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NDB ID: 2L5Z  PDB ID: 2L5Z 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2L5Z|1|A|A|112L5Z|1|A|A|110BPh
2L5Z|1|A|A|112L5Z|1|A|C|10s53
2L5Z|1|A|A|112L5Z|1|A|C|12s35
2L5Z|1|A|A|112L5Z|1|A|G|19s55
2L5Z|1|A|A|112L5Z|1|A|U|18cWW
2L5Z|1|A|A|142L5Z|1|A|A|140BPh
2L5Z|1|A|A|142L5Z|1|A|A|15s35
2L5Z|1|A|A|152L5Z|1|A|A|14s53
2L5Z|1|A|A|152L5Z|1|A|A|150BPh
2L5Z|1|A|A|152L5Z|1|A|A|16s35
2L5Z|1|A|A|152L5Z|1|A|G|13ntHS
2L5Z|1|A|A|162L5Z|1|A|A|15s53
2L5Z|1|A|A|162L5Z|1|A|A|160BPh
2L5Z|1|A|A|162L5Z|1|A|C|12
2L5Z|1|A|A|162L5Z|1|A|G|13ns55
2L5Z|1|A|A|162L5Z|1|A|G|17s35
2L5Z|1|A|A|22L5Z|1|A|A|20BPh
2L5Z|1|A|A|22L5Z|1|A|C|26ns55
2L5Z|1|A|A|22L5Z|1|A|G|1s53
2L5Z|1|A|A|22L5Z|1|A|G|3s35
2L5Z|1|A|A|22L5Z|1|A|U|25cWW
2L5Z|1|A|A|202L5Z|1|A|A|200BPh
2L5Z|1|A|A|202L5Z|1|A|C|21s35
2L5Z|1|A|A|202L5Z|1|A|G|19ns53
2L5Z|1|A|A|202L5Z|1|A|G|9cWW
2L5Z|1|A|A|82L5Z|1|A|A|8n0BP
2L5Z|1|A|A|82L5Z|1|A|C|10
2L5Z|1|A|A|82L5Z|1|A|C|7s33
2L5Z|1|A|A|82L5Z|1|A|G|9
2L5Z|1|A|C|102L5Z|1|A|A|11s35
2L5Z|1|A|C|102L5Z|1|A|C|100BPh
2L5Z|1|A|C|102L5Z|1|A|G|19cWW
2L5Z|1|A|C|102L5Z|1|A|G|9ns53
2L5Z|1|A|C|122L5Z|1|A|A|11s53
2L5Z|1|A|C|122L5Z|1|A|A|16
2L5Z|1|A|C|122L5Z|1|A|C|120BPh
2L5Z|1|A|C|122L5Z|1|A|G|13s35
2L5Z|1|A|C|122L5Z|1|A|G|17cWW
2L5Z|1|A|C|212L5Z|1|A|A|20s53
2L5Z|1|A|C|212L5Z|1|A|G|22ns35
2L5Z|1|A|C|212L5Z|1|A|G|6cWW
2L5Z|1|A|C|242L5Z|1|A|C|240BPh
2L5Z|1|A|C|242L5Z|1|A|G|23s53
2L5Z|1|A|C|242L5Z|1|A|G|3cWW
2L5Z|1|A|C|242L5Z|1|A|U|25ns35
2L5Z|1|A|C|262L5Z|1|A|A|2ns55
2L5Z|1|A|C|262L5Z|1|A|C|260BPh
2L5Z|1|A|C|262L5Z|1|A|G|1cWW
2L5Z|1|A|C|262L5Z|1|A|U|25s53
2L5Z|1|A|C|42L5Z|1|A|C|40BPh
2L5Z|1|A|C|42L5Z|1|A|G|23cWW
2L5Z|1|A|C|42L5Z|1|A|G|3s53
2L5Z|1|A|C|42L5Z|1|A|U|5ns35
2L5Z|1|A|C|72L5Z|1|A|A|8s33
2L5Z|1|A|C|72L5Z|1|A|C|70BPh
2L5Z|1|A|C|72L5Z|1|A|G|6
2L5Z|1|A|C|72L5Z|1|A|G|9
2L5Z|1|A|G|12L5Z|1|A|A|2s35
2L5Z|1|A|G|12L5Z|1|A|C|26cWW
2L5Z|1|A|G|12L5Z|1|A|G|10BPh
2L5Z|1|A|G|132L5Z|1|A|A|15ntSH
2L5Z|1|A|G|132L5Z|1|A|A|16ns55n3BP
2L5Z|1|A|G|132L5Z|1|A|C|12s53
2L5Z|1|A|G|132L5Z|1|A|G|17s55
2L5Z|1|A|G|172L5Z|1|A|A|16s53
2L5Z|1|A|G|172L5Z|1|A|C|12cWW
2L5Z|1|A|G|172L5Z|1|A|G|13s55
2L5Z|1|A|G|172L5Z|1|A|U|18ns35
2L5Z|1|A|G|192L5Z|1|A|A|11s55
2L5Z|1|A|G|192L5Z|1|A|A|20ns35
2L5Z|1|A|G|192L5Z|1|A|C|10cWW
2L5Z|1|A|G|192L5Z|1|A|G|190BPh
2L5Z|1|A|G|192L5Z|1|A|U|18s53
2L5Z|1|A|G|222L5Z|1|A|C|21ns53
2L5Z|1|A|G|222L5Z|1|A|G|220BPh
2L5Z|1|A|G|222L5Z|1|A|G|23s35
2L5Z|1|A|G|222L5Z|1|A|G|6s55
2L5Z|1|A|G|222L5Z|1|A|U|5cWW
2L5Z|1|A|G|232L5Z|1|A|C|24s35
2L5Z|1|A|G|232L5Z|1|A|C|4cWW
2L5Z|1|A|G|232L5Z|1|A|G|22s53
2L5Z|1|A|G|232L5Z|1|A|G|230BPh
2L5Z|1|A|G|232L5Z|1|A|U|5s55
2L5Z|1|A|G|32L5Z|1|A|A|2s53
2L5Z|1|A|G|32L5Z|1|A|C|24cWW
2L5Z|1|A|G|32L5Z|1|A|C|4s35
2L5Z|1|A|G|32L5Z|1|A|G|30BPh
2L5Z|1|A|G|32L5Z|1|A|U|25s55
2L5Z|1|A|G|62L5Z|1|A|C|21cWW
2L5Z|1|A|G|62L5Z|1|A|G|22s55
2L5Z|1|A|G|62L5Z|1|A|G|6n0BP
2L5Z|1|A|G|62L5Z|1|A|U|5s53
2L5Z|1|A|G|92L5Z|1|A|A|20cWW
2L5Z|1|A|G|92L5Z|1|A|A|8
2L5Z|1|A|G|92L5Z|1|A|C|10ns35
2L5Z|1|A|U|182L5Z|1|A|A|11cWW
2L5Z|1|A|U|182L5Z|1|A|G|17ns53
2L5Z|1|A|U|182L5Z|1|A|G|19s35
2L5Z|1|A|U|182L5Z|1|A|U|180BPh
2L5Z|1|A|U|252L5Z|1|A|A|2cWW
2L5Z|1|A|U|252L5Z|1|A|C|24ns53
2L5Z|1|A|U|252L5Z|1|A|C|26s35
2L5Z|1|A|U|252L5Z|1|A|G|3s55
2L5Z|1|A|U|252L5Z|1|A|U|250BPh
2L5Z|1|A|U|52L5Z|1|A|C|4ns53
2L5Z|1|A|U|52L5Z|1|A|G|22cWW
2L5Z|1|A|U|52L5Z|1|A|G|23s55
2L5Z|1|A|U|52L5Z|1|A|G|6s35
2L5Z|1|A|U|52L5Z|1|A|U|50BPh


Base-PairsCount (10)Relative Frequency
cWW101.000
Base-PhosphateCount (20)Relative Frequency
0BPh201.000
Base-StackingCount (13)Relative Frequency
s3310.077
s5370.538
s5550.385

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)