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NDB ID: PR0276  PDB ID: 2PXE 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2PXE|1|B|A|1402PXE|1|B|A|1400BPh
2PXE|1|B|A|1402PXE|1|B|C|141s35
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2PXE|1|B|A|1482PXE|1|B|C|147
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2PXE|1|B|A|1562PXE|1|B|A|157s35
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2PXE|1|B|U|1352PXE|1|B|G|174s55
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2PXE|1|B|U|1372PXE|1|B|G|136s53
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2PXE|1|B|U|1762PXE|1|B|C|177s35
2PXE|1|B|U|1762PXE|1|B|G|132cWW
2PXE|1|B|U|1762PXE|1|B|G|175s53
2PXE|1|B|U|1762PXE|1|B|U|1760BPh


Base-PairsCount (21)Relative Frequency
cWW170.810
tWH10.048
tHS30.143
Base-PhosphateCount (48)Relative Frequency
3BPh10.021
4BPh10.021
6BPh10.021
0BPh450.938
Base-StackingCount (28)Relative Frequency
s3310.036
s53120.429
s55150.536

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)