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NDB ID: PR0278  PDB ID: 2PXK 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2PXK|1|B|A|1402PXK|1|B|A|1400BPh
2PXK|1|B|A|1402PXK|1|B|C|141s35
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2PXK|1|B|A|1482PXK|1|B|A|164s55
2PXK|1|B|A|1482PXK|1|B|C|147
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2PXK|1|B|A|1562PXK|1|B|A|155s53
2PXK|1|B|A|1562PXK|1|B|A|1560BPh
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2PXK|1|B|U|1762PXK|1|B|G|175s53
2PXK|1|B|U|1762PXK|1|B|U|1760BPh


Base-PairsCount (21)Relative Frequency
cWW170.810
tWH10.048
tHS30.143
Base-PhosphateCount (51)Relative Frequency
3BPh10.020
4BPh10.020
6BPh10.020
0BPh480.941
Base-StackingCount (27)Relative Frequency
s3310.037
s53120.444
s55140.519

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)