A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: 2KY2  PDB ID: 2KY2 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2KY2|1|A|A|42KY2|1|A|A|40BPh
2KY2|1|A|A|42KY2|1|A|G|5s35
2KY2|1|A|A|42KY2|1|A|U|3ns53
2KY2|1|A|A|42KY2|1|B|G|14cWW
2KY2|1|A|A|42KY2|1|B|G|15s55
2KY2|1|A|A|92KY2|1|A|A|90BPh
2KY2|1|A|A|92KY2|1|A|C|8s53
2KY2|1|A|A|92KY2|1|B|G|10s55
2KY2|1|A|C|72KY2|1|A|C|70BPh
2KY2|1|A|C|72KY2|1|A|C|8s35
2KY2|1|A|C|72KY2|1|A|G|6s53
2KY2|1|A|C|72KY2|1|B|G|11cWW
2KY2|1|A|C|82KY2|1|A|A|9s35
2KY2|1|A|C|82KY2|1|A|C|7s53
2KY2|1|A|C|82KY2|1|A|C|80BPh
2KY2|1|A|C|82KY2|1|B|G|10cWW
2KY2|1|A|C|82KY2|1|B|G|11s55
2KY2|1|A|G|12KY2|1|A|G|2s35
2KY2|1|A|G|12KY2|1|B|A|18s55
2KY2|1|A|G|12KY2|1|B|C|17cWW
2KY2|1|A|G|22KY2|1|A|G|1s53
2KY2|1|A|G|22KY2|1|A|G|20BPh
2KY2|1|A|G|22KY2|1|A|U|3s35
2KY2|1|A|G|22KY2|1|B|C|16cWW
2KY2|1|A|G|22KY2|1|B|C|17s55
2KY2|1|A|G|52KY2|1|A|A|4s53
2KY2|1|A|G|52KY2|1|A|G|6s35
2KY2|1|A|G|52KY2|1|B|A|13cWW
2KY2|1|A|G|52KY2|1|B|G|14s55
2KY2|1|A|G|62KY2|1|A|C|7s35
2KY2|1|A|G|62KY2|1|A|G|5s53
2KY2|1|A|G|62KY2|1|B|A|13s55
2KY2|1|A|G|62KY2|1|B|U|12cWW
2KY2|1|A|U|32KY2|1|A|A|4ns35
2KY2|1|A|U|32KY2|1|A|G|2s53
2KY2|1|A|U|32KY2|1|A|U|30BPh
2KY2|1|A|U|32KY2|1|B|G|15cWW
2KY2|1|B|A|132KY2|1|A|G|5cWW
2KY2|1|B|A|132KY2|1|A|G|6s55
2KY2|1|B|A|132KY2|1|B|A|130BPh
2KY2|1|B|A|132KY2|1|B|G|14s35
2KY2|1|B|A|132KY2|1|B|U|12ns53
2KY2|1|B|A|182KY2|1|A|G|1s55
2KY2|1|B|A|182KY2|1|B|A|180BPh
2KY2|1|B|A|182KY2|1|B|C|17s53
2KY2|1|B|C|162KY2|1|A|G|2cWW
2KY2|1|B|C|162KY2|1|B|C|160BPh
2KY2|1|B|C|162KY2|1|B|C|17s35
2KY2|1|B|C|162KY2|1|B|G|15s53
2KY2|1|B|C|172KY2|1|A|G|1cWW
2KY2|1|B|C|172KY2|1|A|G|2s55
2KY2|1|B|C|172KY2|1|B|A|18s35
2KY2|1|B|C|172KY2|1|B|C|16s53
2KY2|1|B|C|172KY2|1|B|C|170BPh
2KY2|1|B|G|102KY2|1|A|A|9s55
2KY2|1|B|G|102KY2|1|A|C|8cWW
2KY2|1|B|G|102KY2|1|B|G|11s35
2KY2|1|B|G|112KY2|1|A|C|7cWW
2KY2|1|B|G|112KY2|1|A|C|8s55
2KY2|1|B|G|112KY2|1|B|G|10s53
2KY2|1|B|G|112KY2|1|B|G|110BPh
2KY2|1|B|G|112KY2|1|B|U|12s35
2KY2|1|B|G|142KY2|1|A|A|4cWW
2KY2|1|B|G|142KY2|1|A|G|5s55
2KY2|1|B|G|142KY2|1|B|A|13s53
2KY2|1|B|G|142KY2|1|B|G|15s35
2KY2|1|B|G|152KY2|1|A|A|4s55
2KY2|1|B|G|152KY2|1|A|U|3cWW
2KY2|1|B|G|152KY2|1|B|C|16s35
2KY2|1|B|G|152KY2|1|B|G|14s53
2KY2|1|B|G|152KY2|1|B|G|150BPh
2KY2|1|B|U|122KY2|1|A|G|6cWW
2KY2|1|B|U|122KY2|1|B|A|13ns35
2KY2|1|B|U|122KY2|1|B|G|11s53
2KY2|1|B|U|122KY2|1|B|U|120BPh


Base-PairsCount (8)Relative Frequency
cWW81.000
Base-PhosphateCount (13)Relative Frequency
0BPh131.000
Base-StackingCount (11)Relative Frequency
s5340.364
s5570.636

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

ndbadmin@ndbserver.rutgers.edui ©1995-2022 The Nucleic Acid Database Project | Rutgers, The State University of New Jersey