A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
Search for released structures

NDB ID: PR0274  PDB ID: 2PXB 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2PXB|1|B|A|1402PXB|1|B|A|1400BPh
2PXB|1|B|A|1402PXB|1|B|C|141s35
2PXB|1|B|A|1432PXB|1|B|A|1430BPh
2PXB|1|B|A|1482PXB|1|B|A|1480BPh
2PXB|1|B|A|1482PXB|1|B|A|164s55
2PXB|1|B|A|1482PXB|1|B|C|147
2PXB|1|B|A|1482PXB|1|B|C|163tHW
2PXB|1|B|A|1482PXB|1|B|G|149s35
2PXB|1|B|A|1552PXB|1|B|A|1550BPh
2PXB|1|B|A|1552PXB|1|B|A|156s35
2PXB|1|B|A|1562PXB|1|B|A|155s53
2PXB|1|B|A|1562PXB|1|B|A|1560BPh
2PXB|1|B|A|1562PXB|1|B|A|157s35
2PXB|1|B|A|1562PXB|1|B|G|154
2PXB|1|B|A|1572PXB|1|B|A|156s53
2PXB|1|B|A|1572PXB|1|B|A|1570BPh
2PXB|1|B|A|1572PXB|1|B|G|154tHS
2PXB|1|B|A|1572PXB|1|B|G|158s35
2PXB|1|B|A|1602PXB|1|B|A|1600BPh
2PXB|1|B|A|1602PXB|1|B|A|161s35
2PXB|1|B|A|1602PXB|1|B|C|152s55
2PXB|1|B|A|1602PXB|1|B|G|159s53
2PXB|1|B|A|1602PXB|1|B|U|151cWW
2PXB|1|B|A|1612PXB|1|B|A|160s53
2PXB|1|B|A|1612PXB|1|B|A|1610BPh
2PXB|1|B|A|1612PXB|1|B|G|150cWW
2PXB|1|B|A|1612PXB|1|B|G|162s35
2PXB|1|B|A|1612PXB|1|B|U|151ns55
2PXB|1|B|A|1642PXB|1|B|A|148s55
2PXB|1|B|A|1642PXB|1|B|A|1640BPh
2PXB|1|B|A|1642PXB|1|B|C|147tHS
2PXB|1|B|A|1642PXB|1|B|C|163s53
2PXB|1|B|A|1642PXB|1|B|G|165s35
2PXB|1|B|A|1682PXB|1|B|A|1680BPh
2PXB|1|B|A|1682PXB|1|B|A|169s35
2PXB|1|B|A|1682PXB|1|B|C|167s53
2PXB|1|B|A|1682PXB|1|B|G|144s55
2PXB|1|B|A|1692PXB|1|B|A|168s53
2PXB|1|B|A|1692PXB|1|B|A|1690BPh
2PXB|1|B|A|1692PXB|1|B|G|170s35
2PXB|1|B|A|1692PXB|1|B|U|139cWW
2PXB|1|B|A|1732PXB|1|B|C|172s53
2PXB|1|B|A|1732PXB|1|B|G|136s55
2PXB|1|B|A|1732PXB|1|B|G|174s35
2PXB|1|B|A|1732PXB|1|B|U|135cWW
2PXB|1|B|C|1342PXB|1|B|C|1340BPh
2PXB|1|B|C|1342PXB|1|B|G|133s53
2PXB|1|B|C|1342PXB|1|B|G|174cWW
2PXB|1|B|C|1342PXB|1|B|U|135s35
2PXB|1|B|C|1412PXB|1|B|A|140s53
2PXB|1|B|C|1412PXB|1|B|C|1410BPh
2PXB|1|B|C|1412PXB|1|B|C|142s35
2PXB|1|B|C|1422PXB|1|B|C|141s53n7BP
2PXB|1|B|C|1422PXB|1|B|C|1420BPh
2PXB|1|B|C|1472PXB|1|B|A|164tSH
2PXB|1|B|C|1472PXB|1|B|C|1470BPh
2PXB|1|B|C|1472PXB|1|B|C|163ntWH6BPh
2PXB|1|B|C|1472PXB|1|B|G|162s33
2PXB|1|B|C|1472PXB|1|B|U|146s53
2PXB|1|B|C|1522PXB|1|B|A|160s55
2PXB|1|B|C|1522PXB|1|B|C|1520BPh
2PXB|1|B|C|1522PXB|1|B|C|153s35
2PXB|1|B|C|1522PXB|1|B|G|159cWW
2PXB|1|B|C|1522PXB|1|B|U|151s53
2PXB|1|B|C|1532PXB|1|B|C|152s53
2PXB|1|B|C|1532PXB|1|B|C|1530BPh
2PXB|1|B|C|1532PXB|1|B|G|154s35
2PXB|1|B|C|1532PXB|1|B|G|158cWW
2PXB|1|B|C|1532PXB|1|B|G|159s55
2PXB|1|B|C|1632PXB|1|B|A|148tWH
2PXB|1|B|C|1632PXB|1|B|A|164s35
2PXB|1|B|C|1632PXB|1|B|C|147ntHW
2PXB|1|B|C|1632PXB|1|B|C|1630BPh
2PXB|1|B|C|1632PXB|1|B|G|149s55
2PXB|1|B|C|1632PXB|1|B|G|162s53
2PXB|1|B|C|1662PXB|1|B|C|1660BPh
2PXB|1|B|C|1662PXB|1|B|C|167s35
2PXB|1|B|C|1662PXB|1|B|G|145cWW
2PXB|1|B|C|1662PXB|1|B|G|165s53
2PXB|1|B|C|1672PXB|1|B|A|168s35
2PXB|1|B|C|1672PXB|1|B|C|166s53
2PXB|1|B|C|1672PXB|1|B|C|1670BPh
2PXB|1|B|C|1672PXB|1|B|G|144cWW
2PXB|1|B|C|1672PXB|1|B|G|145s55
2PXB|1|B|C|1722PXB|1|B|A|173s35
2PXB|1|B|C|1722PXB|1|B|C|1720BPh
2PXB|1|B|C|1722PXB|1|B|G|136cWW
2PXB|1|B|C|1722PXB|1|B|G|171s53
2PXB|1|B|C|1772PXB|1|B|C|1770BPh
2PXB|1|B|C|1772PXB|1|B|C|178s35
2PXB|1|B|C|1772PXB|1|B|G|131cWW
2PXB|1|B|C|1772PXB|1|B|G|176s53
2PXB|1|B|C|1782PXB|1|B|C|177s53
2PXB|1|B|C|1782PXB|1|B|C|1780BPh
2PXB|1|B|C|1782PXB|1|B|G|130cWW
2PXB|1|B|C|1782PXB|1|B|G|131s55
2PXB|1|B|G|1302PXB|1|B|C|178cWW
2PXB|1|B|G|1302PXB|1|B|G|130n0BP
2PXB|1|B|G|1302PXB|1|B|G|131s35
2PXB|1|B|G|1312PXB|1|B|C|177cWW
2PXB|1|B|G|1312PXB|1|B|C|178s55
2PXB|1|B|G|1312PXB|1|B|G|130s53
2PXB|1|B|G|1312PXB|1|B|G|1310BPh
2PXB|1|B|G|1312PXB|1|B|U|132s35
2PXB|1|B|G|1332PXB|1|B|C|134s35
2PXB|1|B|G|1332PXB|1|B|G|1330BPh
2PXB|1|B|G|1332PXB|1|B|G|176s55
2PXB|1|B|G|1332PXB|1|B|U|132s53
2PXB|1|B|G|1332PXB|1|B|U|175cWW
2PXB|1|B|G|1362PXB|1|B|A|173s55
2PXB|1|B|G|1362PXB|1|B|C|172cWW
2PXB|1|B|G|1362PXB|1|B|G|1360BPh
2PXB|1|B|G|1362PXB|1|B|U|135s53
2PXB|1|B|G|1362PXB|1|B|U|137s35
2PXB|1|B|G|1442PXB|1|B|A|168s55
2PXB|1|B|G|1442PXB|1|B|C|167cWW
2PXB|1|B|G|1442PXB|1|B|G|144n0BP
2PXB|1|B|G|1442PXB|1|B|G|145s35
2PXB|1|B|G|1452PXB|1|B|C|166cWW
2PXB|1|B|G|1452PXB|1|B|C|167s55
2PXB|1|B|G|1452PXB|1|B|G|144s53
2PXB|1|B|G|1452PXB|1|B|G|1450BPh
2PXB|1|B|G|1452PXB|1|B|U|146s35
2PXB|1|B|G|1492PXB|1|B|A|148s53
2PXB|1|B|G|1492PXB|1|B|C|163s55
2PXB|1|B|G|1492PXB|1|B|G|1490BPh
2PXB|1|B|G|1492PXB|1|B|G|150s35
2PXB|1|B|G|1492PXB|1|B|G|162tHS
2PXB|1|B|G|1502PXB|1|B|A|161cWW
2PXB|1|B|G|1502PXB|1|B|G|149s53
2PXB|1|B|G|1502PXB|1|B|G|1500BPh
2PXB|1|B|G|1502PXB|1|B|G|162s55
2PXB|1|B|G|1502PXB|1|B|U|151s35
2PXB|1|B|G|1542PXB|1|B|A|157tSH3BPh
2PXB|1|B|G|1542PXB|1|B|C|153s53
2PXB|1|B|G|1542PXB|1|B|G|1540BPh
2PXB|1|B|G|1542PXB|1|B|G|158s55
2PXB|1|B|G|1582PXB|1|B|A|157s53
2PXB|1|B|G|1582PXB|1|B|C|153cWW
2PXB|1|B|G|1582PXB|1|B|G|154s55
2PXB|1|B|G|1582PXB|1|B|G|1580BPh
2PXB|1|B|G|1582PXB|1|B|G|159s35
2PXB|1|B|G|1592PXB|1|B|A|160s35
2PXB|1|B|G|1592PXB|1|B|C|152cWW
2PXB|1|B|G|1592PXB|1|B|C|153s55
2PXB|1|B|G|1592PXB|1|B|G|158s53
2PXB|1|B|G|1592PXB|1|B|G|159n0BP
2PXB|1|B|G|1622PXB|1|B|A|1484BPh
2PXB|1|B|G|1622PXB|1|B|A|161s53
2PXB|1|B|G|1622PXB|1|B|C|147s33
2PXB|1|B|G|1622PXB|1|B|C|163s35
2PXB|1|B|G|1622PXB|1|B|G|149tSH
2PXB|1|B|G|1622PXB|1|B|G|150s55
2PXB|1|B|G|1622PXB|1|B|G|1620BPh
2PXB|1|B|G|1652PXB|1|B|A|164s53
2PXB|1|B|G|1652PXB|1|B|C|166s35
2PXB|1|B|G|1652PXB|1|B|G|1650BPh
2PXB|1|B|G|1652PXB|1|B|U|146cWW
2PXB|1|B|G|1702PXB|1|B|A|169s53
2PXB|1|B|G|1702PXB|1|B|G|1700BPh
2PXB|1|B|G|1702PXB|1|B|G|171s35
2PXB|1|B|G|1702PXB|1|B|U|138cWW
2PXB|1|B|G|1702PXB|1|B|U|139s55
2PXB|1|B|G|1712PXB|1|B|C|172s35
2PXB|1|B|G|1712PXB|1|B|G|170s53
2PXB|1|B|G|1712PXB|1|B|G|1710BPh
2PXB|1|B|G|1712PXB|1|B|U|137cWW
2PXB|1|B|G|1712PXB|1|B|U|138s55
2PXB|1|B|G|1742PXB|1|B|A|173s53
2PXB|1|B|G|1742PXB|1|B|C|134cWW
2PXB|1|B|G|1742PXB|1|B|G|1740BPh
2PXB|1|B|G|1742PXB|1|B|U|135s55
2PXB|1|B|G|1742PXB|1|B|U|175s35
2PXB|1|B|G|1762PXB|1|B|C|177s35
2PXB|1|B|G|1762PXB|1|B|G|133s55
2PXB|1|B|G|1762PXB|1|B|G|1760BPh
2PXB|1|B|G|1762PXB|1|B|U|132cWW
2PXB|1|B|G|1762PXB|1|B|U|175s53
2PXB|1|B|U|1322PXB|1|B|G|131s53
2PXB|1|B|U|1322PXB|1|B|G|133s35
2PXB|1|B|U|1322PXB|1|B|G|176cWW
2PXB|1|B|U|1322PXB|1|B|U|1320BPh
2PXB|1|B|U|1352PXB|1|B|A|173cWW
2PXB|1|B|U|1352PXB|1|B|C|134s53
2PXB|1|B|U|1352PXB|1|B|G|136s35
2PXB|1|B|U|1352PXB|1|B|G|174s55
2PXB|1|B|U|1352PXB|1|B|U|1350BPh
2PXB|1|B|U|1372PXB|1|B|G|136s53
2PXB|1|B|U|1372PXB|1|B|G|171cWW
2PXB|1|B|U|1372PXB|1|B|U|1370BPh
2PXB|1|B|U|1372PXB|1|B|U|138s35
2PXB|1|B|U|1382PXB|1|B|G|170cWW
2PXB|1|B|U|1382PXB|1|B|G|171s55
2PXB|1|B|U|1382PXB|1|B|U|137s53
2PXB|1|B|U|1382PXB|1|B|U|1380BPh
2PXB|1|B|U|1382PXB|1|B|U|139s35
2PXB|1|B|U|1392PXB|1|B|A|169cWW
2PXB|1|B|U|1392PXB|1|B|G|170s55
2PXB|1|B|U|1392PXB|1|B|U|138s53
2PXB|1|B|U|1392PXB|1|B|U|1390BPh
2PXB|1|B|U|1462PXB|1|B|C|147s35
2PXB|1|B|U|1462PXB|1|B|G|145s53
2PXB|1|B|U|1462PXB|1|B|G|165cWW
2PXB|1|B|U|1462PXB|1|B|U|1460BPh
2PXB|1|B|U|1512PXB|1|B|A|160cWW
2PXB|1|B|U|1512PXB|1|B|A|161ns55
2PXB|1|B|U|1512PXB|1|B|C|152s35
2PXB|1|B|U|1512PXB|1|B|G|150s53
2PXB|1|B|U|1512PXB|1|B|U|1510BPh
2PXB|1|B|U|1752PXB|1|B|G|133cWW
2PXB|1|B|U|1752PXB|1|B|G|174s53
2PXB|1|B|U|1752PXB|1|B|G|176s35
2PXB|1|B|U|1752PXB|1|B|U|1750BPh


Base-PairsCount (21)Relative Frequency
cWW170.810
tWH10.048
tHS30.143
Base-PhosphateCount (48)Relative Frequency
3BPh10.021
4BPh10.021
6BPh10.021
0BPh450.938
Base-StackingCount (29)Relative Frequency
s3310.034
s53140.483
s55140.483

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

ndbadmin@ndbserver.rutgers.edui ©1995-2022 The Nucleic Acid Database Project | Rutgers, The State University of New Jersey