A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 25-May-2022 number of released structures: 12098
Search for released structures

NDB ID: PR0277  PDB ID: 2PXF 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2PXF|1|B|A|1402PXF|1|B|A|1400BPh
2PXF|1|B|A|1402PXF|1|B|C|141s35
2PXF|1|B|A|1432PXF|1|B|A|1430BPh
2PXF|1|B|A|1482PXF|1|B|A|1480BPh
2PXF|1|B|A|1482PXF|1|B|A|164s55
2PXF|1|B|A|1482PXF|1|B|C|147
2PXF|1|B|A|1482PXF|1|B|C|163tHW
2PXF|1|B|A|1482PXF|1|B|G|149s35
2PXF|1|B|A|1552PXF|1|B|A|1550BPh
2PXF|1|B|A|1552PXF|1|B|A|156s35
2PXF|1|B|A|1562PXF|1|B|A|155s53
2PXF|1|B|A|1562PXF|1|B|A|1560BPh
2PXF|1|B|A|1562PXF|1|B|A|157s35
2PXF|1|B|A|1562PXF|1|B|G|154
2PXF|1|B|A|1572PXF|1|B|A|156s53
2PXF|1|B|A|1572PXF|1|B|A|1570BPh
2PXF|1|B|A|1572PXF|1|B|G|154tHS
2PXF|1|B|A|1572PXF|1|B|G|158s35
2PXF|1|B|A|1602PXF|1|B|A|1600BPh
2PXF|1|B|A|1602PXF|1|B|A|161s35
2PXF|1|B|A|1602PXF|1|B|C|152s55
2PXF|1|B|A|1602PXF|1|B|G|159s53
2PXF|1|B|A|1602PXF|1|B|U|151cWW
2PXF|1|B|A|1612PXF|1|B|A|160s53
2PXF|1|B|A|1612PXF|1|B|A|1610BPh
2PXF|1|B|A|1612PXF|1|B|G|150ncWW
2PXF|1|B|A|1612PXF|1|B|G|162s35
2PXF|1|B|A|1612PXF|1|B|U|151s55
2PXF|1|B|A|1642PXF|1|B|A|148s55
2PXF|1|B|A|1642PXF|1|B|A|1640BPh
2PXF|1|B|A|1642PXF|1|B|C|147tHS
2PXF|1|B|A|1642PXF|1|B|C|163s53
2PXF|1|B|A|1642PXF|1|B|G|165s35
2PXF|1|B|A|1682PXF|1|B|A|1680BPh
2PXF|1|B|A|1682PXF|1|B|A|169s35
2PXF|1|B|A|1682PXF|1|B|C|167s53
2PXF|1|B|A|1682PXF|1|B|G|144s55
2PXF|1|B|A|1692PXF|1|B|A|168s53
2PXF|1|B|A|1692PXF|1|B|A|1690BPh
2PXF|1|B|A|1692PXF|1|B|G|170s35
2PXF|1|B|A|1692PXF|1|B|U|139cWW
2PXF|1|B|A|1732PXF|1|B|C|172s53
2PXF|1|B|A|1732PXF|1|B|C|174s35
2PXF|1|B|A|1732PXF|1|B|G|136s55
2PXF|1|B|A|1732PXF|1|B|U|135cWW
2PXF|1|B|C|1412PXF|1|B|A|140s53
2PXF|1|B|C|1412PXF|1|B|C|1410BPh
2PXF|1|B|C|1412PXF|1|B|C|142s35
2PXF|1|B|C|1422PXF|1|B|C|141s53
2PXF|1|B|C|1422PXF|1|B|C|1420BPh
2PXF|1|B|C|1472PXF|1|B|A|164tSH
2PXF|1|B|C|1472PXF|1|B|C|1470BPh
2PXF|1|B|C|1472PXF|1|B|C|163ntWH6BPh
2PXF|1|B|C|1472PXF|1|B|G|162s33
2PXF|1|B|C|1472PXF|1|B|U|146s53
2PXF|1|B|C|1522PXF|1|B|A|160s55
2PXF|1|B|C|1522PXF|1|B|C|1520BPh
2PXF|1|B|C|1522PXF|1|B|C|153s35
2PXF|1|B|C|1522PXF|1|B|G|159cWW
2PXF|1|B|C|1522PXF|1|B|U|151s53
2PXF|1|B|C|1532PXF|1|B|C|152s53
2PXF|1|B|C|1532PXF|1|B|C|1530BPh
2PXF|1|B|C|1532PXF|1|B|G|154s35
2PXF|1|B|C|1532PXF|1|B|G|158cWW
2PXF|1|B|C|1532PXF|1|B|G|159s55
2PXF|1|B|C|1632PXF|1|B|A|148tWH
2PXF|1|B|C|1632PXF|1|B|A|164s35
2PXF|1|B|C|1632PXF|1|B|C|147ntHW
2PXF|1|B|C|1632PXF|1|B|C|1630BPh
2PXF|1|B|C|1632PXF|1|B|G|149s55
2PXF|1|B|C|1632PXF|1|B|G|162s53
2PXF|1|B|C|1662PXF|1|B|C|1660BPh
2PXF|1|B|C|1662PXF|1|B|C|167s35
2PXF|1|B|C|1662PXF|1|B|G|145cWW
2PXF|1|B|C|1662PXF|1|B|G|165s53
2PXF|1|B|C|1672PXF|1|B|A|168s35
2PXF|1|B|C|1672PXF|1|B|C|166s53
2PXF|1|B|C|1672PXF|1|B|C|1670BPh
2PXF|1|B|C|1672PXF|1|B|G|144cWW
2PXF|1|B|C|1672PXF|1|B|G|145s55
2PXF|1|B|C|1722PXF|1|B|A|173s35
2PXF|1|B|C|1722PXF|1|B|C|1720BPh
2PXF|1|B|C|1722PXF|1|B|G|136cWW
2PXF|1|B|C|1722PXF|1|B|G|171s53
2PXF|1|B|C|1742PXF|1|B|A|173s53
2PXF|1|B|C|1742PXF|1|B|C|1740BPh
2PXF|1|B|C|1742PXF|1|B|G|134cWW
2PXF|1|B|C|1742PXF|1|B|U|175s35
2PXF|1|B|C|1772PXF|1|B|C|1770BPh
2PXF|1|B|C|1772PXF|1|B|C|178s35
2PXF|1|B|C|1772PXF|1|B|G|131cWW
2PXF|1|B|C|1772PXF|1|B|G|132s55
2PXF|1|B|C|1772PXF|1|B|U|176s53
2PXF|1|B|C|1782PXF|1|B|C|177s53
2PXF|1|B|C|1782PXF|1|B|C|1780BPh
2PXF|1|B|C|1782PXF|1|B|G|130cWW
2PXF|1|B|C|1782PXF|1|B|G|131s55
2PXF|1|B|G|1302PXF|1|B|C|178cWW
2PXF|1|B|G|1302PXF|1|B|G|130n0BP
2PXF|1|B|G|1302PXF|1|B|G|131s35
2PXF|1|B|G|1312PXF|1|B|C|177cWW
2PXF|1|B|G|1312PXF|1|B|C|178s55
2PXF|1|B|G|1312PXF|1|B|G|130s53
2PXF|1|B|G|1312PXF|1|B|G|1310BPh
2PXF|1|B|G|1312PXF|1|B|G|132s35
2PXF|1|B|G|1322PXF|1|B|C|177s55
2PXF|1|B|G|1322PXF|1|B|G|131s53
2PXF|1|B|G|1322PXF|1|B|G|1320BPh
2PXF|1|B|G|1322PXF|1|B|G|133s35
2PXF|1|B|G|1322PXF|1|B|U|176cWW
2PXF|1|B|G|1332PXF|1|B|G|132s53
2PXF|1|B|G|1332PXF|1|B|G|1330BPh
2PXF|1|B|G|1332PXF|1|B|G|134s35
2PXF|1|B|G|1332PXF|1|B|U|175cWW
2PXF|1|B|G|1332PXF|1|B|U|176s55
2PXF|1|B|G|1342PXF|1|B|C|174cWW
2PXF|1|B|G|1342PXF|1|B|G|133s53
2PXF|1|B|G|1342PXF|1|B|G|1340BPh
2PXF|1|B|G|1342PXF|1|B|U|135s35
2PXF|1|B|G|1342PXF|1|B|U|175s55
2PXF|1|B|G|1362PXF|1|B|A|173s55
2PXF|1|B|G|1362PXF|1|B|C|172cWW
2PXF|1|B|G|1362PXF|1|B|G|1360BPh
2PXF|1|B|G|1362PXF|1|B|U|135s53
2PXF|1|B|G|1362PXF|1|B|U|137s35
2PXF|1|B|G|1442PXF|1|B|A|168s55
2PXF|1|B|G|1442PXF|1|B|C|167cWW
2PXF|1|B|G|1442PXF|1|B|G|1440BPh
2PXF|1|B|G|1442PXF|1|B|G|145s35
2PXF|1|B|G|1452PXF|1|B|C|166cWW
2PXF|1|B|G|1452PXF|1|B|C|167s55
2PXF|1|B|G|1452PXF|1|B|G|144s53
2PXF|1|B|G|1452PXF|1|B|G|1450BPh
2PXF|1|B|G|1452PXF|1|B|U|146s35
2PXF|1|B|G|1492PXF|1|B|A|148s53
2PXF|1|B|G|1492PXF|1|B|C|163s55
2PXF|1|B|G|1492PXF|1|B|G|1490BPh
2PXF|1|B|G|1492PXF|1|B|G|150s35
2PXF|1|B|G|1492PXF|1|B|G|162tHS
2PXF|1|B|G|1502PXF|1|B|A|161ncWW
2PXF|1|B|G|1502PXF|1|B|G|149s53
2PXF|1|B|G|1502PXF|1|B|G|1500BPh
2PXF|1|B|G|1502PXF|1|B|G|162s55
2PXF|1|B|G|1502PXF|1|B|U|151s35
2PXF|1|B|G|1542PXF|1|B|A|157tSH3BPh
2PXF|1|B|G|1542PXF|1|B|C|153s53
2PXF|1|B|G|1542PXF|1|B|G|1540BPh
2PXF|1|B|G|1542PXF|1|B|G|158s55
2PXF|1|B|G|1582PXF|1|B|A|157s53
2PXF|1|B|G|1582PXF|1|B|C|153cWW
2PXF|1|B|G|1582PXF|1|B|G|154s55
2PXF|1|B|G|1582PXF|1|B|G|158n0BP
2PXF|1|B|G|1582PXF|1|B|G|159s35
2PXF|1|B|G|1592PXF|1|B|A|160s35
2PXF|1|B|G|1592PXF|1|B|C|152cWW
2PXF|1|B|G|1592PXF|1|B|C|153s55
2PXF|1|B|G|1592PXF|1|B|G|158s53
2PXF|1|B|G|1592PXF|1|B|G|159n0BP
2PXF|1|B|G|1622PXF|1|B|A|1484BPh
2PXF|1|B|G|1622PXF|1|B|A|161s53
2PXF|1|B|G|1622PXF|1|B|C|147s33
2PXF|1|B|G|1622PXF|1|B|C|163s35
2PXF|1|B|G|1622PXF|1|B|G|149tSH
2PXF|1|B|G|1622PXF|1|B|G|150s55
2PXF|1|B|G|1622PXF|1|B|G|1620BPh
2PXF|1|B|G|1652PXF|1|B|A|164s53
2PXF|1|B|G|1652PXF|1|B|C|166s35
2PXF|1|B|G|1652PXF|1|B|G|1650BPh
2PXF|1|B|G|1652PXF|1|B|U|146cWW
2PXF|1|B|G|1702PXF|1|B|A|169s53
2PXF|1|B|G|1702PXF|1|B|G|1700BPh
2PXF|1|B|G|1702PXF|1|B|G|171s35
2PXF|1|B|G|1702PXF|1|B|U|138cWW
2PXF|1|B|G|1702PXF|1|B|U|139s55
2PXF|1|B|G|1712PXF|1|B|C|172s35
2PXF|1|B|G|1712PXF|1|B|G|170s53
2PXF|1|B|G|1712PXF|1|B|G|1710BPh
2PXF|1|B|G|1712PXF|1|B|U|137cWW
2PXF|1|B|G|1712PXF|1|B|U|138s55
2PXF|1|B|U|1352PXF|1|B|A|173cWW
2PXF|1|B|U|1352PXF|1|B|G|134s53
2PXF|1|B|U|1352PXF|1|B|G|136s35
2PXF|1|B|U|1352PXF|1|B|U|1350BPh
2PXF|1|B|U|1372PXF|1|B|G|136s53
2PXF|1|B|U|1372PXF|1|B|G|171cWW
2PXF|1|B|U|1372PXF|1|B|U|1370BPh
2PXF|1|B|U|1372PXF|1|B|U|138s35
2PXF|1|B|U|1382PXF|1|B|G|170cWW
2PXF|1|B|U|1382PXF|1|B|G|171s55
2PXF|1|B|U|1382PXF|1|B|U|137s53
2PXF|1|B|U|1382PXF|1|B|U|1380BPh
2PXF|1|B|U|1382PXF|1|B|U|139s35
2PXF|1|B|U|1392PXF|1|B|A|169cWW
2PXF|1|B|U|1392PXF|1|B|G|170s55
2PXF|1|B|U|1392PXF|1|B|U|138s53
2PXF|1|B|U|1392PXF|1|B|U|1390BPh
2PXF|1|B|U|1462PXF|1|B|C|147s35
2PXF|1|B|U|1462PXF|1|B|G|145s53
2PXF|1|B|U|1462PXF|1|B|G|165cWW
2PXF|1|B|U|1462PXF|1|B|U|1460BPh
2PXF|1|B|U|1512PXF|1|B|A|160cWW
2PXF|1|B|U|1512PXF|1|B|A|161s55
2PXF|1|B|U|1512PXF|1|B|C|152s35
2PXF|1|B|U|1512PXF|1|B|G|150s53
2PXF|1|B|U|1512PXF|1|B|U|1510BPh
2PXF|1|B|U|1752PXF|1|B|C|174s53
2PXF|1|B|U|1752PXF|1|B|G|133cWW
2PXF|1|B|U|1752PXF|1|B|G|134s55
2PXF|1|B|U|1752PXF|1|B|U|1750BPh
2PXF|1|B|U|1752PXF|1|B|U|176s35
2PXF|1|B|U|1762PXF|1|B|C|177s35
2PXF|1|B|U|1762PXF|1|B|G|132cWW
2PXF|1|B|U|1762PXF|1|B|G|133s55
2PXF|1|B|U|1762PXF|1|B|U|175s53
2PXF|1|B|U|1762PXF|1|B|U|1760BPh


Base-PairsCount (20)Relative Frequency
cWW160.800
tWH10.050
tHS30.150
Base-PhosphateCount (48)Relative Frequency
3BPh10.021
4BPh10.021
6BPh10.021
0BPh450.938
Base-StackingCount (28)Relative Frequency
s3310.036
s53110.393
s55160.571

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)