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NDB ID: 2KTZ  PDB ID: 2KTZ 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2KTZ|1|A|A|102KTZ|1|A|A|10n0BP
2KTZ|1|A|A|102KTZ|1|A|A|6s55
2KTZ|1|A|A|102KTZ|1|A|C|11s35
2KTZ|1|A|A|102KTZ|1|A|U|9ns53
2KTZ|1|A|A|32KTZ|1|A|A|30BPh
2KTZ|1|A|A|32KTZ|1|A|G|2s53
2KTZ|1|A|A|32KTZ|1|A|G|4s35
2KTZ|1|A|A|32KTZ|1|A|U|36cWW
2KTZ|1|A|A|322KTZ|1|A|A|320BPh
2KTZ|1|A|A|322KTZ|1|A|C|31s53
2KTZ|1|A|A|322KTZ|1|A|G|13s55
2KTZ|1|A|A|322KTZ|1|A|G|33s35
2KTZ|1|A|A|322KTZ|1|A|U|12cWW
2KTZ|1|A|A|62KTZ|1|A|A|10s55
2KTZ|1|A|A|62KTZ|1|A|A|60BPh
2KTZ|1|A|A|62KTZ|1|A|U|9ncSW
2KTZ|1|A|A|72KTZ|1|A|C|8
2KTZ|1|A|A|72KTZ|1|A|U|9s55
2KTZ|1|A|C|112KTZ|1|A|A|10s53
2KTZ|1|A|C|112KTZ|1|A|C|110BPh
2KTZ|1|A|C|112KTZ|1|A|G|33cWW
2KTZ|1|A|C|112KTZ|1|A|U|12s35
2KTZ|1|A|C|152KTZ|1|A|C|150BPh
2KTZ|1|A|C|152KTZ|1|A|G|28cWW
2KTZ|1|A|C|152KTZ|1|A|G|30s55
2KTZ|1|A|C|152KTZ|1|A|U|14s53
2KTZ|1|A|C|152KTZ|1|A|U|16s35
2KTZ|1|A|C|182KTZ|1|A|C|180BPh
2KTZ|1|A|C|182KTZ|1|A|C|19s35
2KTZ|1|A|C|182KTZ|1|A|G|25cWW
2KTZ|1|A|C|182KTZ|1|A|U|17s53
2KTZ|1|A|C|192KTZ|1|A|C|18s53
2KTZ|1|A|C|192KTZ|1|A|C|190BPh
2KTZ|1|A|C|192KTZ|1|A|G|24cWW
2KTZ|1|A|C|192KTZ|1|A|G|25s55
2KTZ|1|A|C|192KTZ|1|A|U|20s35
2KTZ|1|A|C|222KTZ|1|A|C|220BPh
2KTZ|1|A|C|222KTZ|1|A|G|23s53
2KTZ|1|A|C|222KTZ|1|A|U|20s53
2KTZ|1|A|C|222KTZ|1|A|U|218BPh
2KTZ|1|A|C|272KTZ|1|A|C|270BPh
2KTZ|1|A|C|272KTZ|1|A|G|28s35
2KTZ|1|A|C|272KTZ|1|A|U|16cWW
2KTZ|1|A|C|272KTZ|1|A|U|17s55
2KTZ|1|A|C|272KTZ|1|A|U|26s53
2KTZ|1|A|C|312KTZ|1|A|A|32s35
2KTZ|1|A|C|312KTZ|1|A|C|310BPh
2KTZ|1|A|C|312KTZ|1|A|G|13cWW
2KTZ|1|A|C|312KTZ|1|A|G|30s53
2KTZ|1|A|C|342KTZ|1|A|C|34n9BP
2KTZ|1|A|C|342KTZ|1|A|C|35s35
2KTZ|1|A|C|342KTZ|1|A|G|33
2KTZ|1|A|C|342KTZ|1|A|G|5cWW
2KTZ|1|A|C|352KTZ|1|A|C|34s53
2KTZ|1|A|C|352KTZ|1|A|C|350BPh
2KTZ|1|A|C|352KTZ|1|A|G|4cWW
2KTZ|1|A|C|352KTZ|1|A|G|5s55
2KTZ|1|A|C|352KTZ|1|A|U|36s35
2KTZ|1|A|C|372KTZ|1|A|C|370BPh
2KTZ|1|A|C|372KTZ|1|A|C|38s35
2KTZ|1|A|C|372KTZ|1|A|G|2cWW
2KTZ|1|A|C|372KTZ|1|A|U|36s53
2KTZ|1|A|C|382KTZ|1|A|C|37s53
2KTZ|1|A|C|382KTZ|1|A|C|380BPh
2KTZ|1|A|C|382KTZ|1|A|G|1cWW
2KTZ|1|A|C|382KTZ|1|A|G|2s55
2KTZ|1|A|C|82KTZ|1|A|A|7
2KTZ|1|A|C|82KTZ|1|A|C|80BPh
2KTZ|1|A|G|12KTZ|1|A|C|38cWW
2KTZ|1|A|G|12KTZ|1|A|G|10BPh
2KTZ|1|A|G|12KTZ|1|A|G|2s35
2KTZ|1|A|G|132KTZ|1|A|A|32s55
2KTZ|1|A|G|132KTZ|1|A|C|31cWW
2KTZ|1|A|G|132KTZ|1|A|G|130BPh
2KTZ|1|A|G|132KTZ|1|A|U|12s53
2KTZ|1|A|G|132KTZ|1|A|U|14s35
2KTZ|1|A|G|22KTZ|1|A|A|3s35
2KTZ|1|A|G|22KTZ|1|A|C|37cWW
2KTZ|1|A|G|22KTZ|1|A|C|38s55
2KTZ|1|A|G|22KTZ|1|A|G|1s53
2KTZ|1|A|G|22KTZ|1|A|G|20BPh
2KTZ|1|A|G|232KTZ|1|A|C|22s35
2KTZ|1|A|G|232KTZ|1|A|G|24s55
2KTZ|1|A|G|232KTZ|1|A|U|20tWS
2KTZ|1|A|G|242KTZ|1|A|C|19cWW
2KTZ|1|A|G|242KTZ|1|A|G|23s55
2KTZ|1|A|G|242KTZ|1|A|G|240BPh
2KTZ|1|A|G|242KTZ|1|A|G|25s35
2KTZ|1|A|G|252KTZ|1|A|C|18cWW
2KTZ|1|A|G|252KTZ|1|A|C|19s55
2KTZ|1|A|G|252KTZ|1|A|G|24s53
2KTZ|1|A|G|252KTZ|1|A|G|250BPh
2KTZ|1|A|G|252KTZ|1|A|U|26s35
2KTZ|1|A|G|282KTZ|1|A|C|15cWW
2KTZ|1|A|G|282KTZ|1|A|C|27s53
2KTZ|1|A|G|282KTZ|1|A|G|280BPh
2KTZ|1|A|G|282KTZ|1|A|G|30s35
2KTZ|1|A|G|282KTZ|1|A|U|16s55
2KTZ|1|A|G|302KTZ|1|A|C|15s55
2KTZ|1|A|G|302KTZ|1|A|C|31s35
2KTZ|1|A|G|302KTZ|1|A|G|28s53
2KTZ|1|A|G|302KTZ|1|A|U|14cWW
2KTZ|1|A|G|332KTZ|1|A|A|32s53
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2KTZ|1|A|G|332KTZ|1|A|G|33n0BP
2KTZ|1|A|G|332KTZ|1|A|U|12s55
2KTZ|1|A|G|42KTZ|1|A|A|3s53
2KTZ|1|A|G|42KTZ|1|A|C|35cWW
2KTZ|1|A|G|42KTZ|1|A|G|40BPh
2KTZ|1|A|G|42KTZ|1|A|G|5s35
2KTZ|1|A|G|42KTZ|1|A|U|36s55
2KTZ|1|A|G|52KTZ|1|A|C|34cWW
2KTZ|1|A|G|52KTZ|1|A|C|35s55
2KTZ|1|A|G|52KTZ|1|A|G|4s53
2KTZ|1|A|G|52KTZ|1|A|G|50BPh
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2KTZ|1|A|U|122KTZ|1|A|C|11s53
2KTZ|1|A|U|122KTZ|1|A|G|13s35
2KTZ|1|A|U|122KTZ|1|A|G|33s55
2KTZ|1|A|U|122KTZ|1|A|U|120BPh
2KTZ|1|A|U|142KTZ|1|A|C|15s35
2KTZ|1|A|U|142KTZ|1|A|G|13s53
2KTZ|1|A|U|142KTZ|1|A|G|30cWW
2KTZ|1|A|U|142KTZ|1|A|U|140BPh
2KTZ|1|A|U|162KTZ|1|A|C|15s53
2KTZ|1|A|U|162KTZ|1|A|C|27cWW
2KTZ|1|A|U|162KTZ|1|A|G|28s55
2KTZ|1|A|U|162KTZ|1|A|U|160BPh
2KTZ|1|A|U|162KTZ|1|A|U|17s35
2KTZ|1|A|U|172KTZ|1|A|C|18s35
2KTZ|1|A|U|172KTZ|1|A|C|27s55
2KTZ|1|A|U|172KTZ|1|A|U|16s53
2KTZ|1|A|U|172KTZ|1|A|U|170BPh
2KTZ|1|A|U|172KTZ|1|A|U|26cWW
2KTZ|1|A|U|202KTZ|1|A|C|19s53
2KTZ|1|A|U|202KTZ|1|A|C|22s35
2KTZ|1|A|U|202KTZ|1|A|G|23tSW
2KTZ|1|A|U|202KTZ|1|A|U|200BPh
2KTZ|1|A|U|212KTZ|1|A|U|20
2KTZ|1|A|U|212KTZ|1|A|U|210BPh
2KTZ|1|A|U|262KTZ|1|A|C|27s35
2KTZ|1|A|U|262KTZ|1|A|G|25s53
2KTZ|1|A|U|262KTZ|1|A|U|17cWW
2KTZ|1|A|U|262KTZ|1|A|U|260BPh
2KTZ|1|A|U|292KTZ|1|A|U|290BPh
2KTZ|1|A|U|362KTZ|1|A|A|3cWW
2KTZ|1|A|U|362KTZ|1|A|C|35s53
2KTZ|1|A|U|362KTZ|1|A|C|37s35
2KTZ|1|A|U|362KTZ|1|A|G|4s55
2KTZ|1|A|U|362KTZ|1|A|U|360BPh
2KTZ|1|A|U|92KTZ|1|A|A|10ns35
2KTZ|1|A|U|92KTZ|1|A|A|6ncWS
2KTZ|1|A|U|92KTZ|1|A|A|7s55
2KTZ|1|A|U|92KTZ|1|A|C|8


Base-PairsCount (15)Relative Frequency
cWW140.933
tWS10.067
Base-PhosphateCount (32)Relative Frequency
8BPh10.031
0BPh310.969
Base-StackingCount (22)Relative Frequency
s53100.455
s55120.545

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)