A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: 2KUV  PDB ID: 2KUV 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2KUV|1|A|A|122KUV|1|A|A|120BPh
2KUV|1|A|A|122KUV|1|A|A|37s55
2KUV|1|A|A|122KUV|1|A|U|11s53
2KUV|1|A|A|122KUV|1|A|U|13s35
2KUV|1|A|A|122KUV|1|A|U|36ncWW
2KUV|1|A|A|182KUV|1|A|A|180BPh
2KUV|1|A|A|182KUV|1|A|A|19s35
2KUV|1|A|A|182KUV|1|A|A|30s55
2KUV|1|A|A|182KUV|1|A|U|17s53
2KUV|1|A|A|182KUV|1|A|U|29cWW
2KUV|1|A|A|192KUV|1|A|A|18s53
2KUV|1|A|A|192KUV|1|A|A|190BPh
2KUV|1|A|A|192KUV|1|A|A|20s35
2KUV|1|A|A|192KUV|1|A|U|28cWW
2KUV|1|A|A|192KUV|1|A|U|29ns55
2KUV|1|A|A|202KUV|1|A|A|19s53
2KUV|1|A|A|202KUV|1|A|A|200BPh
2KUV|1|A|A|202KUV|1|A|C|27ncWW
2KUV|1|A|A|202KUV|1|A|U|21s35
2KUV|1|A|A|202KUV|1|A|U|28ns55
2KUV|1|A|A|232KUV|1|A|A|23n0BP
2KUV|1|A|A|232KUV|1|A|A|24s35
2KUV|1|A|A|242KUV|1|A|A|23s53n0BP
2KUV|1|A|A|242KUV|1|A|A|240BPh
2KUV|1|A|A|242KUV|1|A|U|22
2KUV|1|A|A|242KUV|1|A|U|26ns35
2KUV|1|A|A|302KUV|1|A|A|18s55
2KUV|1|A|A|302KUV|1|A|A|300BPh
2KUV|1|A|A|302KUV|1|A|A|31s35
2KUV|1|A|A|302KUV|1|A|U|17cWW
2KUV|1|A|A|302KUV|1|A|U|29s53
2KUV|1|A|A|312KUV|1|A|A|30s53
2KUV|1|A|A|312KUV|1|A|A|310BPh
2KUV|1|A|A|312KUV|1|A|A|32s35
2KUV|1|A|A|312KUV|1|A|U|16cWW
2KUV|1|A|A|312KUV|1|A|U|17s55
2KUV|1|A|A|322KUV|1|A|A|31s53
2KUV|1|A|A|322KUV|1|A|A|320BPh
2KUV|1|A|A|322KUV|1|A|A|33s35
2KUV|1|A|A|322KUV|1|A|U|15cWW
2KUV|1|A|A|322KUV|1|A|U|16s55
2KUV|1|A|A|332KUV|1|A|A|32s53
2KUV|1|A|A|332KUV|1|A|A|330BPh
2KUV|1|A|A|332KUV|1|A|A|34s35
2KUV|1|A|A|332KUV|1|A|U|14cWW
2KUV|1|A|A|332KUV|1|A|U|15s55
2KUV|1|A|A|342KUV|1|A|A|33s53
2KUV|1|A|A|342KUV|1|A|A|340BPh
2KUV|1|A|A|342KUV|1|A|U|13cWW
2KUV|1|A|A|342KUV|1|A|U|14s55
2KUV|1|A|A|342KUV|1|A|U|36s35
2KUV|1|A|A|372KUV|1|A|A|12s55
2KUV|1|A|A|372KUV|1|A|A|370BPh
2KUV|1|A|A|372KUV|1|A|C|35ncHS
2KUV|1|A|A|372KUV|1|A|C|38s35
2KUV|1|A|A|372KUV|1|A|U|11cWW
2KUV|1|A|A|372KUV|1|A|U|36ns53
2KUV|1|A|A|392KUV|1|A|A|390BPh
2KUV|1|A|A|392KUV|1|A|A|40s35
2KUV|1|A|A|392KUV|1|A|C|38s53
2KUV|1|A|A|392KUV|1|A|G|10s55
2KUV|1|A|A|402KUV|1|A|A|39s53
2KUV|1|A|A|402KUV|1|A|A|400BPh
2KUV|1|A|A|402KUV|1|A|A|41s35
2KUV|1|A|A|402KUV|1|A|U|9cWW
2KUV|1|A|A|412KUV|1|A|A|40s53
2KUV|1|A|A|412KUV|1|A|A|410BPh
2KUV|1|A|A|412KUV|1|A|U|42s35
2KUV|1|A|A|412KUV|1|A|U|8cWW
2KUV|1|A|A|412KUV|1|A|U|9ns55
2KUV|1|A|A|452KUV|1|A|A|450BPh
2KUV|1|A|A|452KUV|1|A|G|44s53
2KUV|1|A|A|452KUV|1|A|G|46s35
2KUV|1|A|A|452KUV|1|A|U|4cWW
2KUV|1|A|A|72KUV|1|A|A|70BPh
2KUV|1|A|A|72KUV|1|A|G|6s53
2KUV|1|A|A|72KUV|1|A|U|42cWW
2KUV|1|A|A|72KUV|1|A|U|8s35
2KUV|1|A|C|272KUV|1|A|A|20ncWW
2KUV|1|A|C|272KUV|1|A|C|270BPh
2KUV|1|A|C|272KUV|1|A|U|21ncWS
2KUV|1|A|C|272KUV|1|A|U|26s53n9BP
2KUV|1|A|C|272KUV|1|A|U|28s35
2KUV|1|A|C|32KUV|1|A|C|30BPh
2KUV|1|A|C|32KUV|1|A|G|2s53
2KUV|1|A|C|32KUV|1|A|G|46cWW
2KUV|1|A|C|32KUV|1|A|U|4s35
2KUV|1|A|C|352KUV|1|A|A|37ncSH
2KUV|1|A|C|352KUV|1|A|C|350BPh
2KUV|1|A|C|352KUV|1|A|U|11ncWW
2KUV|1|A|C|352KUV|1|A|U|36s53
2KUV|1|A|C|382KUV|1|A|A|37s53
2KUV|1|A|C|382KUV|1|A|A|39s35
2KUV|1|A|C|382KUV|1|A|C|380BPh
2KUV|1|A|C|382KUV|1|A|G|10cWW
2KUV|1|A|C|432KUV|1|A|C|430BPh
2KUV|1|A|C|432KUV|1|A|G|44s35
2KUV|1|A|C|432KUV|1|A|G|6cWW
2KUV|1|A|C|432KUV|1|A|U|42ns53
2KUV|1|A|C|472KUV|1|A|C|470BPh
2KUV|1|A|C|472KUV|1|A|C|48s35
2KUV|1|A|C|472KUV|1|A|G|2cWW
2KUV|1|A|C|472KUV|1|A|G|46s53
2KUV|1|A|C|482KUV|1|A|C|47s53
2KUV|1|A|C|482KUV|1|A|C|480BPh
2KUV|1|A|C|482KUV|1|A|G|1cWW
2KUV|1|A|C|482KUV|1|A|G|2s55
2KUV|1|A|C|52KUV|1|A|C|50BPh
2KUV|1|A|C|52KUV|1|A|G|44cWW
2KUV|1|A|C|52KUV|1|A|G|6s35
2KUV|1|A|C|52KUV|1|A|U|4s53
2KUV|1|A|G|12KUV|1|A|C|48cWW
2KUV|1|A|G|12KUV|1|A|G|10BPh
2KUV|1|A|G|12KUV|1|A|G|2s35
2KUV|1|A|G|102KUV|1|A|A|39s55
2KUV|1|A|G|102KUV|1|A|C|38cWW
2KUV|1|A|G|102KUV|1|A|G|100BPh
2KUV|1|A|G|102KUV|1|A|U|11s35
2KUV|1|A|G|102KUV|1|A|U|9ns53
2KUV|1|A|G|22KUV|1|A|C|3s35
2KUV|1|A|G|22KUV|1|A|C|47cWW
2KUV|1|A|G|22KUV|1|A|C|48s55
2KUV|1|A|G|22KUV|1|A|G|1s53
2KUV|1|A|G|22KUV|1|A|G|20BPh
2KUV|1|A|G|442KUV|1|A|A|45s35
2KUV|1|A|G|442KUV|1|A|C|43s53
2KUV|1|A|G|442KUV|1|A|C|5cWW
2KUV|1|A|G|442KUV|1|A|G|440BPh
2KUV|1|A|G|442KUV|1|A|G|6s55
2KUV|1|A|G|462KUV|1|A|A|45s53
2KUV|1|A|G|462KUV|1|A|C|3cWW
2KUV|1|A|G|462KUV|1|A|C|47s35
2KUV|1|A|G|462KUV|1|A|G|460BPh
2KUV|1|A|G|462KUV|1|A|U|4s55
2KUV|1|A|G|62KUV|1|A|A|7s35
2KUV|1|A|G|62KUV|1|A|C|43cWW
2KUV|1|A|G|62KUV|1|A|C|5s53
2KUV|1|A|G|62KUV|1|A|G|44s55
2KUV|1|A|G|62KUV|1|A|G|60BPh
2KUV|1|A|U|112KUV|1|A|A|12s35
2KUV|1|A|U|112KUV|1|A|A|37cWW
2KUV|1|A|U|112KUV|1|A|C|35ncWW
2KUV|1|A|U|112KUV|1|A|G|10s53
2KUV|1|A|U|112KUV|1|A|U|110BPh
2KUV|1|A|U|132KUV|1|A|A|12s53
2KUV|1|A|U|132KUV|1|A|A|34cWW
2KUV|1|A|U|132KUV|1|A|U|130BPh
2KUV|1|A|U|132KUV|1|A|U|14s35
2KUV|1|A|U|142KUV|1|A|A|33cWW
2KUV|1|A|U|142KUV|1|A|A|34s55
2KUV|1|A|U|142KUV|1|A|U|13s53
2KUV|1|A|U|142KUV|1|A|U|140BPh
2KUV|1|A|U|142KUV|1|A|U|15s35
2KUV|1|A|U|152KUV|1|A|A|32cWW
2KUV|1|A|U|152KUV|1|A|A|33s55
2KUV|1|A|U|152KUV|1|A|U|14s53
2KUV|1|A|U|152KUV|1|A|U|150BPh
2KUV|1|A|U|152KUV|1|A|U|16s35
2KUV|1|A|U|162KUV|1|A|A|31cWW
2KUV|1|A|U|162KUV|1|A|A|32s55
2KUV|1|A|U|162KUV|1|A|U|15s53
2KUV|1|A|U|162KUV|1|A|U|160BPh
2KUV|1|A|U|162KUV|1|A|U|17s35
2KUV|1|A|U|172KUV|1|A|A|18s35
2KUV|1|A|U|172KUV|1|A|A|30cWW
2KUV|1|A|U|172KUV|1|A|A|31s55
2KUV|1|A|U|172KUV|1|A|U|16s53
2KUV|1|A|U|172KUV|1|A|U|170BPh
2KUV|1|A|U|212KUV|1|A|A|20s53
2KUV|1|A|U|212KUV|1|A|C|27ncSW
2KUV|1|A|U|212KUV|1|A|U|210BPh
2KUV|1|A|U|212KUV|1|A|U|22ns35
2KUV|1|A|U|212KUV|1|A|U|26ncWW
2KUV|1|A|U|222KUV|1|A|U|21ns53
2KUV|1|A|U|222KUV|1|A|U|220BPh
2KUV|1|A|U|222KUV|1|A|U|26s55
2KUV|1|A|U|252KUV|1|A|U|250BPh
2KUV|1|A|U|262KUV|1|A|A|24ns53
2KUV|1|A|U|262KUV|1|A|C|27s35
2KUV|1|A|U|262KUV|1|A|U|21ncWW
2KUV|1|A|U|262KUV|1|A|U|22s55
2KUV|1|A|U|262KUV|1|A|U|25n9BP
2KUV|1|A|U|262KUV|1|A|U|260BPh
2KUV|1|A|U|282KUV|1|A|A|19cWW
2KUV|1|A|U|282KUV|1|A|A|20ns55
2KUV|1|A|U|282KUV|1|A|C|27s53
2KUV|1|A|U|282KUV|1|A|U|280BPh
2KUV|1|A|U|282KUV|1|A|U|29s35
2KUV|1|A|U|292KUV|1|A|A|18cWW
2KUV|1|A|U|292KUV|1|A|A|19ns55
2KUV|1|A|U|292KUV|1|A|A|30s35
2KUV|1|A|U|292KUV|1|A|U|28s53
2KUV|1|A|U|292KUV|1|A|U|290BPh
2KUV|1|A|U|362KUV|1|A|A|12ncWW
2KUV|1|A|U|362KUV|1|A|A|34s53
2KUV|1|A|U|362KUV|1|A|A|37ns35
2KUV|1|A|U|362KUV|1|A|C|35s35
2KUV|1|A|U|362KUV|1|A|U|360BPh
2KUV|1|A|U|42KUV|1|A|A|45cWW
2KUV|1|A|U|42KUV|1|A|C|3s53
2KUV|1|A|U|42KUV|1|A|C|5s35
2KUV|1|A|U|42KUV|1|A|G|46s55
2KUV|1|A|U|42KUV|1|A|U|40BPh
2KUV|1|A|U|422KUV|1|A|A|41s53
2KUV|1|A|U|422KUV|1|A|A|7cWW
2KUV|1|A|U|422KUV|1|A|C|43ns35
2KUV|1|A|U|422KUV|1|A|U|420BPh
2KUV|1|A|U|82KUV|1|A|A|41cWW
2KUV|1|A|U|82KUV|1|A|A|7s53
2KUV|1|A|U|82KUV|1|A|U|80BPh
2KUV|1|A|U|82KUV|1|A|U|9s35
2KUV|1|A|U|92KUV|1|A|A|40cWW
2KUV|1|A|U|92KUV|1|A|A|41ns55
2KUV|1|A|U|92KUV|1|A|G|10ns35
2KUV|1|A|U|92KUV|1|A|U|8s53
2KUV|1|A|U|92KUV|1|A|U|90BPh


Base-PairsCount (18)Relative Frequency
cWW181.000
Base-PhosphateCount (47)Relative Frequency
0BPh471.000
Base-StackingCount (22)Relative Frequency
s53110.500
s55110.500

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)