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NDB ID: 2LDZ  PDB ID: 2LDZ 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2LDZ|1|A|A|122LDZ|1|A|A|120BPh
2LDZ|1|A|A|122LDZ|1|A|C|11s53
2LDZ|1|A|A|122LDZ|1|A|G|13s35
2LDZ|1|A|A|122LDZ|1|A|G|22s55
2LDZ|1|A|A|122LDZ|1|A|U|21cWW
2LDZ|1|A|A|162LDZ|1|A|A|160BPh
2LDZ|1|A|A|162LDZ|1|A|A|17s35
2LDZ|1|A|A|172LDZ|1|A|A|16s53
2LDZ|1|A|A|172LDZ|1|A|A|170BPh
2LDZ|1|A|A|172LDZ|1|A|A|18s35
2LDZ|1|A|A|172LDZ|1|A|G|15ntHS
2LDZ|1|A|A|182LDZ|1|A|A|17s53
2LDZ|1|A|A|182LDZ|1|A|A|180BPh
2LDZ|1|A|A|182LDZ|1|A|G|19s35
2LDZ|1|A|A|252LDZ|1|A|C|6ncWW
2LDZ|1|A|A|252LDZ|1|A|G|24s53
2LDZ|1|A|A|252LDZ|1|A|G|26s35
2LDZ|1|A|A|42LDZ|1|A|A|40BPh
2LDZ|1|A|A|42LDZ|1|A|C|28ns55
2LDZ|1|A|A|42LDZ|1|A|C|5s35
2LDZ|1|A|A|42LDZ|1|A|G|3s53
2LDZ|1|A|A|42LDZ|1|A|U|27cWW
2LDZ|1|A|A|82LDZ|1|A|A|80BPh
2LDZ|1|A|A|82LDZ|1|A|C|10s35
2LDZ|1|A|A|82LDZ|1|A|G|23ncWW
2LDZ|1|A|A|82LDZ|1|A|G|24s55
2LDZ|1|A|A|82LDZ|1|A|G|7ns55
2LDZ|1|A|A|82LDZ|1|A|G|9ns35
2LDZ|1|A|C|102LDZ|1|A|A|8s53
2LDZ|1|A|C|102LDZ|1|A|C|100BPh
2LDZ|1|A|C|102LDZ|1|A|C|11s35
2LDZ|1|A|C|102LDZ|1|A|G|23cWW
2LDZ|1|A|C|112LDZ|1|A|A|12s35
2LDZ|1|A|C|112LDZ|1|A|C|10s53
2LDZ|1|A|C|112LDZ|1|A|C|110BPh
2LDZ|1|A|C|112LDZ|1|A|G|22cWW
2LDZ|1|A|C|112LDZ|1|A|G|23s55
2LDZ|1|A|C|142LDZ|1|A|C|140BPh
2LDZ|1|A|C|142LDZ|1|A|G|13s53
2LDZ|1|A|C|142LDZ|1|A|G|15ns35
2LDZ|1|A|C|142LDZ|1|A|G|19cWW
2LDZ|1|A|C|22LDZ|1|A|C|2n0BP
2LDZ|1|A|C|22LDZ|1|A|G|1s539BPh
2LDZ|1|A|C|22LDZ|1|A|G|29cWW
2LDZ|1|A|C|22LDZ|1|A|G|3s35
2LDZ|1|A|C|282LDZ|1|A|A|4ns55
2LDZ|1|A|C|282LDZ|1|A|C|280BPh
2LDZ|1|A|C|282LDZ|1|A|C|30ns35
2LDZ|1|A|C|282LDZ|1|A|G|29s35
2LDZ|1|A|C|282LDZ|1|A|G|3cWW
2LDZ|1|A|C|282LDZ|1|A|U|27s53
2LDZ|1|A|C|302LDZ|1|A|C|28ns53
2LDZ|1|A|C|302LDZ|1|A|C|30n0BP
2LDZ|1|A|C|302LDZ|1|A|G|1cWW
2LDZ|1|A|C|302LDZ|1|A|G|29s53
2LDZ|1|A|C|52LDZ|1|A|A|4s53
2LDZ|1|A|C|52LDZ|1|A|C|6s35
2LDZ|1|A|C|52LDZ|1|A|G|26cWW
2LDZ|1|A|C|62LDZ|1|A|A|25ncWW
2LDZ|1|A|C|62LDZ|1|A|C|5s53
2LDZ|1|A|C|62LDZ|1|A|C|60BPh
2LDZ|1|A|C|62LDZ|1|A|G|26ns55
2LDZ|1|A|C|62LDZ|1|A|G|7s33
2LDZ|1|A|G|12LDZ|1|A|C|2s35
2LDZ|1|A|G|12LDZ|1|A|C|30cWW
2LDZ|1|A|G|132LDZ|1|A|A|12s53
2LDZ|1|A|G|132LDZ|1|A|C|14s35
2LDZ|1|A|G|132LDZ|1|A|U|20cWW
2LDZ|1|A|G|132LDZ|1|A|U|21s55
2LDZ|1|A|G|152LDZ|1|A|A|17ntSH
2LDZ|1|A|G|152LDZ|1|A|A|183BPh
2LDZ|1|A|G|152LDZ|1|A|C|14ns53
2LDZ|1|A|G|192LDZ|1|A|A|18s53
2LDZ|1|A|G|192LDZ|1|A|C|14cWW
2LDZ|1|A|G|192LDZ|1|A|G|19n0BP
2LDZ|1|A|G|192LDZ|1|A|U|20s35
2LDZ|1|A|G|222LDZ|1|A|A|12s55
2LDZ|1|A|G|222LDZ|1|A|C|11cWW
2LDZ|1|A|G|222LDZ|1|A|G|220BPh
2LDZ|1|A|G|222LDZ|1|A|G|23s35
2LDZ|1|A|G|222LDZ|1|A|U|21s53
2LDZ|1|A|G|232LDZ|1|A|A|8ncWW
2LDZ|1|A|G|232LDZ|1|A|C|10cWW
2LDZ|1|A|G|232LDZ|1|A|C|11s55
2LDZ|1|A|G|232LDZ|1|A|G|22s53
2LDZ|1|A|G|232LDZ|1|A|G|24s35
2LDZ|1|A|G|242LDZ|1|A|A|25s35
2LDZ|1|A|G|242LDZ|1|A|A|8s55
2LDZ|1|A|G|242LDZ|1|A|G|23s53
2LDZ|1|A|G|242LDZ|1|A|G|24n0BP
2LDZ|1|A|G|262LDZ|1|A|A|25s53
2LDZ|1|A|G|262LDZ|1|A|C|5cWW
2LDZ|1|A|G|262LDZ|1|A|C|6ns55
2LDZ|1|A|G|262LDZ|1|A|G|260BPh
2LDZ|1|A|G|262LDZ|1|A|U|27s35
2LDZ|1|A|G|292LDZ|1|A|C|2cWW
2LDZ|1|A|G|292LDZ|1|A|C|28s53
2LDZ|1|A|G|292LDZ|1|A|C|30s35
2LDZ|1|A|G|292LDZ|1|A|G|3s55
2LDZ|1|A|G|32LDZ|1|A|A|4s35
2LDZ|1|A|G|32LDZ|1|A|C|2s53
2LDZ|1|A|G|32LDZ|1|A|C|28cWW
2LDZ|1|A|G|32LDZ|1|A|G|29s55
2LDZ|1|A|G|72LDZ|1|A|A|8ns55
2LDZ|1|A|G|72LDZ|1|A|C|6s33
2LDZ|1|A|G|72LDZ|1|A|G|7n1BP
2LDZ|1|A|G|92LDZ|1|A|A|8ns530BPh
2LDZ|1|A|G|92LDZ|1|A|G|90BPh
2LDZ|1|A|U|202LDZ|1|A|G|13cWW
2LDZ|1|A|U|202LDZ|1|A|G|19s53
2LDZ|1|A|U|202LDZ|1|A|U|200BPh
2LDZ|1|A|U|202LDZ|1|A|U|21s35
2LDZ|1|A|U|212LDZ|1|A|A|12cWW
2LDZ|1|A|U|212LDZ|1|A|G|13s55
2LDZ|1|A|U|212LDZ|1|A|G|22s35
2LDZ|1|A|U|212LDZ|1|A|U|20s53
2LDZ|1|A|U|212LDZ|1|A|U|21n0BP
2LDZ|1|A|U|272LDZ|1|A|A|4cWW
2LDZ|1|A|U|272LDZ|1|A|C|28s35
2LDZ|1|A|U|272LDZ|1|A|G|26s53
2LDZ|1|A|U|272LDZ|1|A|U|270BPh


Base-PairsCount (10)Relative Frequency
cWW101.000
Base-PhosphateCount (19)Relative Frequency
3BPh10.053
9BPh10.053
0BPh170.895
Base-StackingCount (14)Relative Frequency
s3310.071
s5380.571
s5550.357

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)