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NDB ID: 2L6I  PDB ID: 2L6I 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2L6I|1|A|A|432L6I|1|A|A|430BPh
2L6I|1|A|A|432L6I|1|A|C|56ns55
2L6I|1|A|A|432L6I|1|A|G|42s53
2L6I|1|A|A|432L6I|1|A|U|44s35
2L6I|1|A|A|432L6I|1|A|U|55cWW
2L6I|1|A|A|522L6I|1|A|A|520BPh
2L6I|1|A|A|522L6I|1|A|C|47ns55
2L6I|1|A|A|522L6I|1|A|G|50s53
2L6I|1|A|A|522L6I|1|A|G|53s35
2L6I|1|A|A|522L6I|1|A|U|46cWW
2L6I|1|A|A|542L6I|1|A|A|540BPh
2L6I|1|A|A|542L6I|1|A|C|45ns55
2L6I|1|A|A|542L6I|1|A|G|53s53
2L6I|1|A|A|542L6I|1|A|U|44cWW
2L6I|1|A|A|542L6I|1|A|U|55s35
2L6I|1|A|A|572L6I|1|A|A|570BPh
2L6I|1|A|A|572L6I|1|A|C|56s53
2L6I|1|A|C|452L6I|1|A|A|54ns55
2L6I|1|A|C|452L6I|1|A|C|450BPh
2L6I|1|A|C|452L6I|1|A|G|53cWW
2L6I|1|A|C|452L6I|1|A|U|44s53
2L6I|1|A|C|452L6I|1|A|U|46s35
2L6I|1|A|C|472L6I|1|A|A|52ns55
2L6I|1|A|C|472L6I|1|A|C|470BPh
2L6I|1|A|C|472L6I|1|A|G|50cWW
2L6I|1|A|C|472L6I|1|A|U|46s53
2L6I|1|A|C|472L6I|1|A|U|49s35
2L6I|1|A|C|562L6I|1|A|A|43ns55
2L6I|1|A|C|562L6I|1|A|A|57s35
2L6I|1|A|C|562L6I|1|A|C|560BPh
2L6I|1|A|C|562L6I|1|A|G|42cWW
2L6I|1|A|C|562L6I|1|A|U|55s53
2L6I|1|A|G|422L6I|1|A|A|43s35
2L6I|1|A|G|422L6I|1|A|C|56cWW
2L6I|1|A|G|422L6I|1|A|G|420BPh
2L6I|1|A|G|502L6I|1|A|A|52s35
2L6I|1|A|G|502L6I|1|A|C|47cWW
2L6I|1|A|G|502L6I|1|A|U|49ns55
2L6I|1|A|G|532L6I|1|A|A|52s53
2L6I|1|A|G|532L6I|1|A|A|54s35
2L6I|1|A|G|532L6I|1|A|C|45cWW
2L6I|1|A|G|532L6I|1|A|G|530BPh
2L6I|1|A|G|532L6I|1|A|U|46s55
2L6I|1|A|U|442L6I|1|A|A|43s53
2L6I|1|A|U|442L6I|1|A|A|54cWW
2L6I|1|A|U|442L6I|1|A|C|45s35
2L6I|1|A|U|442L6I|1|A|U|440BPh
2L6I|1|A|U|462L6I|1|A|A|52cWW
2L6I|1|A|U|462L6I|1|A|C|45s53
2L6I|1|A|U|462L6I|1|A|C|47s35
2L6I|1|A|U|462L6I|1|A|G|53s55
2L6I|1|A|U|462L6I|1|A|U|460BPh
2L6I|1|A|U|482L6I|1|A|C|47
2L6I|1|A|U|482L6I|1|A|U|480BPh
2L6I|1|A|U|492L6I|1|A|C|47s53
2L6I|1|A|U|492L6I|1|A|G|50ns55
2L6I|1|A|U|492L6I|1|A|U|48n9BP
2L6I|1|A|U|492L6I|1|A|U|490BPh
2L6I|1|A|U|512L6I|1|A|G|50
2L6I|1|A|U|512L6I|1|A|U|510BPh
2L6I|1|A|U|552L6I|1|A|A|43cWW
2L6I|1|A|U|552L6I|1|A|A|54s53
2L6I|1|A|U|552L6I|1|A|C|56s35
2L6I|1|A|U|552L6I|1|A|U|550BPh


Base-PairsCount (6)Relative Frequency
cWW61.000
Base-PhosphateCount (15)Relative Frequency
0BPh151.000
Base-StackingCount (8)Relative Frequency
s5370.875
s5510.125

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)