A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: 2KUR  PDB ID: 2KUR 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2KUR|1|A|A|122KUR|1|A|A|120BPh
2KUR|1|A|A|122KUR|1|A|A|37s55
2KUR|1|A|A|122KUR|1|A|C|35ncWS
2KUR|1|A|A|122KUR|1|A|U|11s53
2KUR|1|A|A|122KUR|1|A|U|13s35
2KUR|1|A|A|122KUR|1|A|U|36cWW
2KUR|1|A|A|152KUR|1|A|A|150BPh
2KUR|1|A|A|152KUR|1|A|A|33s55
2KUR|1|A|A|152KUR|1|A|U|14s53
2KUR|1|A|A|152KUR|1|A|U|16s35
2KUR|1|A|A|152KUR|1|A|U|32cWW
2KUR|1|A|A|182KUR|1|A|A|180BPh
2KUR|1|A|A|182KUR|1|A|A|19s35
2KUR|1|A|A|182KUR|1|A|A|30s55
2KUR|1|A|A|182KUR|1|A|U|17s53
2KUR|1|A|A|182KUR|1|A|U|29cWW
2KUR|1|A|A|192KUR|1|A|A|18s53
2KUR|1|A|A|192KUR|1|A|A|190BPh
2KUR|1|A|A|192KUR|1|A|A|20s35
2KUR|1|A|A|192KUR|1|A|U|28cWW
2KUR|1|A|A|192KUR|1|A|U|29ns55
2KUR|1|A|A|202KUR|1|A|A|19s53
2KUR|1|A|A|202KUR|1|A|A|200BPh
2KUR|1|A|A|202KUR|1|A|C|27ncWW
2KUR|1|A|A|202KUR|1|A|U|21s35
2KUR|1|A|A|202KUR|1|A|U|26ns33
2KUR|1|A|A|202KUR|1|A|U|28ns55
2KUR|1|A|A|232KUR|1|A|A|23n0BP
2KUR|1|A|A|232KUR|1|A|A|24s35
2KUR|1|A|A|242KUR|1|A|A|23s53n0BP
2KUR|1|A|A|242KUR|1|A|A|24n0BP
2KUR|1|A|A|242KUR|1|A|U|22
2KUR|1|A|A|242KUR|1|A|U|25
2KUR|1|A|A|242KUR|1|A|U|26ns35
2KUR|1|A|A|302KUR|1|A|A|18s55
2KUR|1|A|A|302KUR|1|A|A|300BPh
2KUR|1|A|A|302KUR|1|A|A|31s35
2KUR|1|A|A|302KUR|1|A|U|17cWW
2KUR|1|A|A|302KUR|1|A|U|29s53
2KUR|1|A|A|312KUR|1|A|A|30s53
2KUR|1|A|A|312KUR|1|A|A|310BPh
2KUR|1|A|A|312KUR|1|A|U|16cWW
2KUR|1|A|A|312KUR|1|A|U|17s55
2KUR|1|A|A|312KUR|1|A|U|32s35
2KUR|1|A|A|332KUR|1|A|A|15s55
2KUR|1|A|A|332KUR|1|A|A|330BPh
2KUR|1|A|A|332KUR|1|A|A|34s35
2KUR|1|A|A|332KUR|1|A|U|14cWW
2KUR|1|A|A|332KUR|1|A|U|32s53
2KUR|1|A|A|342KUR|1|A|A|33s53
2KUR|1|A|A|342KUR|1|A|A|340BPh
2KUR|1|A|A|342KUR|1|A|C|35s35
2KUR|1|A|A|342KUR|1|A|U|13cWW
2KUR|1|A|A|342KUR|1|A|U|14ns55
2KUR|1|A|A|372KUR|1|A|A|12s55
2KUR|1|A|A|372KUR|1|A|A|370BPh
2KUR|1|A|A|372KUR|1|A|C|38s35
2KUR|1|A|A|372KUR|1|A|U|11cWW
2KUR|1|A|A|372KUR|1|A|U|36s537BPh
2KUR|1|A|A|392KUR|1|A|A|390BPh
2KUR|1|A|A|392KUR|1|A|A|40s35
2KUR|1|A|A|392KUR|1|A|C|38s53
2KUR|1|A|A|392KUR|1|A|G|10s55
2KUR|1|A|A|402KUR|1|A|A|39s53
2KUR|1|A|A|402KUR|1|A|A|400BPh
2KUR|1|A|A|402KUR|1|A|A|41s35
2KUR|1|A|A|402KUR|1|A|U|9cWW
2KUR|1|A|A|412KUR|1|A|A|40s53
2KUR|1|A|A|412KUR|1|A|A|410BPh
2KUR|1|A|A|412KUR|1|A|A|7ns33
2KUR|1|A|A|412KUR|1|A|U|42s35
2KUR|1|A|A|412KUR|1|A|U|8cWW
2KUR|1|A|A|442KUR|1|A|A|440BPh
2KUR|1|A|A|442KUR|1|A|A|45s35
2KUR|1|A|A|442KUR|1|A|G|6s55
2KUR|1|A|A|442KUR|1|A|U|43
2KUR|1|A|A|442KUR|1|A|U|5cWW
2KUR|1|A|A|452KUR|1|A|A|44s53
2KUR|1|A|A|452KUR|1|A|A|450BPh
2KUR|1|A|A|452KUR|1|A|G|46s35
2KUR|1|A|A|452KUR|1|A|U|4cWW
2KUR|1|A|A|452KUR|1|A|U|5s55
2KUR|1|A|A|72KUR|1|A|A|41ns33
2KUR|1|A|A|72KUR|1|A|A|70BPh
2KUR|1|A|A|72KUR|1|A|G|6s53
2KUR|1|A|A|72KUR|1|A|U|42cWW
2KUR|1|A|A|72KUR|1|A|U|8s35
2KUR|1|A|C|272KUR|1|A|A|20ncWW
2KUR|1|A|C|272KUR|1|A|C|270BPh
2KUR|1|A|C|272KUR|1|A|U|26s539BPh
2KUR|1|A|C|272KUR|1|A|U|28ns35
2KUR|1|A|C|32KUR|1|A|C|30BPh
2KUR|1|A|C|32KUR|1|A|G|2s53
2KUR|1|A|C|32KUR|1|A|G|46cWW
2KUR|1|A|C|32KUR|1|A|U|4s35
2KUR|1|A|C|352KUR|1|A|A|12ncSW
2KUR|1|A|C|352KUR|1|A|A|34s53
2KUR|1|A|C|352KUR|1|A|C|350BPh
2KUR|1|A|C|382KUR|1|A|A|37s53
2KUR|1|A|C|382KUR|1|A|A|39s35
2KUR|1|A|C|382KUR|1|A|C|380BPh
2KUR|1|A|C|382KUR|1|A|G|10cWW
2KUR|1|A|C|472KUR|1|A|C|470BPh
2KUR|1|A|C|472KUR|1|A|C|48s35
2KUR|1|A|C|472KUR|1|A|G|2cWW
2KUR|1|A|C|472KUR|1|A|G|46s53
2KUR|1|A|C|482KUR|1|A|C|47s53
2KUR|1|A|C|482KUR|1|A|C|480BPh
2KUR|1|A|C|482KUR|1|A|G|1cWW
2KUR|1|A|C|482KUR|1|A|G|2s55
2KUR|1|A|G|12KUR|1|A|C|48cWW
2KUR|1|A|G|12KUR|1|A|G|2s35
2KUR|1|A|G|102KUR|1|A|A|39s55
2KUR|1|A|G|102KUR|1|A|C|38cWW
2KUR|1|A|G|102KUR|1|A|G|100BPh
2KUR|1|A|G|102KUR|1|A|U|11s35
2KUR|1|A|G|102KUR|1|A|U|9ns53
2KUR|1|A|G|22KUR|1|A|C|3s35
2KUR|1|A|G|22KUR|1|A|C|47cWW
2KUR|1|A|G|22KUR|1|A|C|48s55
2KUR|1|A|G|22KUR|1|A|G|1s53
2KUR|1|A|G|22KUR|1|A|G|20BPh
2KUR|1|A|G|462KUR|1|A|A|45s53
2KUR|1|A|G|462KUR|1|A|C|3cWW
2KUR|1|A|G|462KUR|1|A|C|47s35
2KUR|1|A|G|462KUR|1|A|G|460BPh
2KUR|1|A|G|462KUR|1|A|U|4ns55
2KUR|1|A|G|62KUR|1|A|A|44s55
2KUR|1|A|G|62KUR|1|A|A|7s35
2KUR|1|A|G|62KUR|1|A|U|43cWS
2KUR|1|A|G|62KUR|1|A|U|5s53
2KUR|1|A|U|112KUR|1|A|A|12s35
2KUR|1|A|U|112KUR|1|A|A|37cWW
2KUR|1|A|U|112KUR|1|A|G|10s53
2KUR|1|A|U|112KUR|1|A|U|110BPh
2KUR|1|A|U|132KUR|1|A|A|12s53
2KUR|1|A|U|132KUR|1|A|A|34cWW
2KUR|1|A|U|132KUR|1|A|U|130BPh
2KUR|1|A|U|132KUR|1|A|U|14s35
2KUR|1|A|U|142KUR|1|A|A|15s35
2KUR|1|A|U|142KUR|1|A|A|33cWW
2KUR|1|A|U|142KUR|1|A|A|34ns55
2KUR|1|A|U|142KUR|1|A|U|13s53
2KUR|1|A|U|142KUR|1|A|U|140BPh
2KUR|1|A|U|162KUR|1|A|A|15s53
2KUR|1|A|U|162KUR|1|A|A|31cWW
2KUR|1|A|U|162KUR|1|A|U|160BPh
2KUR|1|A|U|162KUR|1|A|U|17s35
2KUR|1|A|U|172KUR|1|A|A|18s35
2KUR|1|A|U|172KUR|1|A|A|30cWW
2KUR|1|A|U|172KUR|1|A|A|31s55
2KUR|1|A|U|172KUR|1|A|U|16s53
2KUR|1|A|U|172KUR|1|A|U|170BPh
2KUR|1|A|U|212KUR|1|A|A|20s53
2KUR|1|A|U|212KUR|1|A|U|210BPh
2KUR|1|A|U|212KUR|1|A|U|22s35
2KUR|1|A|U|212KUR|1|A|U|26cSW
2KUR|1|A|U|222KUR|1|A|U|21s53
2KUR|1|A|U|222KUR|1|A|U|220BPh
2KUR|1|A|U|222KUR|1|A|U|26s55
2KUR|1|A|U|252KUR|1|A|A|24
2KUR|1|A|U|262KUR|1|A|A|20ns33
2KUR|1|A|U|262KUR|1|A|A|24ns53
2KUR|1|A|U|262KUR|1|A|C|27s35
2KUR|1|A|U|262KUR|1|A|U|21cWS
2KUR|1|A|U|262KUR|1|A|U|22s55
2KUR|1|A|U|262KUR|1|A|U|25n9BP
2KUR|1|A|U|262KUR|1|A|U|26n0BP
2KUR|1|A|U|282KUR|1|A|A|19cWW
2KUR|1|A|U|282KUR|1|A|A|20ns55
2KUR|1|A|U|282KUR|1|A|C|27ns53
2KUR|1|A|U|282KUR|1|A|U|280BPh
2KUR|1|A|U|282KUR|1|A|U|29s35
2KUR|1|A|U|292KUR|1|A|A|18cWW
2KUR|1|A|U|292KUR|1|A|A|19ns55
2KUR|1|A|U|292KUR|1|A|A|30s35
2KUR|1|A|U|292KUR|1|A|U|28s53
2KUR|1|A|U|292KUR|1|A|U|290BPh
2KUR|1|A|U|322KUR|1|A|A|15cWW
2KUR|1|A|U|322KUR|1|A|A|31s53
2KUR|1|A|U|322KUR|1|A|A|33s35
2KUR|1|A|U|322KUR|1|A|U|320BPh
2KUR|1|A|U|362KUR|1|A|A|12cWW
2KUR|1|A|U|362KUR|1|A|A|37s35
2KUR|1|A|U|362KUR|1|A|C|35
2KUR|1|A|U|42KUR|1|A|A|45cWW
2KUR|1|A|U|42KUR|1|A|C|3s53
2KUR|1|A|U|42KUR|1|A|G|46ns55
2KUR|1|A|U|42KUR|1|A|U|40BPh
2KUR|1|A|U|42KUR|1|A|U|5s35
2KUR|1|A|U|422KUR|1|A|A|41s53
2KUR|1|A|U|422KUR|1|A|A|7cWW
2KUR|1|A|U|422KUR|1|A|U|420BPh
2KUR|1|A|U|422KUR|1|A|U|43s35
2KUR|1|A|U|432KUR|1|A|G|6cSW
2KUR|1|A|U|432KUR|1|A|U|42s53
2KUR|1|A|U|432KUR|1|A|U|430BPh
2KUR|1|A|U|52KUR|1|A|A|44cWW
2KUR|1|A|U|52KUR|1|A|A|45s55
2KUR|1|A|U|52KUR|1|A|G|6s35
2KUR|1|A|U|52KUR|1|A|U|4s53
2KUR|1|A|U|52KUR|1|A|U|50BPh
2KUR|1|A|U|82KUR|1|A|A|41cWW
2KUR|1|A|U|82KUR|1|A|A|7s53
2KUR|1|A|U|82KUR|1|A|U|80BPh
2KUR|1|A|U|82KUR|1|A|U|9s35
2KUR|1|A|U|92KUR|1|A|A|40cWW
2KUR|1|A|U|92KUR|1|A|G|10ns35
2KUR|1|A|U|92KUR|1|A|U|8s53
2KUR|1|A|U|92KUR|1|A|U|90BPh


Base-PairsCount (20)Relative Frequency
cWW180.900
cWS20.100
Base-PhosphateCount (43)Relative Frequency
7BPh10.023
9BPh10.023
0BPh410.953
Base-StackingCount (21)Relative Frequency
s53120.571
s5590.429

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)