
2KPV|1|A|U|242KPV|1|A|A|10ncWW
2KPV|1|A|U|242KPV|1|A|C|22
2KPV|1|A|U|242KPV|1|A|G|11s55
2KPV|1|A|U|242KPV|1|A|G|23
2KPV|1|A|U|242KPV|1|A|U|240BPh
2KPV|1|A|U|252KPV|1|A|U|249BPh
2KPV|1|A|U|252KPV|1|A|U|250BPh
2KPV|1|A|U|272KPV|1|A|A|28s35
2KPV|1|A|U|272KPV|1|A|A|7cWW
2KPV|1|A|U|272KPV|1|A|C|26s53
2KPV|1|A|U|272KPV|1|A|G|8s55
2KPV|1|A|U|322KPV|1|A|A|3cWW
2KPV|1|A|U|322KPV|1|A|C|31s53
2KPV|1|A|U|322KPV|1|A|C|33s35
2KPV|1|A|U|322KPV|1|A|G|4s55
2KPV|1|A|U|322KPV|1|A|U|320BPh
2KPV|1|A|U|62KPV|1|A|A|28cWW
2KPV|1|A|U|62KPV|1|A|A|7s35
2KPV|1|A|U|62KPV|1|A|G|5s53
2KPV|1|A|U|62KPV|1|A|U|60BPh
2KPV|1|A|U|92KPV|1|A|A|10s35
2KPV|1|A|U|92KPV|1|A|G|8s53
2KPV|1|A|U|92KPV|1|A|U|90BPh


Base-PairsCount (12)Relative Frequency
cWW121.000
Base-PhosphateCount (23)Relative Frequency
9BPh10.043
0BPh220.957
Base-StackingCount (16)Relative Frequency
s5370.438
s5590.562

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)